# TARGET T0475 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0475.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 76 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 L 0.020 0.008 0.045 0.113 0.417 0.398 2 N 0.014 0.008 0.028 0.106 0.369 0.474 3 S 0.021 0.016 0.032 0.250 0.301 0.380 4 E 0.020 0.014 0.011 0.205 0.130 0.621 5 I 0.002 0.001 0.005 0.930 0.020 0.042 6 E 0.001 0.001 0.002 0.965 0.016 0.015 7 L 0.001 0.001 0.002 0.981 0.010 0.007 8 P 0.001 0.001 0.002 0.990 0.005 0.003 9 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 10 Q 0.001 0.001 0.001 0.992 0.004 0.003 11 K 0.001 0.001 0.001 0.991 0.004 0.004 12 Q 0.001 0.001 0.001 0.984 0.004 0.011 13 L 0.001 0.001 0.002 0.995 0.002 0.002 14 E 0.001 0.001 0.003 0.991 0.004 0.001 15 A 0.001 0.001 0.005 0.990 0.004 0.001 16 Y 0.001 0.001 0.009 0.979 0.007 0.004 17 N 0.001 0.001 0.008 0.974 0.011 0.006 18 A 0.001 0.001 0.006 0.876 0.059 0.058 19 R 0.001 0.001 0.010 0.430 0.187 0.371 20 D 0.004 0.019 0.009 0.283 0.133 0.552 21 I 0.001 0.001 0.003 0.984 0.009 0.004 22 D 0.001 0.001 0.002 0.991 0.006 0.001 23 A 0.001 0.001 0.002 0.991 0.005 0.001 24 F 0.001 0.001 0.002 0.993 0.004 0.001 25 M 0.001 0.001 0.002 0.990 0.006 0.002 26 A 0.001 0.001 0.004 0.979 0.012 0.004 27 W 0.001 0.001 0.012 0.923 0.031 0.033 28 W 0.007 0.011 0.014 0.772 0.079 0.117 29 A 0.015 0.006 0.038 0.600 0.190 0.150 30 D 0.046 0.003 0.030 0.301 0.336 0.285 31 D 0.273 0.005 0.034 0.105 0.368 0.215 32 C 0.674 0.005 0.012 0.075 0.135 0.100 33 Q 0.772 0.006 0.009 0.052 0.078 0.083 34 Y 0.806 0.008 0.007 0.046 0.065 0.068 35 Y 0.733 0.010 0.006 0.035 0.098 0.118 36 A 0.555 0.024 0.005 0.016 0.159 0.241 37 F 0.206 0.019 0.012 0.011 0.473 0.279 38 P 0.058 0.007 0.022 0.008 0.703 0.201 39 A 0.038 0.007 0.037 0.011 0.758 0.150 40 T 0.134 0.009 0.026 0.008 0.620 0.203 41 L 0.395 0.014 0.017 0.013 0.228 0.333 42 L 0.801 0.021 0.005 0.011 0.057 0.104 43 A 0.862 0.015 0.004 0.017 0.044 0.058 44 G 0.660 0.023 0.003 0.045 0.079 0.190 45 N 0.179 0.009 0.014 0.377 0.195 0.226 46 A 0.002 0.001 0.016 0.961 0.015 0.006 47 A 0.004 0.001 0.014 0.958 0.019 0.004 48 E 0.003 0.001 0.014 0.956 0.019 0.007 49 I 0.009 0.001 0.004 0.949 0.010 0.028 50 R 0.007 0.001 0.004 0.970 0.009 0.010 51 V 0.002 0.001 0.006 0.964 0.016 0.011 52 R 0.001 0.001 0.007 0.958 0.019 0.014 53 H 0.001 0.001 0.012 0.902 0.055 0.028 54 I 0.001 0.001 0.019 0.879 0.075 0.025 55 E 0.001 0.001 0.017 0.782 0.129 0.070 56 R 0.002 0.001 0.019 0.687 0.176 0.115 57 F 0.008 0.007 0.030 0.484 0.254 0.217 58 K 0.009 0.012 0.030 0.289 0.336 0.323 59 E 0.009 0.005 0.034 0.134 0.432 0.386 60 P 0.006 0.002 0.032 0.050 0.422 0.489 61 D 0.027 0.011 0.057 0.063 0.513 0.330 62 L 0.092 0.013 0.050 0.083 0.471 0.291 63 Y 0.278 0.015 0.041 0.076 0.284 0.305 64 G 0.767 0.011 0.013 0.027 0.076 0.106 65 E 0.889 0.008 0.006 0.015 0.033 0.049 66 L 0.876 0.004 0.011 0.023 0.039 0.046 67 L 0.843 0.003 0.014 0.036 0.056 0.048 68 T 0.828 0.003 0.014 0.045 0.061 0.050 69 R 0.821 0.006 0.009 0.064 0.058 0.041 70 V 0.847 0.008 0.005 0.058 0.048 0.034 71 I 0.800 0.007 0.004 0.058 0.098 0.033 72 V 0.539 0.012 0.006 0.061 0.303 0.080 73 G 0.156 0.004 0.006 0.027 0.666 0.141 74 N 0.289 0.006 0.005 0.015 0.504 0.181 75 V 0.806 0.021 0.001 0.006 0.063 0.103 76 V 0.890 0.009 0.001 0.005 0.022 0.074 77 I 0.868 0.005 0.001 0.005 0.023 0.099 78 D 0.814 0.007 0.003 0.010 0.043 0.122 79 H 0.777 0.004 0.022 0.022 0.080 0.096 80 E 0.801 0.002 0.025 0.024 0.078 0.070 81 T 0.848 0.004 0.019 0.018 0.070 0.041 82 V 0.877 0.011 0.008 0.014 0.048 0.042 83 T 0.814 0.009 0.010 0.015 0.084 0.069 84 R 0.753 0.012 0.012 0.010 0.120 0.093 85 N 0.432 0.017 0.018 0.011 0.343 0.178 86 F 0.130 0.011 0.034 0.016 0.680 0.129 87 P 0.026 0.005 0.050 0.020 0.824 0.075 88 E 0.035 0.005 0.048 0.018 0.802 0.092 89 G 0.211 0.022 0.024 0.028 0.507 0.209 90 K 0.450 0.017 0.003 0.009 0.109 0.413 91 G 0.732 0.017 0.001 0.006 0.038 0.206 92 E 0.791 0.008 0.001 0.003 0.025 0.173 93 V 0.894 0.005 0.002 0.002 0.017 0.080 94 D 0.943 0.002 0.002 0.001 0.012 0.040 95 V 0.973 0.001 0.001 0.001 0.006 0.020 96 A 0.986 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 97 C 0.990 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 98 I 0.993 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 99 Y 0.990 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 100 E 0.984 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 101 V 0.905 0.008 0.001 0.001 0.071 0.014 102 E 0.461 0.007 0.004 0.004 0.475 0.049 103 N 0.068 0.002 0.006 0.002 0.888 0.034 104 G 0.125 0.005 0.011 0.003 0.805 0.051 105 R 0.761 0.014 0.002 0.002 0.108 0.112 106 I 0.953 0.003 0.001 0.001 0.012 0.032 107 A 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 108 K 0.980 0.003 0.001 0.001 0.006 0.010 109 A 0.936 0.001 0.002 0.003 0.024 0.033 110 W 0.899 0.001 0.003 0.005 0.045 0.047 111 F 0.900 0.004 0.003 0.008 0.050 0.034 112 K 0.847 0.016 0.004 0.013 0.072 0.048 113 I 0.539 0.035 0.015 0.031 0.296 0.084 114 G 0.105 0.004 0.013 0.014 0.648 0.215 115 E 0.068 0.008 0.008 0.006 0.591 0.319 116 P 0.176 0.043 0.010 0.005 0.377 0.389 117 R 0.281 0.019 0.011 0.005 0.140 0.545 118 I 0.476 0.017 0.016 0.006 0.106 0.378 119 V 0.455 0.030 0.012 0.007 0.106 0.389 120 S 0.259 0.013 0.011 0.011 0.141 0.565 121 Q 0.158 0.024 0.007 0.012 0.093 0.706 122 K 0.009 0.007 0.002 0.005 0.052 0.925