# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.138 0.241 0.287 0.097 0.130 0.030 0.026 0.011 0.023 0.014 0.002 2 N 0.176 0.142 0.319 0.144 0.049 0.072 0.052 0.006 0.028 0.008 0.004 3 S 0.471 0.097 0.194 0.115 0.053 0.023 0.017 0.007 0.014 0.007 0.002 4 E 0.643 0.071 0.157 0.078 0.008 0.021 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 5 I 0.833 0.022 0.053 0.077 0.004 0.005 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 6 E 0.886 0.020 0.041 0.034 0.002 0.005 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 7 L 0.850 0.044 0.070 0.009 0.010 0.005 0.004 0.001 0.008 0.001 0.001 8 P 0.851 0.003 0.121 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 V 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.996 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.989 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.978 0.002 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.660 0.010 0.018 0.301 0.002 0.004 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 17 N 0.480 0.027 0.092 0.190 0.025 0.041 0.099 0.015 0.016 0.013 0.001 18 A 0.703 0.005 0.034 0.235 0.003 0.003 0.010 0.002 0.001 0.002 0.001 19 R 0.652 0.015 0.050 0.219 0.008 0.006 0.026 0.018 0.003 0.003 0.001 20 D 0.379 0.051 0.254 0.083 0.042 0.090 0.023 0.003 0.068 0.006 0.001 21 I 0.993 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.993 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.996 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.991 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.986 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.888 0.005 0.013 0.089 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 W 0.406 0.027 0.048 0.456 0.007 0.021 0.019 0.002 0.015 0.001 0.001 29 A 0.520 0.064 0.133 0.131 0.027 0.019 0.074 0.005 0.018 0.009 0.001 30 D 0.645 0.030 0.125 0.152 0.009 0.014 0.011 0.004 0.005 0.003 0.001 31 D 0.248 0.050 0.059 0.512 0.036 0.017 0.055 0.011 0.009 0.001 0.001 32 C 0.195 0.302 0.219 0.073 0.128 0.018 0.034 0.007 0.021 0.002 0.001 33 Q 0.168 0.572 0.162 0.027 0.023 0.022 0.008 0.001 0.016 0.001 0.001 34 Y 0.064 0.536 0.249 0.035 0.052 0.034 0.005 0.001 0.023 0.001 0.001 35 Y 0.091 0.526 0.158 0.087 0.046 0.042 0.011 0.001 0.036 0.001 0.001 36 A 0.086 0.285 0.370 0.057 0.039 0.056 0.049 0.003 0.049 0.004 0.003 37 F 0.055 0.149 0.539 0.013 0.063 0.035 0.015 0.002 0.105 0.021 0.002 38 P 0.350 0.013 0.540 0.030 0.009 0.014 0.004 0.001 0.004 0.010 0.025 39 A 0.395 0.077 0.201 0.163 0.042 0.025 0.036 0.032 0.015 0.010 0.003 40 T 0.301 0.117 0.187 0.215 0.065 0.031 0.031 0.021 0.021 0.009 0.003 41 L 0.293 0.163 0.322 0.082 0.035 0.047 0.020 0.005 0.025 0.005 0.004 42 L 0.329 0.216 0.277 0.081 0.018 0.043 0.012 0.001 0.018 0.002 0.003 43 A 0.234 0.178 0.313 0.141 0.043 0.026 0.034 0.004 0.017 0.006 0.004 44 G 0.192 0.037 0.181 0.165 0.112 0.025 0.039 0.123 0.009 0.114 0.004 45 N 0.080 0.056 0.393 0.069 0.105 0.092 0.044 0.018 0.092 0.050 0.001 46 A 0.952 0.001 0.036 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.990 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.991 0.002 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.955 0.001 0.003 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.954 0.002 0.003 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.631 0.010 0.015 0.327 0.002 0.002 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 57 F 0.380 0.060 0.127 0.243 0.020 0.019 0.118 0.012 0.018 0.003 0.001 58 K 0.332 0.083 0.190 0.263 0.015 0.035 0.059 0.007 0.010 0.004 0.002 59 E 0.019 0.240 0.404 0.007 0.029 0.023 0.008 0.001 0.268 0.003 0.001 60 P 0.394 0.003 0.517 0.018 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.050 61 D 0.328 0.085 0.165 0.207 0.034 0.025 0.086 0.046 0.019 0.004 0.001 62 L 0.208 0.278 0.309 0.108 0.033 0.024 0.013 0.002 0.023 0.001 0.001 63 Y 0.145 0.372 0.236 0.143 0.033 0.016 0.030 0.002 0.021 0.001 0.002 64 G 0.035 0.139 0.248 0.028 0.201 0.060 0.128 0.112 0.011 0.035 0.002 65 E 0.034 0.592 0.255 0.009 0.038 0.049 0.004 0.001 0.016 0.001 0.001 66 L 0.070 0.324 0.481 0.017 0.010 0.083 0.002 0.001 0.011 0.001 0.001 67 L 0.269 0.388 0.165 0.078 0.042 0.040 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 68 T 0.091 0.557 0.097 0.040 0.174 0.012 0.009 0.001 0.018 0.001 0.001 69 R 0.041 0.703 0.129 0.013 0.070 0.023 0.003 0.001 0.017 0.001 0.001 70 V 0.055 0.688 0.165 0.015 0.031 0.024 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 71 I 0.061 0.622 0.174 0.020 0.044 0.039 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 72 V 0.106 0.315 0.230 0.195 0.036 0.031 0.051 0.001 0.032 0.001 0.002 73 G 0.024 0.011 0.030 0.023 0.133 0.006 0.090 0.428 0.003 0.251 0.001 74 N 0.133 0.184 0.319 0.145 0.068 0.045 0.066 0.017 0.017 0.006 0.001 75 V 0.129 0.503 0.246 0.049 0.035 0.019 0.008 0.001 0.010 0.001 0.001 76 V 0.077 0.658 0.163 0.022 0.035 0.030 0.004 0.001 0.011 0.001 0.001 77 I 0.026 0.767 0.107 0.012 0.056 0.013 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 78 D 0.038 0.439 0.278 0.022 0.130 0.058 0.011 0.002 0.019 0.002 0.002 79 H 0.041 0.669 0.101 0.041 0.106 0.015 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 80 E 0.025 0.673 0.163 0.015 0.084 0.016 0.006 0.001 0.016 0.001 0.001 81 T 0.032 0.701 0.126 0.023 0.079 0.019 0.005 0.001 0.015 0.001 0.001 82 V 0.017 0.738 0.138 0.013 0.065 0.012 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 83 T 0.042 0.643 0.145 0.059 0.056 0.024 0.007 0.001 0.022 0.001 0.001 84 R 0.043 0.531 0.161 0.044 0.125 0.029 0.028 0.003 0.033 0.002 0.001 85 N 0.086 0.371 0.266 0.107 0.045 0.057 0.032 0.003 0.027 0.003 0.003 86 F 0.016 0.263 0.384 0.008 0.095 0.016 0.013 0.001 0.189 0.014 0.001 87 P 0.378 0.012 0.470 0.035 0.005 0.014 0.004 0.001 0.004 0.010 0.068 88 E 0.074 0.041 0.157 0.298 0.055 0.022 0.196 0.110 0.019 0.025 0.003 89 G 0.112 0.039 0.215 0.045 0.103 0.013 0.037 0.179 0.015 0.240 0.004 90 K 0.193 0.199 0.398 0.129 0.012 0.015 0.027 0.002 0.016 0.002 0.008 91 G 0.069 0.102 0.243 0.038 0.274 0.029 0.044 0.110 0.011 0.076 0.003 92 E 0.095 0.415 0.312 0.059 0.041 0.040 0.014 0.003 0.018 0.001 0.002 93 V 0.030 0.603 0.273 0.018 0.044 0.016 0.002 0.001 0.013 0.001 0.001 94 D 0.073 0.399 0.291 0.043 0.085 0.064 0.019 0.003 0.018 0.003 0.003 95 V 0.008 0.751 0.099 0.017 0.103 0.007 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 96 A 0.013 0.733 0.142 0.007 0.079 0.015 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 97 C 0.007 0.705 0.133 0.010 0.115 0.013 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 98 I 0.005 0.868 0.055 0.004 0.049 0.008 0.002 0.001 0.009 0.001 0.001 99 Y 0.002 0.779 0.050 0.002 0.155 0.005 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 100 E 0.002 0.718 0.175 0.002 0.026 0.050 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 101 V 0.017 0.645 0.226 0.004 0.015 0.046 0.002 0.001 0.044 0.001 0.001 102 E 0.386 0.202 0.243 0.082 0.020 0.021 0.011 0.001 0.020 0.008 0.006 103 N 0.021 0.017 0.033 0.285 0.026 0.006 0.568 0.028 0.008 0.007 0.001 104 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.001 0.129 0.799 0.001 0.050 0.001 105 R 0.024 0.387 0.502 0.016 0.021 0.040 0.004 0.001 0.005 0.001 0.001 106 I 0.048 0.294 0.475 0.022 0.003 0.150 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 107 A 0.313 0.393 0.124 0.053 0.056 0.048 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 108 K 0.170 0.588 0.073 0.017 0.112 0.017 0.004 0.001 0.018 0.001 0.001 109 A 0.179 0.501 0.125 0.026 0.115 0.026 0.003 0.001 0.023 0.001 0.001 110 W 0.279 0.398 0.160 0.054 0.057 0.020 0.003 0.001 0.027 0.001 0.001 111 F 0.283 0.383 0.147 0.072 0.050 0.026 0.018 0.001 0.018 0.001 0.001 112 K 0.259 0.390 0.138 0.088 0.050 0.032 0.018 0.001 0.021 0.001 0.001 113 I 0.151 0.323 0.237 0.194 0.027 0.018 0.025 0.001 0.022 0.001 0.001 114 G 0.059 0.060 0.241 0.074 0.118 0.083 0.125 0.106 0.035 0.096 0.003 115 E 0.111 0.137 0.586 0.030 0.028 0.026 0.012 0.001 0.063 0.006 0.002 116 P 0.605 0.015 0.310 0.031 0.005 0.012 0.004 0.001 0.003 0.004 0.009 117 R 0.504 0.139 0.222 0.055 0.027 0.021 0.010 0.004 0.016 0.001 0.001 118 I 0.565 0.126 0.197 0.069 0.010 0.018 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 119 V 0.502 0.237 0.142 0.068 0.015 0.013 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 120 S 0.279 0.136 0.187 0.216 0.044 0.051 0.050 0.010 0.019 0.004 0.003 121 Q 0.072 0.293 0.343 0.042 0.120 0.023 0.017 0.004 0.077 0.007 0.001 122 K 0.253 0.062 0.565 0.035 0.010 0.035 0.011 0.002 0.010 0.004 0.013