# TARGET T0475 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 1280 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.156 0.213 0.334 0.140 0.041 0.052 0.022 0.005 0.032 0.004 0.001 2 N 0.163 0.148 0.406 0.089 0.044 0.065 0.031 0.006 0.031 0.015 0.001 3 S 0.663 0.043 0.117 0.079 0.037 0.010 0.012 0.016 0.006 0.016 0.001 4 E 0.673 0.033 0.129 0.094 0.015 0.015 0.013 0.011 0.010 0.006 0.001 5 I 0.649 0.034 0.072 0.185 0.007 0.025 0.013 0.003 0.009 0.003 0.001 6 E 0.687 0.056 0.137 0.072 0.007 0.021 0.011 0.002 0.006 0.002 0.001 7 L 0.670 0.060 0.175 0.008 0.023 0.015 0.017 0.005 0.022 0.004 0.001 8 P 0.875 0.002 0.088 0.005 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 9 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 Q 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 12 Q 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 13 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 14 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 15 A 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 16 Y 0.906 0.001 0.001 0.091 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 17 N 0.662 0.005 0.016 0.231 0.002 0.016 0.053 0.006 0.007 0.002 0.001 18 A 0.684 0.022 0.046 0.220 0.010 0.007 0.006 0.002 0.002 0.002 0.001 19 R 0.426 0.012 0.059 0.219 0.058 0.024 0.101 0.083 0.004 0.014 0.001 20 D 0.054 0.023 0.079 0.044 0.016 0.404 0.008 0.001 0.367 0.003 0.001 21 I 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 D 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 A 0.992 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 F 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 M 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 A 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 W 0.929 0.001 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 W 0.649 0.005 0.015 0.284 0.001 0.009 0.012 0.009 0.014 0.001 0.001 29 A 0.450 0.069 0.314 0.072 0.010 0.043 0.019 0.003 0.014 0.006 0.001 30 D 0.787 0.011 0.070 0.108 0.005 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 31 D 0.211 0.051 0.047 0.510 0.037 0.028 0.069 0.019 0.028 0.001 0.001 32 C 0.071 0.442 0.294 0.041 0.081 0.032 0.011 0.004 0.023 0.002 0.001 33 Q 0.096 0.696 0.104 0.025 0.039 0.019 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 34 Y 0.094 0.565 0.179 0.038 0.032 0.051 0.003 0.001 0.035 0.001 0.001 35 Y 0.098 0.568 0.102 0.058 0.054 0.045 0.013 0.001 0.061 0.001 0.001 36 A 0.130 0.225 0.266 0.104 0.062 0.112 0.044 0.004 0.044 0.006 0.003 37 F 0.044 0.263 0.412 0.008 0.041 0.038 0.014 0.001 0.175 0.002 0.002 38 P 0.391 0.012 0.450 0.049 0.001 0.040 0.002 0.001 0.003 0.001 0.051 39 A 0.284 0.093 0.173 0.196 0.068 0.028 0.079 0.037 0.020 0.021 0.001 40 T 0.270 0.092 0.170 0.208 0.072 0.029 0.071 0.047 0.017 0.021 0.002 41 L 0.259 0.137 0.312 0.094 0.053 0.040 0.048 0.010 0.040 0.005 0.001 42 L 0.380 0.151 0.285 0.095 0.013 0.050 0.007 0.003 0.012 0.002 0.002 43 A 0.334 0.178 0.206 0.193 0.030 0.025 0.013 0.002 0.014 0.004 0.001 44 G 0.110 0.048 0.132 0.102 0.275 0.012 0.102 0.127 0.008 0.084 0.001 45 N 0.044 0.063 0.417 0.037 0.051 0.240 0.015 0.001 0.120 0.008 0.002 46 A 0.979 0.001 0.005 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 A 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.993 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 I 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 51 V 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 R 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 H 0.975 0.001 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 I 0.966 0.005 0.005 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 55 E 0.948 0.005 0.013 0.027 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 R 0.535 0.012 0.014 0.425 0.002 0.004 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 57 F 0.339 0.095 0.205 0.187 0.031 0.032 0.062 0.020 0.025 0.004 0.001 58 K 0.264 0.150 0.177 0.235 0.041 0.051 0.036 0.013 0.017 0.015 0.001 59 E 0.045 0.219 0.349 0.009 0.041 0.020 0.019 0.001 0.292 0.005 0.001 60 P 0.367 0.004 0.492 0.015 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.002 0.101 61 D 0.184 0.092 0.257 0.234 0.040 0.107 0.031 0.011 0.041 0.002 0.002 62 L 0.238 0.286 0.200 0.160 0.044 0.033 0.009 0.005 0.022 0.002 0.001 63 Y 0.174 0.310 0.162 0.217 0.058 0.024 0.026 0.005 0.021 0.004 0.001 64 G 0.095 0.150 0.157 0.053 0.362 0.005 0.030 0.088 0.005 0.054 0.001 65 E 0.038 0.592 0.242 0.010 0.060 0.023 0.005 0.001 0.028 0.001 0.001 66 L 0.069 0.162 0.688 0.003 0.002 0.065 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 67 L 0.530 0.217 0.065 0.143 0.019 0.014 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 68 T 0.067 0.555 0.114 0.020 0.206 0.012 0.009 0.001 0.014 0.001 0.001 69 R 0.051 0.699 0.154 0.012 0.043 0.019 0.002 0.001 0.020 0.001 0.001 70 V 0.064 0.741 0.092 0.017 0.040 0.018 0.001 0.001 0.027 0.001 0.001 71 I 0.074 0.537 0.241 0.031 0.040 0.043 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 72 V 0.088 0.374 0.228 0.102 0.087 0.020 0.038 0.003 0.053 0.007 0.001 73 G 0.029 0.006 0.032 0.009 0.086 0.001 0.059 0.270 0.001 0.507 0.001 74 N 0.156 0.160 0.257 0.267 0.052 0.047 0.032 0.004 0.018 0.002 0.005 75 V 0.030 0.655 0.207 0.018 0.063 0.014 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 76 V 0.012 0.841 0.091 0.003 0.027 0.014 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 77 I 0.012 0.860 0.052 0.006 0.046 0.008 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 78 D 0.015 0.658 0.154 0.006 0.100 0.043 0.003 0.001 0.019 0.001 0.001 79 H 0.060 0.680 0.094 0.023 0.099 0.019 0.006 0.001 0.018 0.001 0.001 80 E 0.104 0.406 0.155 0.036 0.223 0.023 0.025 0.006 0.017 0.005 0.001 81 T 0.066 0.746 0.088 0.019 0.060 0.009 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 82 V 0.060 0.650 0.139 0.018 0.072 0.029 0.005 0.001 0.026 0.001 0.001 83 T 0.097 0.668 0.069 0.065 0.070 0.012 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 84 R 0.053 0.539 0.096 0.021 0.252 0.010 0.009 0.004 0.013 0.003 0.001 85 N 0.070 0.579 0.166 0.059 0.029 0.047 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 86 F 0.024 0.245 0.211 0.006 0.046 0.033 0.035 0.001 0.394 0.004 0.001 87 P 0.490 0.009 0.290 0.065 0.002 0.041 0.005 0.002 0.002 0.006 0.087 88 E 0.144 0.057 0.121 0.490 0.024 0.027 0.092 0.019 0.022 0.004 0.001 89 G 0.051 0.058 0.215 0.049 0.132 0.010 0.104 0.203 0.008 0.169 0.001 90 K 0.160 0.251 0.378 0.119 0.032 0.022 0.019 0.005 0.012 0.002 0.002 91 G 0.031 0.153 0.137 0.039 0.429 0.009 0.033 0.068 0.007 0.094 0.001 92 E 0.054 0.547 0.193 0.046 0.098 0.035 0.006 0.001 0.016 0.002 0.001 93 V 0.015 0.657 0.143 0.009 0.108 0.020 0.004 0.001 0.043 0.001 0.001 94 D 0.128 0.262 0.429 0.059 0.017 0.081 0.004 0.001 0.015 0.001 0.005 95 V 0.006 0.747 0.049 0.007 0.177 0.005 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 96 A 0.004 0.847 0.040 0.006 0.091 0.003 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 97 C 0.001 0.778 0.059 0.001 0.155 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 98 I 0.001 0.897 0.034 0.001 0.050 0.006 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 99 Y 0.001 0.861 0.056 0.001 0.056 0.008 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 100 E 0.002 0.733 0.212 0.001 0.010 0.030 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 101 V 0.023 0.632 0.258 0.008 0.019 0.035 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 102 E 0.163 0.612 0.095 0.019 0.035 0.021 0.007 0.001 0.041 0.006 0.001 103 N 0.020 0.015 0.032 0.129 0.007 0.014 0.759 0.003 0.019 0.003 0.001 104 G 0.002 0.001 0.008 0.003 0.018 0.001 0.048 0.877 0.001 0.042 0.001 105 R 0.027 0.577 0.331 0.011 0.025 0.018 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 106 I 0.012 0.332 0.589 0.001 0.002 0.055 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 107 A 0.389 0.345 0.038 0.179 0.030 0.012 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 108 K 0.009 0.676 0.083 0.003 0.220 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 109 A 0.019 0.796 0.077 0.007 0.057 0.018 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 110 W 0.034 0.760 0.078 0.012 0.077 0.013 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 111 F 0.055 0.615 0.150 0.027 0.100 0.024 0.007 0.001 0.018 0.001 0.001 112 K 0.065 0.539 0.202 0.054 0.059 0.042 0.009 0.002 0.026 0.002 0.001 113 I 0.103 0.363 0.312 0.081 0.059 0.025 0.022 0.001 0.030 0.003 0.001 114 G 0.088 0.044 0.182 0.092 0.159 0.040 0.124 0.126 0.014 0.129 0.003 115 E 0.197 0.203 0.376 0.030 0.037 0.027 0.010 0.001 0.112 0.005 0.001 116 P 0.464 0.008 0.470 0.020 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.023 117 R 0.586 0.062 0.239 0.041 0.019 0.023 0.009 0.005 0.012 0.002 0.001 118 I 0.540 0.136 0.197 0.075 0.015 0.024 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 119 V 0.603 0.164 0.115 0.070 0.022 0.011 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 120 S 0.365 0.075 0.303 0.173 0.020 0.032 0.010 0.007 0.013 0.001 0.001 121 Q 0.106 0.162 0.460 0.094 0.025 0.056 0.030 0.005 0.060 0.002 0.001 122 K 0.218 0.179 0.360 0.055 0.060 0.024 0.032 0.019 0.016 0.036 0.001