# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.039 0.032 0.006 0.058 0.017 0.041 0.024 0.002 0.001 0.002 0.778 2 N 0.030 0.042 0.006 0.060 0.048 0.089 0.085 0.002 0.001 0.004 0.634 3 S 0.083 0.056 0.010 0.065 0.032 0.073 0.074 0.003 0.001 0.009 0.596 4 L 0.084 0.112 0.006 0.067 0.029 0.052 0.102 0.002 0.001 0.004 0.542 5 A 0.065 0.121 0.012 0.076 0.034 0.056 0.219 0.003 0.001 0.008 0.405 6 G 0.158 0.172 0.008 0.059 0.023 0.060 0.108 0.007 0.001 0.009 0.396 7 I 0.178 0.269 0.014 0.064 0.050 0.083 0.057 0.005 0.001 0.004 0.277 8 D 0.038 0.262 0.003 0.025 0.030 0.041 0.092 0.005 0.001 0.006 0.498 9 M 0.136 0.306 0.016 0.051 0.034 0.052 0.083 0.011 0.001 0.007 0.305 10 G 0.152 0.297 0.005 0.070 0.061 0.086 0.124 0.017 0.001 0.006 0.182 11 R 0.243 0.167 0.028 0.139 0.056 0.074 0.100 0.010 0.001 0.011 0.172 12 I 0.084 0.169 0.012 0.392 0.109 0.081 0.023 0.003 0.001 0.003 0.126 13 L 0.039 0.103 0.011 0.417 0.065 0.142 0.021 0.006 0.001 0.006 0.189 14 L 0.013 0.051 0.008 0.658 0.049 0.090 0.026 0.002 0.001 0.002 0.101 15 D 0.010 0.022 0.003 0.407 0.086 0.178 0.063 0.005 0.001 0.004 0.222 16 L 0.027 0.016 0.053 0.203 0.022 0.075 0.208 0.003 0.001 0.012 0.381 17 S 0.004 0.002 0.001 0.014 0.003 0.005 0.784 0.001 0.001 0.001 0.185 18 N 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.122 0.001 0.001 0.008 0.848 19 E 0.017 0.053 0.001 0.006 0.001 0.001 0.306 0.001 0.001 0.002 0.614 20 V 0.055 0.051 0.001 0.003 0.001 0.001 0.753 0.001 0.001 0.002 0.133 21 I 0.030 0.927 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.028 22 K 0.022 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.068 23 Q 0.026 0.900 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.054 24 L 0.071 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.026 25 D 0.035 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.058 26 D 0.023 0.795 0.027 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.127 27 L 0.077 0.779 0.007 0.001 0.001 0.002 0.024 0.026 0.001 0.001 0.081 28 E 0.072 0.815 0.006 0.002 0.002 0.002 0.021 0.011 0.001 0.001 0.069 29 V 0.034 0.853 0.011 0.002 0.003 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.076 30 Q 0.117 0.740 0.005 0.003 0.004 0.004 0.013 0.019 0.001 0.001 0.093 31 R 0.160 0.633 0.015 0.006 0.003 0.003 0.011 0.033 0.001 0.001 0.135 32 N 0.222 0.271 0.066 0.009 0.004 0.009 0.030 0.102 0.001 0.005 0.282 33 L 0.323 0.090 0.281 0.017 0.007 0.009 0.029 0.011 0.001 0.004 0.229 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 R 0.016 0.009 0.019 0.016 0.007 0.024 0.144 0.001 0.001 0.005 0.760 36 A 0.069 0.076 0.001 0.010 0.003 0.012 0.147 0.001 0.001 0.001 0.679 37 D 0.048 0.257 0.001 0.003 0.002 0.004 0.188 0.001 0.001 0.001 0.496 38 L 0.048 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.215 39 L 0.049 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.043 40 R 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 41 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 42 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 44 D 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 45 Q 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 46 Y 0.027 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 47 L 0.010 0.969 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 48 I 0.017 0.943 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.022 49 N 0.066 0.856 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.033 50 Q 0.214 0.613 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.086 0.001 0.001 0.068 51 S 0.174 0.350 0.091 0.005 0.003 0.004 0.028 0.051 0.001 0.002 0.292 52 Q 0.035 0.074 0.117 0.008 0.004 0.005 0.052 0.007 0.001 0.002 0.696 53 T 0.030 0.046 0.007 0.009 0.006 0.008 0.147 0.005 0.001 0.004 0.737 54 A 0.132 0.098 0.009 0.014 0.009 0.016 0.143 0.006 0.001 0.006 0.568 55 R 0.121 0.283 0.004 0.016 0.017 0.024 0.116 0.005 0.001 0.004 0.410 56 T 0.219 0.235 0.009 0.020 0.018 0.024 0.107 0.009 0.001 0.006 0.353 57 S 0.276 0.225 0.011 0.017 0.009 0.021 0.060 0.030 0.001 0.008 0.341 58 V 0.332 0.129 0.030 0.025 0.017 0.027 0.047 0.015 0.001 0.005 0.373 59 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 60 G 0.026 0.012 0.007 0.033 0.073 0.148 0.056 0.002 0.001 0.005 0.639 61 I 0.185 0.037 0.012 0.068 0.098 0.151 0.072 0.001 0.001 0.004 0.371 62 W 0.048 0.067 0.002 0.063 0.148 0.201 0.101 0.002 0.001 0.004 0.365 63 Q 0.074 0.060 0.002 0.042 0.054 0.090 0.086 0.002 0.001 0.004 0.585 64 G 0.090 0.061 0.002 0.033 0.045 0.062 0.134 0.007 0.001 0.013 0.554 65 C 0.399 0.018 0.022 0.021 0.018 0.021 0.093 0.003 0.001 0.015 0.390 66 E 0.031 0.021 0.006 0.022 0.017 0.031 0.114 0.002 0.001 0.006 0.752 67 E 0.033 0.011 0.011 0.024 0.031 0.081 0.064 0.001 0.001 0.006 0.737 68 D 0.023 0.024 0.002 0.014 0.031 0.041 0.152 0.001 0.001 0.006 0.707 69 G 0.089 0.032 0.014 0.018 0.019 0.036 0.147 0.001 0.001 0.007 0.637 70 V 0.023 0.102 0.002 0.021 0.025 0.041 0.300 0.001 0.001 0.002 0.483 71 E 0.032 0.178 0.002 0.019 0.023 0.038 0.198 0.001 0.001 0.004 0.505 72 Y 0.033 0.667 0.001 0.006 0.010 0.012 0.075 0.001 0.001 0.001 0.194 73 Q 0.026 0.874 0.001 0.002 0.007 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.069 74 R 0.011 0.903 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.070 75 K 0.008 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 76 L 0.020 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 77 R 0.029 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.028 78 E 0.021 0.918 0.011 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.035 79 E 0.070 0.847 0.008 0.001 0.002 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.053 80 W 0.038 0.873 0.008 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.058 81 M 0.039 0.032 0.006 0.058 0.017 0.041 0.024 0.002 0.001 0.002 0.778 82 N 0.030 0.042 0.006 0.060 0.048 0.089 0.085 0.002 0.001 0.004 0.634 83 S 0.083 0.056 0.010 0.065 0.032 0.073 0.074 0.003 0.001 0.009 0.596 84 L 0.084 0.112 0.006 0.067 0.029 0.052 0.102 0.002 0.001 0.004 0.542 85 A 0.065 0.121 0.012 0.076 0.034 0.056 0.219 0.003 0.001 0.008 0.405 86 G 0.158 0.172 0.008 0.059 0.023 0.060 0.108 0.007 0.001 0.009 0.396 87 I 0.178 0.269 0.014 0.064 0.050 0.083 0.057 0.005 0.001 0.004 0.277 88 D 0.038 0.262 0.003 0.025 0.030 0.041 0.092 0.005 0.001 0.006 0.498 89 M 0.136 0.306 0.016 0.051 0.034 0.052 0.083 0.011 0.001 0.007 0.305 90 G 0.152 0.297 0.005 0.070 0.061 0.086 0.124 0.017 0.001 0.006 0.182 91 R 0.243 0.167 0.028 0.139 0.056 0.074 0.100 0.010 0.001 0.011 0.172 92 I 0.084 0.169 0.012 0.392 0.109 0.081 0.023 0.003 0.001 0.003 0.126 93 L 0.039 0.103 0.011 0.417 0.065 0.142 0.021 0.006 0.001 0.006 0.189 94 L 0.013 0.051 0.008 0.658 0.049 0.090 0.026 0.002 0.001 0.002 0.101 95 D 0.010 0.022 0.003 0.407 0.086 0.178 0.063 0.005 0.001 0.004 0.222 96 L 0.027 0.016 0.053 0.203 0.022 0.075 0.208 0.003 0.001 0.012 0.381 97 S 0.004 0.002 0.001 0.014 0.003 0.005 0.784 0.001 0.001 0.001 0.185 98 N 0.010 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 0.122 0.001 0.001 0.008 0.848 99 E 0.017 0.053 0.001 0.006 0.001 0.001 0.306 0.001 0.001 0.002 0.614 100 V 0.055 0.051 0.001 0.003 0.001 0.001 0.753 0.001 0.001 0.002 0.133 101 I 0.030 0.927 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.028 102 K 0.022 0.892 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.001 0.001 0.068 103 Q 0.026 0.900 0.005 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.054 104 L 0.071 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.026 105 D 0.035 0.884 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.058 106 D 0.023 0.795 0.027 0.001 0.001 0.001 0.011 0.013 0.001 0.001 0.127 107 L 0.077 0.779 0.007 0.001 0.001 0.002 0.024 0.026 0.001 0.001 0.081 108 E 0.072 0.815 0.006 0.002 0.002 0.002 0.021 0.011 0.001 0.001 0.069 109 V 0.034 0.853 0.011 0.002 0.003 0.003 0.010 0.007 0.001 0.001 0.076 110 Q 0.117 0.740 0.005 0.003 0.004 0.004 0.013 0.019 0.001 0.001 0.093 111 R 0.160 0.633 0.015 0.006 0.003 0.003 0.011 0.033 0.001 0.001 0.135 112 N 0.222 0.271 0.066 0.009 0.004 0.009 0.030 0.102 0.001 0.005 0.282 113 L 0.323 0.090 0.281 0.017 0.007 0.009 0.029 0.011 0.001 0.004 0.229 114 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 115 R 0.016 0.009 0.019 0.016 0.007 0.024 0.144 0.001 0.001 0.005 0.760 116 A 0.069 0.076 0.001 0.010 0.003 0.012 0.147 0.001 0.001 0.001 0.679 117 D 0.048 0.257 0.001 0.003 0.002 0.004 0.188 0.001 0.001 0.001 0.496 118 L 0.048 0.675 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.001 0.001 0.001 0.215 119 L 0.049 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.043 120 R 0.007 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.010 121 E 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 122 A 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 123 V 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 124 D 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 125 Q 0.006 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 126 Y 0.027 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.009 127 L 0.010 0.969 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 128 I 0.017 0.943 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.001 0.001 0.022 129 N 0.066 0.856 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.031 0.001 0.001 0.033 130 Q 0.214 0.613 0.009 0.002 0.001 0.001 0.005 0.086 0.001 0.001 0.068 131 S 0.174 0.350 0.091 0.005 0.003 0.004 0.028 0.051 0.001 0.002 0.292 132 Q 0.035 0.074 0.117 0.008 0.004 0.005 0.052 0.007 0.001 0.002 0.696 133 T 0.030 0.046 0.007 0.009 0.006 0.008 0.147 0.005 0.001 0.004 0.737 134 A 0.132 0.098 0.009 0.014 0.009 0.016 0.143 0.006 0.001 0.006 0.568 135 R 0.121 0.283 0.004 0.016 0.017 0.024 0.116 0.005 0.001 0.004 0.410 136 T 0.219 0.235 0.009 0.020 0.018 0.024 0.107 0.009 0.001 0.006 0.353 137 S 0.276 0.225 0.011 0.017 0.009 0.021 0.060 0.030 0.001 0.008 0.341 138 V 0.332 0.129 0.030 0.025 0.017 0.027 0.047 0.015 0.001 0.005 0.373 139 P 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 140 G 0.026 0.012 0.007 0.033 0.073 0.148 0.056 0.002 0.001 0.005 0.639 141 I 0.185 0.037 0.012 0.068 0.098 0.151 0.072 0.001 0.001 0.004 0.371 142 W 0.048 0.067 0.002 0.063 0.148 0.201 0.101 0.002 0.001 0.004 0.365 143 Q 0.074 0.060 0.002 0.042 0.054 0.090 0.086 0.002 0.001 0.004 0.585 144 G 0.090 0.061 0.002 0.033 0.045 0.062 0.134 0.007 0.001 0.013 0.554 145 C 0.399 0.018 0.022 0.021 0.018 0.021 0.093 0.003 0.001 0.015 0.390 146 E 0.031 0.021 0.006 0.022 0.017 0.031 0.114 0.002 0.001 0.006 0.752 147 E 0.033 0.011 0.011 0.024 0.031 0.081 0.064 0.001 0.001 0.006 0.737 148 D 0.023 0.024 0.002 0.014 0.031 0.041 0.152 0.001 0.001 0.006 0.707 149 G 0.089 0.032 0.014 0.018 0.019 0.036 0.147 0.001 0.001 0.007 0.637 150 V 0.023 0.102 0.002 0.021 0.025 0.041 0.300 0.001 0.001 0.002 0.483 151 E 0.032 0.178 0.002 0.019 0.023 0.038 0.198 0.001 0.001 0.004 0.505 152 Y 0.033 0.667 0.001 0.006 0.010 0.012 0.075 0.001 0.001 0.001 0.194 153 Q 0.026 0.874 0.001 0.002 0.007 0.008 0.011 0.001 0.001 0.001 0.069 154 R 0.011 0.903 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.070 155 K 0.008 0.929 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.043 156 L 0.020 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.018 157 R 0.029 0.928 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.028 158 E 0.021 0.918 0.011 0.001 0.002 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.035 159 E 0.070 0.847 0.008 0.001 0.002 0.002 0.005 0.011 0.001 0.001 0.053 160 W 0.038 0.873 0.008 0.001 0.004 0.003 0.004 0.009 0.001 0.001 0.058