# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.067 0.036 0.057 0.038 0.065 0.088 0.011 0.639 2 N 0.040 0.014 0.018 0.015 0.024 0.181 0.006 0.701 3 S 0.038 0.014 0.016 0.008 0.015 0.085 0.005 0.819 4 E 0.076 0.026 0.015 0.005 0.012 0.287 0.010 0.570 5 I 0.148 0.065 0.009 0.005 0.009 0.432 0.010 0.322 6 E 0.146 0.277 0.013 0.004 0.013 0.071 0.013 0.464 7 L 0.056 0.297 0.019 0.006 0.009 0.098 0.004 0.510 8 P 0.003 0.040 0.001 0.001 0.001 0.033 0.001 0.920 9 V 0.030 0.719 0.007 0.003 0.012 0.057 0.002 0.169 10 Q 0.025 0.921 0.004 0.001 0.002 0.007 0.001 0.038 11 K 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 12 Q 0.005 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.017 13 L 0.006 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 14 E 0.008 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 15 A 0.014 0.976 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 16 Y 0.025 0.947 0.003 0.001 0.001 0.002 0.009 0.014 17 N 0.067 0.865 0.005 0.001 0.001 0.005 0.027 0.029 18 A 0.213 0.538 0.034 0.002 0.002 0.008 0.066 0.137 19 R 0.118 0.342 0.036 0.004 0.001 0.152 0.055 0.292 20 D 0.167 0.197 0.018 0.003 0.002 0.158 0.032 0.424 21 I 0.062 0.368 0.055 0.002 0.002 0.060 0.007 0.445 22 D 0.007 0.221 0.010 0.001 0.001 0.308 0.002 0.450 23 A 0.022 0.360 0.003 0.001 0.001 0.354 0.002 0.256 24 F 0.017 0.942 0.005 0.001 0.001 0.007 0.001 0.027 25 M 0.009 0.978 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 26 A 0.012 0.975 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 27 W 0.054 0.913 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.012 28 W 0.236 0.623 0.005 0.002 0.003 0.004 0.088 0.039 29 A 0.103 0.572 0.090 0.023 0.015 0.017 0.068 0.112 30 D 0.028 0.070 0.038 0.008 0.004 0.053 0.029 0.771 31 D 0.169 0.058 0.103 0.013 0.010 0.089 0.084 0.474 32 C 0.386 0.026 0.382 0.022 0.011 0.037 0.026 0.110 33 Q 0.021 0.040 0.481 0.145 0.062 0.111 0.004 0.135 34 Y 0.027 0.027 0.383 0.089 0.160 0.046 0.004 0.264 35 Y 0.040 0.020 0.371 0.099 0.133 0.055 0.004 0.278 36 A 0.016 0.012 0.180 0.095 0.166 0.088 0.005 0.440 37 F 0.016 0.007 0.119 0.048 0.108 0.151 0.005 0.545 38 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.005 0.001 0.987 39 A 0.040 0.005 0.027 0.020 0.044 0.117 0.008 0.739 40 T 0.176 0.012 0.021 0.014 0.024 0.105 0.011 0.638 41 L 0.184 0.033 0.031 0.037 0.061 0.096 0.013 0.546 42 L 0.101 0.073 0.042 0.044 0.081 0.108 0.007 0.543 43 A 0.081 0.146 0.042 0.069 0.124 0.122 0.010 0.405 44 G 0.135 0.183 0.039 0.032 0.070 0.093 0.020 0.429 45 N 0.145 0.126 0.028 0.014 0.027 0.117 0.018 0.524 46 A 0.033 0.103 0.019 0.011 0.018 0.087 0.005 0.724 47 A 0.012 0.106 0.006 0.005 0.010 0.222 0.003 0.636 48 E 0.035 0.235 0.005 0.003 0.006 0.279 0.004 0.431 49 I 0.025 0.852 0.008 0.001 0.004 0.031 0.002 0.076 50 R 0.007 0.959 0.004 0.001 0.002 0.004 0.001 0.022 51 V 0.005 0.969 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 52 R 0.007 0.975 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 53 H 0.015 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.008 54 I 0.015 0.954 0.008 0.001 0.002 0.001 0.006 0.012 55 E 0.041 0.854 0.010 0.005 0.004 0.007 0.025 0.054 56 R 0.183 0.648 0.010 0.005 0.005 0.007 0.061 0.081 57 F 0.237 0.453 0.040 0.018 0.013 0.014 0.067 0.158 58 K 0.090 0.157 0.059 0.026 0.025 0.056 0.054 0.533 59 E 0.143 0.032 0.043 0.027 0.028 0.066 0.024 0.638 60 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 61 D 0.020 0.004 0.030 0.031 0.039 0.145 0.006 0.725 62 L 0.531 0.004 0.027 0.026 0.023 0.059 0.007 0.323 63 Y 0.138 0.021 0.079 0.067 0.098 0.212 0.007 0.379 64 G 0.043 0.010 0.088 0.150 0.205 0.045 0.003 0.455 65 E 0.031 0.010 0.146 0.179 0.204 0.118 0.003 0.309 66 L 0.010 0.007 0.060 0.121 0.169 0.042 0.001 0.588 67 L 0.007 0.012 0.087 0.232 0.519 0.044 0.002 0.098 68 T 0.026 0.020 0.080 0.180 0.306 0.078 0.004 0.306 69 R 0.033 0.033 0.120 0.212 0.349 0.026 0.006 0.221 70 V 0.048 0.043 0.135 0.186 0.322 0.039 0.007 0.220 71 I 0.025 0.036 0.095 0.221 0.325 0.052 0.006 0.240 72 V 0.021 0.026 0.061 0.095 0.244 0.055 0.008 0.490 73 G 0.036 0.019 0.038 0.041 0.088 0.078 0.015 0.685 74 N 0.148 0.019 0.042 0.059 0.071 0.152 0.035 0.473 75 V 0.170 0.024 0.049 0.059 0.067 0.161 0.022 0.447 76 V 0.037 0.031 0.077 0.249 0.321 0.067 0.005 0.213 77 I 0.013 0.025 0.096 0.310 0.412 0.033 0.002 0.108 78 D 0.008 0.029 0.072 0.304 0.445 0.019 0.002 0.122 79 H 0.010 0.042 0.077 0.220 0.499 0.025 0.003 0.124 80 E 0.016 0.033 0.049 0.313 0.471 0.035 0.005 0.076 81 T 0.034 0.035 0.052 0.265 0.414 0.040 0.013 0.147 82 V 0.022 0.027 0.063 0.336 0.437 0.028 0.006 0.080 83 T 0.015 0.023 0.047 0.299 0.398 0.042 0.006 0.170 84 R 0.029 0.014 0.030 0.256 0.379 0.029 0.007 0.254 85 N 0.034 0.016 0.026 0.151 0.292 0.095 0.012 0.374 86 F 0.053 0.014 0.029 0.156 0.206 0.147 0.012 0.383 87 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.993 88 E 0.023 0.003 0.012 0.020 0.039 0.194 0.015 0.695 89 G 0.619 0.002 0.007 0.016 0.014 0.079 0.019 0.244 90 K 0.031 0.003 0.011 0.014 0.025 0.058 0.002 0.855 91 G 0.023 0.003 0.032 0.191 0.351 0.068 0.002 0.329 92 E 0.039 0.004 0.034 0.129 0.266 0.077 0.002 0.448 93 V 0.016 0.005 0.031 0.161 0.271 0.027 0.001 0.489 94 D 0.008 0.004 0.057 0.212 0.441 0.034 0.001 0.243 95 V 0.017 0.005 0.053 0.267 0.410 0.038 0.002 0.209 96 A 0.009 0.006 0.069 0.377 0.476 0.013 0.002 0.048 97 C 0.006 0.004 0.053 0.349 0.517 0.015 0.001 0.055 98 I 0.005 0.004 0.065 0.305 0.516 0.008 0.002 0.096 99 Y 0.003 0.002 0.052 0.440 0.476 0.006 0.001 0.020 100 E 0.003 0.002 0.036 0.283 0.421 0.011 0.001 0.244 101 V 0.002 0.002 0.032 0.306 0.540 0.011 0.001 0.107 102 E 0.007 0.004 0.037 0.212 0.422 0.115 0.003 0.200 103 N 0.016 0.003 0.019 0.038 0.081 0.093 0.007 0.743 104 G 0.144 0.007 0.028 0.045 0.087 0.101 0.089 0.498 105 R 0.272 0.004 0.021 0.056 0.037 0.431 0.018 0.160 106 I 0.009 0.006 0.032 0.084 0.132 0.056 0.002 0.678 107 A 0.002 0.004 0.017 0.285 0.634 0.026 0.001 0.032 108 K 0.011 0.018 0.048 0.276 0.423 0.049 0.001 0.175 109 A 0.011 0.046 0.044 0.211 0.501 0.032 0.002 0.153 110 W 0.016 0.075 0.043 0.237 0.529 0.016 0.003 0.082 111 F 0.024 0.105 0.044 0.250 0.416 0.018 0.006 0.136 112 K 0.063 0.145 0.052 0.143 0.307 0.034 0.020 0.236 113 I 0.123 0.134 0.064 0.094 0.188 0.054 0.035 0.308 114 G 0.088 0.057 0.032 0.035 0.080 0.083 0.036 0.589 115 E 0.072 0.018 0.030 0.016 0.026 0.090 0.012 0.735 116 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.995 117 R 0.035 0.012 0.014 0.021 0.033 0.181 0.004 0.700 118 I 0.234 0.097 0.041 0.025 0.040 0.088 0.007 0.469 119 V 0.132 0.327 0.033 0.033 0.073 0.064 0.008 0.331 120 S 0.134 0.323 0.020 0.021 0.042 0.077 0.014 0.369 121 Q 0.238 0.287 0.027 0.022 0.041 0.034 0.044 0.307 122 K 0.164 0.110 0.026 0.018 0.025 0.051 0.033 0.572