# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.069 0.272 0.101 0.025 0.154 0.027 0.044 0.091 0.055 0.110 0.051 2 N 0.121 0.259 0.116 0.029 0.258 0.012 0.013 0.068 0.035 0.041 0.048 3 S 0.024 0.049 0.020 0.009 0.047 0.020 0.039 0.408 0.313 0.056 0.016 4 E 0.034 0.072 0.032 0.007 0.053 0.016 0.043 0.431 0.154 0.134 0.024 5 I 0.024 0.054 0.020 0.004 0.031 0.005 0.012 0.518 0.176 0.139 0.017 6 E 0.013 0.032 0.012 0.005 0.018 0.007 0.010 0.770 0.085 0.036 0.011 7 L 0.005 0.043 0.009 0.001 0.015 0.002 0.006 0.847 0.064 0.006 0.003 8 P 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.922 0.051 0.009 0.001 9 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.918 0.065 0.009 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.936 0.053 0.002 0.001 11 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.955 0.022 0.005 0.001 12 Q 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.934 0.046 0.010 0.001 13 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.866 0.121 0.003 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.885 0.078 0.007 0.001 15 A 0.005 0.005 0.003 0.001 0.006 0.002 0.037 0.755 0.103 0.081 0.003 16 Y 0.009 0.047 0.013 0.004 0.040 0.015 0.091 0.493 0.206 0.073 0.010 17 N 0.079 0.057 0.025 0.005 0.109 0.012 0.049 0.303 0.130 0.183 0.048 18 A 0.019 0.037 0.013 0.002 0.038 0.003 0.014 0.386 0.344 0.127 0.016 19 R 0.010 0.056 0.037 0.010 0.022 0.055 0.080 0.398 0.185 0.132 0.014 20 D 0.156 0.120 0.024 0.003 0.172 0.003 0.013 0.314 0.039 0.128 0.030 21 I 0.003 0.005 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.709 0.252 0.018 0.003 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 0.060 0.002 0.001 23 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.948 0.037 0.008 0.001 24 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.922 0.058 0.014 0.001 25 M 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.862 0.124 0.003 0.001 26 A 0.002 0.005 0.002 0.001 0.005 0.002 0.026 0.793 0.145 0.018 0.001 27 W 0.015 0.005 0.004 0.002 0.010 0.002 0.090 0.712 0.080 0.077 0.003 28 W 0.060 0.080 0.025 0.012 0.076 0.016 0.053 0.197 0.136 0.315 0.030 29 A 0.058 0.230 0.137 0.045 0.138 0.025 0.049 0.187 0.092 0.021 0.019 30 D 0.009 0.027 0.030 0.019 0.017 0.065 0.255 0.388 0.147 0.034 0.008 31 D 0.069 0.044 0.028 0.011 0.071 0.017 0.088 0.086 0.072 0.447 0.069 32 C 0.214 0.186 0.005 0.001 0.515 0.002 0.005 0.013 0.008 0.020 0.030 33 Q 0.174 0.170 0.021 0.003 0.557 0.007 0.009 0.015 0.005 0.005 0.034 34 Y 0.348 0.091 0.018 0.007 0.408 0.009 0.009 0.019 0.011 0.017 0.061 35 Y 0.192 0.148 0.040 0.031 0.355 0.034 0.042 0.037 0.025 0.047 0.048 36 A 0.136 0.212 0.146 0.028 0.260 0.017 0.026 0.028 0.021 0.050 0.077 37 F 0.078 0.377 0.200 0.014 0.221 0.006 0.009 0.019 0.014 0.015 0.046 38 P 0.079 0.231 0.101 0.028 0.130 0.035 0.064 0.135 0.105 0.056 0.037 39 A 0.065 0.124 0.062 0.025 0.083 0.037 0.080 0.192 0.173 0.123 0.037 40 T 0.066 0.167 0.079 0.030 0.134 0.024 0.034 0.188 0.125 0.107 0.044 41 L 0.072 0.134 0.046 0.013 0.198 0.013 0.032 0.252 0.138 0.067 0.034 42 L 0.116 0.096 0.050 0.012 0.169 0.016 0.058 0.251 0.096 0.084 0.053 43 A 0.082 0.067 0.038 0.023 0.084 0.046 0.103 0.259 0.075 0.144 0.080 44 G 0.011 0.134 0.139 0.185 0.029 0.138 0.079 0.094 0.039 0.129 0.021 45 N 0.034 0.158 0.315 0.153 0.041 0.012 0.004 0.049 0.020 0.178 0.037 46 A 0.004 0.017 0.005 0.001 0.009 0.001 0.002 0.676 0.256 0.024 0.004 47 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.910 0.081 0.002 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.951 0.042 0.003 0.001 49 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.948 0.040 0.009 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.957 0.038 0.002 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.976 0.015 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.974 0.011 0.002 0.001 53 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.860 0.112 0.020 0.001 54 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.787 0.189 0.008 0.001 55 E 0.002 0.009 0.004 0.001 0.004 0.005 0.076 0.716 0.138 0.043 0.001 56 R 0.022 0.049 0.029 0.004 0.032 0.014 0.131 0.367 0.183 0.155 0.014 57 F 0.085 0.138 0.041 0.015 0.140 0.014 0.054 0.161 0.129 0.172 0.053 58 K 0.061 0.108 0.095 0.045 0.073 0.038 0.104 0.131 0.112 0.185 0.048 59 E 0.079 0.277 0.239 0.019 0.203 0.009 0.017 0.043 0.038 0.038 0.039 60 P 0.046 0.177 0.040 0.014 0.122 0.036 0.125 0.192 0.181 0.048 0.020 61 D 0.154 0.070 0.042 0.013 0.153 0.018 0.043 0.107 0.102 0.207 0.091 62 L 0.117 0.169 0.031 0.012 0.256 0.020 0.038 0.122 0.101 0.092 0.041 63 Y 0.137 0.123 0.054 0.036 0.214 0.040 0.069 0.115 0.066 0.092 0.053 64 G 0.178 0.140 0.054 0.042 0.266 0.023 0.021 0.058 0.043 0.091 0.082 65 E 0.110 0.267 0.037 0.009 0.432 0.012 0.022 0.051 0.019 0.015 0.026 66 L 0.351 0.068 0.014 0.006 0.334 0.008 0.013 0.072 0.035 0.041 0.057 67 L 0.190 0.131 0.025 0.018 0.368 0.034 0.038 0.092 0.045 0.023 0.036 68 T 0.215 0.104 0.043 0.014 0.380 0.018 0.032 0.078 0.030 0.030 0.055 69 R 0.226 0.139 0.017 0.005 0.466 0.005 0.015 0.047 0.019 0.023 0.039 70 V 0.235 0.150 0.046 0.006 0.422 0.006 0.020 0.037 0.013 0.014 0.051 71 I 0.269 0.103 0.056 0.033 0.224 0.038 0.034 0.080 0.035 0.038 0.090 72 V 0.023 0.128 0.101 0.210 0.045 0.179 0.134 0.067 0.043 0.048 0.021 73 G 0.022 0.028 0.055 0.292 0.018 0.097 0.052 0.044 0.041 0.274 0.078 74 N 0.087 0.223 0.078 0.040 0.172 0.028 0.029 0.052 0.050 0.172 0.066 75 V 0.188 0.184 0.015 0.004 0.491 0.008 0.012 0.023 0.018 0.022 0.034 76 V 0.294 0.101 0.013 0.005 0.512 0.006 0.009 0.014 0.008 0.009 0.030 77 I 0.286 0.099 0.026 0.010 0.472 0.014 0.014 0.017 0.009 0.011 0.043 78 D 0.242 0.128 0.041 0.021 0.364 0.030 0.034 0.033 0.018 0.028 0.063 79 H 0.249 0.127 0.027 0.014 0.385 0.015 0.019 0.028 0.020 0.042 0.075 80 E 0.183 0.192 0.023 0.008 0.465 0.011 0.017 0.023 0.016 0.020 0.041 81 T 0.264 0.123 0.034 0.008 0.440 0.009 0.014 0.019 0.013 0.018 0.057 82 V 0.248 0.146 0.045 0.021 0.321 0.027 0.033 0.038 0.029 0.034 0.059 83 T 0.165 0.152 0.067 0.033 0.270 0.044 0.052 0.051 0.041 0.056 0.069 84 R 0.155 0.198 0.052 0.020 0.331 0.017 0.025 0.047 0.045 0.054 0.056 85 N 0.180 0.144 0.071 0.021 0.277 0.020 0.038 0.052 0.042 0.078 0.077 86 F 0.132 0.207 0.156 0.053 0.216 0.028 0.020 0.039 0.032 0.044 0.074 87 P 0.046 0.157 0.093 0.101 0.088 0.101 0.147 0.107 0.070 0.063 0.027 88 E 0.037 0.049 0.076 0.251 0.032 0.076 0.062 0.053 0.059 0.247 0.060 89 G 0.047 0.165 0.286 0.151 0.086 0.030 0.021 0.037 0.042 0.100 0.034 90 K 0.206 0.098 0.040 0.017 0.226 0.027 0.053 0.077 0.096 0.096 0.064 91 G 0.093 0.281 0.100 0.044 0.258 0.035 0.042 0.034 0.030 0.041 0.042 92 E 0.251 0.131 0.043 0.011 0.367 0.010 0.016 0.018 0.016 0.047 0.089 93 V 0.203 0.218 0.022 0.007 0.459 0.010 0.009 0.013 0.013 0.014 0.031 94 D 0.204 0.143 0.041 0.018 0.421 0.029 0.043 0.022 0.014 0.020 0.045 95 V 0.415 0.052 0.006 0.005 0.436 0.005 0.006 0.006 0.006 0.020 0.043 96 A 0.258 0.105 0.008 0.009 0.551 0.020 0.013 0.006 0.004 0.006 0.021 97 C 0.213 0.065 0.014 0.002 0.665 0.006 0.004 0.002 0.002 0.002 0.025 98 I 0.464 0.042 0.002 0.001 0.462 0.001 0.002 0.003 0.001 0.002 0.018 99 Y 0.148 0.162 0.029 0.001 0.613 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.035 100 E 0.241 0.169 0.025 0.001 0.497 0.001 0.002 0.004 0.001 0.002 0.058 101 V 0.412 0.120 0.046 0.013 0.190 0.020 0.026 0.039 0.017 0.023 0.093 102 E 0.013 0.024 0.041 0.211 0.019 0.399 0.092 0.092 0.048 0.047 0.014 103 N 0.007 0.159 0.110 0.440 0.020 0.080 0.089 0.055 0.019 0.016 0.005 104 G 0.009 0.007 0.014 0.061 0.004 0.026 0.006 0.026 0.027 0.685 0.134 105 R 0.032 0.579 0.069 0.005 0.223 0.007 0.013 0.033 0.015 0.012 0.013 106 I 0.474 0.053 0.009 0.004 0.247 0.005 0.009 0.068 0.029 0.037 0.065 107 A 0.097 0.264 0.046 0.019 0.307 0.034 0.055 0.109 0.040 0.011 0.018 108 K 0.276 0.068 0.026 0.009 0.270 0.015 0.033 0.154 0.036 0.052 0.061 109 A 0.157 0.153 0.018 0.009 0.310 0.012 0.023 0.158 0.062 0.057 0.041 110 W 0.125 0.148 0.031 0.010 0.353 0.016 0.030 0.146 0.062 0.030 0.050 111 F 0.159 0.145 0.038 0.008 0.281 0.009 0.032 0.155 0.073 0.047 0.052 112 K 0.166 0.067 0.037 0.021 0.161 0.032 0.095 0.137 0.079 0.125 0.078 113 I 0.053 0.263 0.110 0.060 0.120 0.056 0.092 0.072 0.054 0.084 0.038 114 G 0.039 0.098 0.145 0.184 0.053 0.046 0.038 0.053 0.047 0.226 0.071 115 E 0.070 0.296 0.160 0.031 0.173 0.011 0.019 0.077 0.066 0.066 0.031 116 P 0.059 0.218 0.061 0.015 0.123 0.022 0.035 0.191 0.176 0.069 0.031 117 R 0.074 0.185 0.045 0.008 0.173 0.014 0.042 0.242 0.127 0.050 0.039 118 I 0.103 0.072 0.021 0.008 0.134 0.016 0.029 0.256 0.172 0.148 0.042 119 V 0.061 0.123 0.052 0.020 0.124 0.034 0.081 0.256 0.132 0.086 0.030 120 S 0.085 0.095 0.052 0.021 0.122 0.027 0.055 0.174 0.108 0.202 0.058 121 Q 0.073 0.238 0.092 0.026 0.193 0.021 0.038 0.124 0.080 0.078 0.036 122 K 0.101 0.177 0.080 0.021 0.186 0.025 0.052 0.143 0.092 0.078 0.045