This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA L A 2 2 NATAA N A 3 3 NATAA S A 4 4 NATAA E A 5 5 NATAA I A 6 6 NATAA E A 7 7 NATAA L A 8 8 NATRO P A 9 9 NATAA V A 10 10 NATAA Q A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA Q A 13 13 NATAA L A 14 14 NATAA E A 15 15 NATAA A A 16 16 NATAA Y A 17 17 NATAA N A 18 18 NATAA A A 19 19 NATAA R A 20 20 NATAA D A 21 21 NATAA I A 22 22 NATAA D A 23 23 NATAA A A 24 24 NATAA F A 25 25 NATAA M A 26 26 NATAA A A 27 27 NATAA W A 28 28 NATAA W A 29 29 NATAA A A 30 30 NATAA D A 31 31 NATAA D A 32 32 NATRO C A 33 33 NATAA Q A 34 34 NATAA Y A 35 35 NATAA Y A 36 36 NATAA A A 37 37 NATAA F A 38 38 NATRO P A 39 39 NATAA A A 40 40 NATAA T A 41 41 NATAA L A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA N A 46 46 NATAA A A 47 47 NATAA A A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA I A 50 50 NATAA R A 51 51 NATAA V A 52 52 NATAA R A 53 53 NATAA H A 54 54 NATAA I A 55 55 NATAA E A 56 56 NATAA R A 57 57 NATAA F A 58 58 NATAA K A 59 59 NATAA E A 60 60 NATRO P A 61 61 NATAA D A 62 62 NATAA L A 63 63 NATAA Y A 64 64 NATAA G A 65 65 NATAA E A 66 66 NATAA L A 67 67 NATAA L A 68 68 NATAA T A 69 69 NATAA R A 70 70 NATAA V A 71 71 NATAA I A 72 72 NATAA V A 73 73 NATAA G A 74 74 NATAA N A 75 75 NATAA V A 76 76 NATAA V A 77 77 NATAA I A 78 78 NATAA D A 79 79 NATAA H A 80 80 NATAA E A 81 81 NATAA T A 82 82 NATAA V A 83 83 NATAA T A 84 84 NATAA R A 85 85 NATAA N A 86 86 NATAA F A 87 87 NATRO P A 88 88 NATAA E A 89 89 NATAA G A 90 90 NATAA K A 91 91 NATAA G A 92 92 NATAA E A 93 93 NATAA V A 94 94 NATAA D A 95 95 NATAA V A 96 96 NATAA A A 97 97 NATRO C A 98 98 NATAA I A 99 99 NATAA Y A 100 100 NATAA E A 101 101 NATAA V A 102 102 NATAA E A 103 103 NATAA N A 104 104 NATAA G A 105 105 NATAA R A 106 106 NATAA I A 107 107 NATAA A A 108 108 NATAA K A 109 109 NATAA A A 110 110 NATAA W A 111 111 NATAA F A 112 112 NATAA K A 113 113 NATAA I A 114 114 NATAA G A 115 115 NATAA E A 116 116 NATRO P A 117 117 NATAA R A 118 118 NATAA I A 119 119 NATAA V A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA Q A 122 122 NATAA K