# TARGET T0475 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.179 0.108 0.107 0.154 0.175 0.125 0.070 0.044 0.023 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 2 N 0.408 0.184 0.172 0.093 0.062 0.034 0.026 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 3 S 0.568 0.178 0.096 0.069 0.041 0.025 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 4 E 0.444 0.227 0.145 0.074 0.047 0.032 0.020 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 5 I 0.058 0.053 0.069 0.146 0.207 0.221 0.119 0.069 0.038 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 6 E 0.289 0.223 0.194 0.121 0.076 0.053 0.025 0.007 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 7 L 0.471 0.231 0.142 0.073 0.040 0.026 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 P 0.040 0.062 0.074 0.174 0.219 0.197 0.115 0.071 0.032 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 9 V 0.015 0.020 0.034 0.098 0.172 0.207 0.203 0.150 0.066 0.019 0.010 0.003 0.002 0.001 10 Q 0.355 0.274 0.192 0.094 0.043 0.025 0.009 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.330 0.254 0.202 0.105 0.053 0.038 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.015 0.026 0.039 0.121 0.176 0.243 0.196 0.115 0.046 0.012 0.006 0.002 0.002 0.001 13 L 0.036 0.069 0.084 0.184 0.244 0.183 0.116 0.053 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 14 E 0.531 0.226 0.163 0.040 0.018 0.014 0.004 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.088 0.072 0.093 0.204 0.218 0.144 0.092 0.053 0.021 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 16 Y 0.059 0.062 0.086 0.149 0.213 0.174 0.141 0.069 0.032 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 17 N 0.282 0.176 0.159 0.126 0.117 0.077 0.035 0.013 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 18 A 0.445 0.200 0.115 0.094 0.064 0.043 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 R 0.379 0.200 0.117 0.115 0.089 0.056 0.029 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 D 0.088 0.095 0.112 0.160 0.187 0.177 0.098 0.043 0.030 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 21 I 0.055 0.055 0.056 0.134 0.214 0.192 0.136 0.095 0.041 0.012 0.006 0.003 0.001 0.001 22 D 0.467 0.287 0.139 0.050 0.023 0.021 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.127 0.129 0.158 0.201 0.166 0.114 0.053 0.029 0.013 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 24 F 0.017 0.020 0.026 0.071 0.126 0.188 0.228 0.187 0.081 0.024 0.021 0.006 0.004 0.002 25 M 0.048 0.075 0.100 0.191 0.214 0.172 0.099 0.057 0.027 0.010 0.003 0.002 0.001 0.001 26 A 0.394 0.249 0.137 0.084 0.053 0.046 0.018 0.008 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 27 W 0.046 0.051 0.083 0.139 0.195 0.181 0.136 0.089 0.040 0.019 0.011 0.006 0.003 0.001 28 W 0.029 0.034 0.049 0.096 0.159 0.187 0.179 0.137 0.067 0.030 0.018 0.007 0.004 0.002 29 A 0.106 0.118 0.113 0.167 0.167 0.131 0.086 0.056 0.033 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 30 D 0.202 0.139 0.122 0.152 0.124 0.100 0.064 0.044 0.027 0.013 0.009 0.003 0.001 0.001 31 D 0.060 0.066 0.084 0.137 0.189 0.176 0.113 0.068 0.052 0.032 0.011 0.008 0.003 0.002 32 C 0.027 0.017 0.025 0.035 0.068 0.113 0.153 0.154 0.132 0.109 0.096 0.037 0.027 0.007 33 Q 0.071 0.064 0.070 0.098 0.133 0.126 0.128 0.122 0.076 0.049 0.034 0.016 0.007 0.006 34 Y 0.031 0.022 0.027 0.041 0.059 0.077 0.095 0.121 0.145 0.134 0.107 0.082 0.041 0.018 35 Y 0.038 0.037 0.047 0.075 0.106 0.121 0.127 0.130 0.108 0.084 0.067 0.034 0.015 0.010 36 A 0.069 0.062 0.085 0.099 0.123 0.118 0.115 0.103 0.080 0.063 0.049 0.019 0.009 0.007 37 F 0.065 0.061 0.062 0.093 0.130 0.129 0.118 0.120 0.084 0.062 0.040 0.019 0.011 0.005 38 P 0.111 0.105 0.104 0.134 0.130 0.118 0.094 0.075 0.056 0.039 0.019 0.009 0.004 0.002 39 A 0.133 0.113 0.122 0.138 0.122 0.115 0.086 0.074 0.043 0.027 0.015 0.007 0.002 0.001 40 T 0.240 0.153 0.140 0.125 0.106 0.076 0.063 0.039 0.027 0.018 0.009 0.003 0.001 0.001 41 L 0.170 0.124 0.119 0.142 0.131 0.110 0.077 0.058 0.031 0.021 0.009 0.005 0.002 0.001 42 L 0.117 0.092 0.093 0.137 0.171 0.128 0.103 0.074 0.041 0.027 0.010 0.004 0.002 0.001 43 A 0.168 0.100 0.096 0.122 0.135 0.112 0.086 0.075 0.046 0.032 0.016 0.007 0.003 0.001 44 G 0.313 0.188 0.137 0.123 0.092 0.058 0.038 0.028 0.011 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 45 N 0.189 0.117 0.114 0.145 0.139 0.114 0.081 0.043 0.034 0.018 0.006 0.002 0.001 0.001 46 A 0.114 0.108 0.157 0.181 0.164 0.122 0.077 0.039 0.024 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 47 A 0.660 0.154 0.104 0.037 0.019 0.012 0.007 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.183 0.227 0.205 0.165 0.104 0.069 0.024 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.028 0.024 0.029 0.077 0.144 0.171 0.211 0.173 0.083 0.026 0.021 0.007 0.004 0.001 50 R 0.067 0.141 0.182 0.217 0.188 0.109 0.048 0.023 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.607 0.206 0.078 0.044 0.024 0.025 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.082 0.106 0.129 0.216 0.214 0.149 0.059 0.026 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.044 0.038 0.065 0.115 0.199 0.183 0.166 0.107 0.053 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 54 I 0.268 0.197 0.166 0.142 0.109 0.060 0.032 0.013 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.618 0.183 0.091 0.045 0.025 0.022 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.134 0.132 0.144 0.185 0.180 0.126 0.059 0.021 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 57 F 0.145 0.112 0.126 0.186 0.194 0.119 0.061 0.034 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 58 K 0.585 0.184 0.111 0.052 0.030 0.020 0.010 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 59 E 0.351 0.179 0.159 0.117 0.083 0.056 0.030 0.011 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 60 P 0.222 0.153 0.164 0.155 0.124 0.085 0.052 0.020 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.380 0.198 0.149 0.094 0.067 0.053 0.029 0.011 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 62 L 0.081 0.059 0.064 0.119 0.158 0.166 0.130 0.108 0.050 0.032 0.016 0.011 0.005 0.001 63 Y 0.080 0.067 0.077 0.127 0.177 0.139 0.113 0.086 0.061 0.039 0.017 0.010 0.003 0.003 64 G 0.059 0.028 0.035 0.052 0.076 0.098 0.114 0.123 0.123 0.114 0.084 0.058 0.029 0.008 65 E 0.139 0.092 0.103 0.100 0.115 0.104 0.096 0.084 0.062 0.039 0.044 0.014 0.005 0.005 66 L 0.045 0.028 0.037 0.052 0.078 0.095 0.108 0.123 0.130 0.114 0.088 0.056 0.035 0.013 67 L 0.044 0.049 0.050 0.106 0.132 0.139 0.133 0.131 0.085 0.063 0.034 0.020 0.009 0.005 68 T 0.120 0.100 0.101 0.129 0.131 0.121 0.097 0.074 0.053 0.035 0.022 0.010 0.004 0.003 69 R 0.064 0.064 0.072 0.107 0.160 0.147 0.123 0.105 0.067 0.044 0.027 0.012 0.005 0.003 70 V 0.070 0.062 0.072 0.097 0.141 0.139 0.123 0.109 0.075 0.053 0.031 0.015 0.009 0.004 71 I 0.067 0.068 0.077 0.114 0.145 0.133 0.123 0.109 0.072 0.047 0.024 0.014 0.006 0.003 72 V 0.116 0.119 0.114 0.149 0.135 0.112 0.082 0.067 0.046 0.029 0.019 0.007 0.003 0.002 73 G 0.099 0.092 0.100 0.139 0.133 0.132 0.105 0.081 0.048 0.033 0.022 0.009 0.004 0.003 74 N 0.063 0.075 0.097 0.131 0.152 0.144 0.111 0.090 0.062 0.036 0.022 0.010 0.005 0.004 75 V 0.034 0.029 0.038 0.062 0.105 0.126 0.140 0.147 0.120 0.095 0.047 0.033 0.017 0.007 76 V 0.016 0.013 0.016 0.028 0.054 0.080 0.124 0.149 0.144 0.133 0.117 0.069 0.039 0.018 77 I 0.012 0.011 0.016 0.022 0.036 0.058 0.077 0.114 0.149 0.146 0.155 0.118 0.059 0.028 78 D 0.021 0.025 0.030 0.047 0.070 0.083 0.103 0.130 0.134 0.125 0.107 0.069 0.029 0.028 79 H 0.014 0.017 0.021 0.036 0.056 0.078 0.096 0.120 0.158 0.140 0.132 0.068 0.038 0.027 80 E 0.021 0.025 0.038 0.055 0.091 0.109 0.135 0.154 0.119 0.108 0.088 0.031 0.016 0.012 81 T 0.026 0.040 0.053 0.083 0.118 0.122 0.123 0.132 0.112 0.084 0.055 0.027 0.014 0.011 82 V 0.015 0.019 0.025 0.044 0.070 0.106 0.117 0.151 0.165 0.138 0.070 0.050 0.025 0.007 83 T 0.071 0.104 0.116 0.138 0.131 0.123 0.108 0.085 0.058 0.033 0.022 0.007 0.003 0.003 84 R 0.107 0.096 0.115 0.142 0.133 0.122 0.083 0.084 0.049 0.030 0.022 0.010 0.004 0.002 85 N 0.158 0.152 0.136 0.173 0.148 0.084 0.064 0.040 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 86 F 0.134 0.133 0.132 0.180 0.157 0.113 0.061 0.052 0.020 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 87 P 0.558 0.192 0.101 0.054 0.034 0.021 0.023 0.006 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 E 0.442 0.218 0.119 0.089 0.046 0.039 0.030 0.008 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 89 G 0.248 0.163 0.153 0.147 0.111 0.072 0.061 0.020 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 90 K 0.134 0.133 0.138 0.158 0.158 0.111 0.068 0.045 0.029 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 91 G 0.033 0.035 0.044 0.093 0.133 0.151 0.158 0.145 0.080 0.063 0.037 0.019 0.008 0.003 92 E 0.029 0.043 0.060 0.111 0.159 0.131 0.118 0.122 0.089 0.059 0.039 0.024 0.008 0.007 93 V 0.005 0.006 0.009 0.017 0.031 0.052 0.084 0.117 0.167 0.169 0.144 0.108 0.069 0.024 94 D 0.004 0.008 0.013 0.023 0.046 0.068 0.106 0.156 0.155 0.143 0.133 0.077 0.035 0.034 95 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.009 0.019 0.041 0.068 0.150 0.200 0.184 0.157 0.104 0.060 96 A 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.020 0.037 0.067 0.152 0.196 0.203 0.153 0.107 0.049 97 C 0.002 0.003 0.005 0.010 0.021 0.035 0.076 0.111 0.140 0.184 0.174 0.124 0.062 0.055 98 I 0.001 0.004 0.005 0.012 0.022 0.043 0.070 0.111 0.200 0.192 0.137 0.108 0.060 0.035 99 Y 0.007 0.010 0.012 0.027 0.047 0.083 0.130 0.160 0.147 0.145 0.119 0.059 0.037 0.016 100 E 0.020 0.063 0.090 0.142 0.159 0.156 0.130 0.107 0.069 0.029 0.022 0.007 0.002 0.003 101 V 0.024 0.041 0.051 0.105 0.176 0.172 0.138 0.136 0.084 0.036 0.021 0.009 0.006 0.002 102 E 0.148 0.187 0.235 0.170 0.101 0.083 0.035 0.017 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 103 N 0.448 0.197 0.167 0.074 0.040 0.040 0.021 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 104 G 0.411 0.159 0.198 0.091 0.059 0.035 0.031 0.006 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 105 R 0.206 0.163 0.214 0.155 0.116 0.073 0.036 0.018 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 106 I 0.089 0.062 0.053 0.110 0.149 0.153 0.145 0.126 0.056 0.030 0.016 0.007 0.003 0.001 107 A 0.121 0.084 0.097 0.133 0.154 0.120 0.101 0.077 0.053 0.028 0.018 0.010 0.003 0.001 108 K 0.215 0.117 0.123 0.115 0.112 0.090 0.068 0.057 0.042 0.026 0.022 0.008 0.003 0.002 109 A 0.070 0.049 0.056 0.102 0.135 0.140 0.114 0.116 0.083 0.061 0.037 0.022 0.011 0.004 110 W 0.081 0.070 0.080 0.120 0.158 0.135 0.120 0.098 0.060 0.041 0.020 0.009 0.005 0.003 111 F 0.147 0.087 0.086 0.121 0.145 0.120 0.098 0.082 0.050 0.032 0.018 0.008 0.003 0.002 112 K 0.146 0.122 0.117 0.135 0.146 0.117 0.082 0.056 0.039 0.021 0.012 0.004 0.002 0.001 113 I 0.116 0.083 0.091 0.118 0.151 0.134 0.110 0.083 0.051 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 114 G 0.291 0.176 0.172 0.126 0.083 0.060 0.040 0.023 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 115 E 0.328 0.171 0.133 0.119 0.090 0.068 0.045 0.020 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 116 P 0.228 0.134 0.115 0.137 0.131 0.104 0.072 0.036 0.021 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 117 R 0.268 0.153 0.154 0.135 0.119 0.079 0.042 0.023 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 118 I 0.146 0.086 0.081 0.127 0.163 0.126 0.105 0.078 0.044 0.023 0.011 0.006 0.003 0.001 119 V 0.202 0.126 0.117 0.145 0.150 0.099 0.070 0.042 0.025 0.013 0.006 0.003 0.001 0.001 120 S 0.372 0.175 0.130 0.097 0.078 0.063 0.040 0.017 0.015 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 121 Q 0.246 0.139 0.128 0.137 0.131 0.095 0.058 0.030 0.020 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 122 K 0.362 0.181 0.142 0.111 0.083 0.058 0.032 0.014 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001