# TARGET T0475 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.001 0.020 0.889 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.069 0.008 0.004 0.004 2 N 0.001 0.006 0.943 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.001 0.029 0.005 0.001 0.004 3 S 0.001 0.001 0.096 0.001 0.184 0.462 0.001 0.001 0.001 0.106 0.147 0.002 0.001 4 E 0.001 0.004 0.087 0.001 0.284 0.410 0.001 0.001 0.001 0.041 0.168 0.001 0.004 5 I 0.001 0.012 0.151 0.001 0.128 0.499 0.001 0.001 0.004 0.063 0.135 0.005 0.003 6 E 0.001 0.004 0.223 0.001 0.007 0.684 0.001 0.001 0.002 0.054 0.019 0.001 0.006 7 L 0.001 0.001 0.015 0.001 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 8 P 0.001 0.001 0.010 0.001 0.002 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 9 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 10 Q 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 11 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 13 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 15 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 16 Y 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.932 0.001 0.001 0.001 0.003 0.059 0.001 0.001 17 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.008 0.700 0.001 0.001 0.001 0.005 0.280 0.001 0.001 18 A 0.001 0.001 0.019 0.001 0.015 0.396 0.001 0.001 0.001 0.020 0.549 0.001 0.001 19 R 0.001 0.006 0.111 0.001 0.017 0.324 0.001 0.001 0.001 0.208 0.334 0.001 0.001 20 D 0.001 0.006 0.553 0.001 0.011 0.217 0.001 0.001 0.002 0.156 0.055 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.010 0.001 0.008 0.973 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 22 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 23 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 25 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 26 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.922 0.001 0.001 0.001 0.002 0.067 0.001 0.001 27 W 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.677 0.001 0.001 0.001 0.006 0.299 0.001 0.001 28 W 0.001 0.016 0.098 0.001 0.022 0.326 0.001 0.001 0.007 0.070 0.459 0.001 0.001 29 A 0.001 0.008 0.619 0.001 0.047 0.072 0.001 0.001 0.009 0.103 0.134 0.004 0.002 30 D 0.001 0.003 0.054 0.005 0.049 0.032 0.001 0.001 0.004 0.169 0.681 0.001 0.001 31 D 0.001 0.002 0.116 0.015 0.028 0.006 0.001 0.001 0.009 0.140 0.676 0.002 0.004 32 C 0.010 0.015 0.591 0.005 0.010 0.004 0.023 0.019 0.163 0.032 0.007 0.012 0.110 33 Q 0.037 0.020 0.071 0.009 0.003 0.004 0.094 0.105 0.465 0.011 0.005 0.145 0.031 34 Y 0.060 0.004 0.037 0.005 0.004 0.004 0.119 0.265 0.368 0.005 0.004 0.019 0.107 35 Y 0.057 0.007 0.101 0.034 0.003 0.005 0.066 0.146 0.382 0.030 0.010 0.118 0.041 36 A 0.026 0.024 0.286 0.019 0.006 0.007 0.024 0.018 0.185 0.148 0.015 0.056 0.187 37 F 0.003 0.015 0.602 0.017 0.005 0.007 0.001 0.001 0.034 0.193 0.033 0.038 0.051 38 P 0.001 0.013 0.287 0.010 0.050 0.033 0.001 0.001 0.006 0.172 0.402 0.008 0.016 39 A 0.002 0.011 0.191 0.005 0.069 0.041 0.001 0.001 0.004 0.211 0.442 0.010 0.011 40 T 0.006 0.023 0.357 0.009 0.103 0.047 0.002 0.001 0.009 0.207 0.184 0.010 0.042 41 L 0.020 0.047 0.352 0.004 0.078 0.064 0.005 0.001 0.017 0.170 0.076 0.099 0.066 42 L 0.026 0.036 0.314 0.009 0.072 0.075 0.006 0.001 0.019 0.108 0.099 0.029 0.206 43 A 0.024 0.047 0.240 0.010 0.058 0.103 0.008 0.003 0.019 0.087 0.211 0.111 0.081 44 G 0.011 0.053 0.260 0.004 0.018 0.086 0.003 0.001 0.008 0.224 0.239 0.054 0.041 45 N 0.001 0.012 0.595 0.001 0.005 0.056 0.001 0.001 0.002 0.241 0.060 0.005 0.022 46 A 0.001 0.001 0.018 0.001 0.009 0.936 0.001 0.001 0.001 0.010 0.025 0.001 0.001 47 A 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 48 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 52 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 53 H 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 0.978 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 54 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.001 55 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.015 0.916 0.001 0.001 0.001 0.003 0.061 0.001 0.001 56 R 0.001 0.001 0.021 0.001 0.040 0.784 0.001 0.001 0.001 0.011 0.141 0.001 0.001 57 F 0.001 0.009 0.292 0.001 0.031 0.344 0.001 0.001 0.001 0.137 0.182 0.001 0.003 58 K 0.001 0.011 0.369 0.003 0.032 0.077 0.001 0.001 0.001 0.197 0.306 0.002 0.002 59 E 0.001 0.003 0.675 0.001 0.008 0.012 0.001 0.001 0.001 0.262 0.039 0.001 0.001 60 P 0.001 0.005 0.335 0.002 0.060 0.018 0.001 0.001 0.001 0.241 0.334 0.001 0.002 61 D 0.001 0.011 0.223 0.005 0.073 0.012 0.001 0.001 0.004 0.184 0.472 0.005 0.011 62 L 0.014 0.036 0.446 0.012 0.070 0.022 0.005 0.002 0.040 0.141 0.066 0.060 0.085 63 Y 0.058 0.027 0.260 0.056 0.020 0.026 0.024 0.007 0.106 0.051 0.048 0.100 0.217 64 G 0.153 0.008 0.171 0.013 0.006 0.015 0.042 0.012 0.098 0.036 0.016 0.211 0.218 65 E 0.127 0.010 0.114 0.009 0.002 0.008 0.038 0.011 0.149 0.020 0.006 0.397 0.107 66 L 0.066 0.008 0.068 0.006 0.004 0.011 0.039 0.009 0.116 0.004 0.003 0.035 0.631 67 L 0.077 0.002 0.070 0.595 0.005 0.009 0.017 0.004 0.030 0.012 0.008 0.115 0.057 68 T 0.275 0.002 0.035 0.049 0.010 0.006 0.022 0.003 0.027 0.041 0.007 0.269 0.256 69 R 0.227 0.004 0.035 0.027 0.007 0.010 0.052 0.006 0.041 0.013 0.005 0.088 0.486 70 V 0.237 0.005 0.035 0.012 0.004 0.011 0.057 0.011 0.056 0.005 0.007 0.418 0.141 71 I 0.227 0.011 0.044 0.020 0.003 0.007 0.048 0.006 0.026 0.019 0.020 0.068 0.501 72 V 0.119 0.008 0.095 0.050 0.007 0.009 0.011 0.001 0.006 0.061 0.138 0.375 0.120 73 G 0.021 0.002 0.127 0.052 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.210 0.452 0.029 0.090 74 N 0.054 0.002 0.222 0.020 0.012 0.007 0.002 0.001 0.002 0.228 0.278 0.078 0.093 75 V 0.392 0.010 0.039 0.004 0.003 0.002 0.016 0.001 0.002 0.028 0.014 0.171 0.317 76 V 0.656 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.002 0.147 0.145 77 I 0.695 0.001 0.007 0.006 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 0.002 0.001 0.101 0.162 78 D 0.568 0.001 0.011 0.025 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.226 0.146 79 H 0.444 0.001 0.018 0.029 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.009 0.007 0.140 0.341 80 E 0.655 0.001 0.017 0.018 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.011 0.007 0.143 0.133 81 T 0.649 0.002 0.006 0.002 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.155 0.171 82 V 0.591 0.001 0.018 0.012 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.004 0.002 0.132 0.226 83 T 0.627 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.018 0.001 0.003 0.006 0.006 0.123 0.175 84 R 0.536 0.003 0.021 0.002 0.001 0.001 0.021 0.001 0.003 0.012 0.008 0.239 0.153 85 N 0.320 0.017 0.097 0.004 0.002 0.001 0.017 0.001 0.005 0.028 0.016 0.067 0.426 86 F 0.036 0.029 0.381 0.010 0.005 0.001 0.005 0.001 0.004 0.094 0.070 0.257 0.107 87 P 0.002 0.003 0.184 0.004 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.106 0.649 0.010 0.034 88 E 0.001 0.004 0.092 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.307 0.568 0.006 0.007 89 G 0.003 0.012 0.216 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.480 0.157 0.089 0.016 90 K 0.006 0.024 0.348 0.010 0.028 0.003 0.002 0.001 0.003 0.190 0.122 0.008 0.256 91 G 0.047 0.026 0.349 0.042 0.013 0.002 0.009 0.001 0.005 0.098 0.048 0.263 0.097 92 E 0.092 0.041 0.189 0.012 0.003 0.002 0.015 0.001 0.007 0.029 0.007 0.107 0.497 93 V 0.089 0.014 0.266 0.015 0.002 0.002 0.010 0.001 0.014 0.023 0.003 0.328 0.233 94 D 0.122 0.006 0.165 0.131 0.002 0.001 0.016 0.001 0.016 0.035 0.006 0.224 0.274 95 V 0.282 0.003 0.034 0.014 0.005 0.001 0.024 0.001 0.010 0.006 0.007 0.177 0.438 96 A 0.504 0.001 0.026 0.069 0.002 0.001 0.028 0.001 0.006 0.006 0.003 0.129 0.225 97 C 0.599 0.001 0.007 0.021 0.001 0.001 0.016 0.001 0.004 0.005 0.001 0.248 0.097 98 I 0.741 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.033 0.199 99 Y 0.835 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.025 0.001 0.002 0.001 0.001 0.087 0.043 100 E 0.678 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.024 0.001 0.004 0.001 0.001 0.086 0.199 101 V 0.430 0.001 0.068 0.009 0.003 0.002 0.014 0.001 0.005 0.018 0.094 0.050 0.307 102 E 0.106 0.005 0.034 0.007 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.061 0.499 0.235 0.041 103 N 0.001 0.001 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.930 0.003 0.010 104 G 0.004 0.001 0.109 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.187 0.666 0.008 0.017 105 R 0.070 0.018 0.109 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.033 0.009 0.713 0.039 106 I 0.035 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.931 107 A 0.052 0.001 0.008 0.864 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.003 108 K 0.590 0.002 0.008 0.001 0.001 0.001 0.067 0.001 0.003 0.003 0.001 0.094 0.230 109 A 0.550 0.001 0.012 0.005 0.001 0.001 0.062 0.001 0.004 0.002 0.001 0.090 0.271 110 W 0.474 0.001 0.019 0.067 0.001 0.002 0.051 0.001 0.005 0.003 0.001 0.307 0.068 111 F 0.356 0.002 0.041 0.010 0.004 0.006 0.039 0.002 0.010 0.014 0.007 0.106 0.403 112 K 0.278 0.005 0.113 0.025 0.010 0.009 0.029 0.001 0.011 0.041 0.042 0.250 0.185 113 I 0.080 0.044 0.229 0.009 0.023 0.029 0.013 0.001 0.012 0.170 0.134 0.078 0.179 114 G 0.004 0.016 0.425 0.004 0.015 0.038 0.001 0.001 0.005 0.268 0.181 0.017 0.026 115 E 0.001 0.012 0.381 0.004 0.029 0.110 0.001 0.001 0.002 0.329 0.106 0.005 0.021 116 P 0.002 0.009 0.181 0.002 0.094 0.436 0.001 0.001 0.001 0.117 0.140 0.009 0.009 117 R 0.004 0.021 0.124 0.001 0.176 0.494 0.002 0.001 0.005 0.045 0.091 0.012 0.026 118 I 0.007 0.013 0.168 0.004 0.211 0.441 0.002 0.001 0.002 0.055 0.061 0.007 0.029 119 V 0.015 0.017 0.161 0.011 0.133 0.379 0.003 0.002 0.003 0.067 0.145 0.037 0.025 120 S 0.005 0.016 0.192 0.002 0.077 0.290 0.002 0.001 0.003 0.086 0.284 0.012 0.029 121 Q 0.001 0.008 0.754 0.001 0.008 0.051 0.001 0.001 0.001 0.105 0.061 0.004 0.008 122 K 0.001 0.003 0.963 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.023 0.004 0.001 0.001