# TARGET T0474 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.010 0.864 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 0.003 0.054 0.007 0.023 0.021 2 N 0.001 0.041 0.844 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.004 0.019 0.009 0.005 0.047 3 S 0.007 0.025 0.334 0.004 0.081 0.231 0.001 0.001 0.006 0.107 0.156 0.022 0.027 4 L 0.009 0.011 0.243 0.007 0.120 0.186 0.002 0.001 0.006 0.103 0.247 0.022 0.044 5 A 0.004 0.008 0.184 0.008 0.129 0.118 0.001 0.001 0.002 0.102 0.400 0.016 0.029 6 G 0.008 0.013 0.178 0.006 0.050 0.093 0.001 0.001 0.003 0.182 0.408 0.017 0.041 7 I 0.014 0.027 0.488 0.006 0.027 0.056 0.003 0.001 0.012 0.159 0.043 0.061 0.104 8 D 0.039 0.030 0.264 0.031 0.030 0.080 0.010 0.003 0.020 0.150 0.091 0.071 0.181 9 M 0.109 0.021 0.206 0.030 0.052 0.090 0.020 0.005 0.030 0.099 0.129 0.075 0.134 10 G 0.263 0.009 0.147 0.019 0.025 0.062 0.048 0.013 0.052 0.051 0.031 0.102 0.179 11 R 0.285 0.005 0.081 0.054 0.008 0.067 0.126 0.051 0.081 0.030 0.012 0.067 0.133 12 I 0.269 0.005 0.063 0.010 0.008 0.042 0.142 0.063 0.192 0.015 0.007 0.109 0.076 13 L 0.263 0.010 0.059 0.014 0.009 0.034 0.196 0.080 0.179 0.014 0.009 0.027 0.106 14 L 0.184 0.015 0.125 0.015 0.008 0.025 0.159 0.057 0.182 0.034 0.023 0.097 0.078 15 D 0.041 0.015 0.288 0.006 0.005 0.018 0.032 0.009 0.217 0.124 0.030 0.053 0.160 16 L 0.003 0.023 0.617 0.001 0.004 0.010 0.002 0.001 0.058 0.218 0.012 0.027 0.025 17 S 0.001 0.006 0.843 0.001 0.004 0.026 0.001 0.001 0.009 0.094 0.008 0.001 0.010 18 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.025 0.911 0.001 0.001 0.001 0.014 0.042 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 0.920 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.022 0.959 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.006 0.001 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.004 0.001 0.005 0.967 0.001 0.001 0.001 0.004 0.019 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.978 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.002 0.972 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 26 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.983 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.972 0.001 0.001 0.001 0.002 0.014 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.050 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.011 0.001 0.014 0.860 0.001 0.001 0.001 0.014 0.099 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.061 0.001 0.008 0.530 0.001 0.001 0.002 0.084 0.313 0.001 0.001 32 N 0.001 0.003 0.209 0.001 0.010 0.081 0.001 0.001 0.001 0.161 0.532 0.001 0.001 33 L 0.001 0.004 0.630 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.338 0.010 0.002 0.001 34 P 0.001 0.010 0.919 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.032 0.008 0.001 0.005 35 R 0.001 0.001 0.142 0.001 0.012 0.764 0.001 0.001 0.001 0.040 0.040 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.052 0.001 0.006 0.917 0.001 0.001 0.001 0.010 0.015 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.006 0.976 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.951 0.001 0.001 0.001 0.002 0.038 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.007 0.001 0.005 0.805 0.001 0.001 0.001 0.019 0.162 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.002 0.162 0.001 0.005 0.539 0.001 0.001 0.001 0.104 0.186 0.001 0.001 51 S 0.001 0.004 0.486 0.001 0.008 0.119 0.001 0.001 0.001 0.272 0.107 0.001 0.003 52 Q 0.001 0.003 0.451 0.001 0.028 0.124 0.001 0.001 0.001 0.289 0.101 0.002 0.001 53 T 0.001 0.012 0.518 0.001 0.073 0.152 0.001 0.001 0.001 0.151 0.082 0.003 0.008 54 A 0.001 0.026 0.400 0.001 0.101 0.272 0.001 0.001 0.003 0.090 0.091 0.006 0.009 55 R 0.002 0.009 0.229 0.004 0.196 0.380 0.001 0.001 0.003 0.058 0.104 0.003 0.012 56 T 0.005 0.003 0.115 0.004 0.233 0.404 0.001 0.001 0.004 0.077 0.137 0.009 0.007 57 S 0.005 0.007 0.072 0.001 0.156 0.485 0.001 0.001 0.006 0.046 0.203 0.003 0.014 58 V 0.030 0.021 0.113 0.001 0.089 0.515 0.004 0.004 0.011 0.063 0.108 0.018 0.024 59 P 0.038 0.019 0.104 0.011 0.074 0.436 0.006 0.008 0.013 0.051 0.179 0.023 0.037 60 G 0.052 0.007 0.123 0.010 0.112 0.267 0.004 0.003 0.011 0.057 0.288 0.031 0.033 61 I 0.073 0.018 0.136 0.004 0.141 0.254 0.006 0.004 0.011 0.080 0.157 0.032 0.084 62 W 0.058 0.051 0.120 0.004 0.141 0.199 0.007 0.002 0.014 0.060 0.222 0.030 0.092 63 Q 0.052 0.022 0.183 0.017 0.093 0.114 0.005 0.002 0.011 0.102 0.298 0.050 0.052 64 G 0.019 0.032 0.242 0.011 0.055 0.041 0.002 0.001 0.006 0.191 0.321 0.024 0.057 65 C 0.007 0.018 0.424 0.003 0.018 0.015 0.001 0.001 0.002 0.307 0.150 0.022 0.032 66 E 0.001 0.017 0.574 0.001 0.011 0.024 0.001 0.001 0.001 0.220 0.132 0.003 0.017 67 E 0.001 0.005 0.140 0.001 0.027 0.223 0.001 0.001 0.001 0.143 0.453 0.004 0.004 68 D 0.001 0.002 0.115 0.003 0.021 0.272 0.001 0.001 0.001 0.267 0.315 0.002 0.003 69 G 0.002 0.011 0.253 0.001 0.016 0.541 0.001 0.001 0.005 0.115 0.036 0.002 0.017 70 V 0.011 0.013 0.051 0.001 0.012 0.850 0.009 0.002 0.014 0.005 0.007 0.004 0.020 71 E 0.014 0.005 0.019 0.001 0.011 0.893 0.005 0.003 0.010 0.007 0.019 0.009 0.005 72 Y 0.006 0.002 0.021 0.001 0.011 0.881 0.001 0.001 0.005 0.007 0.049 0.005 0.010 73 Q 0.001 0.001 0.014 0.001 0.006 0.954 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.001 0.002 74 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.007 0.963 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.964 0.001 0.001 0.001 0.003 0.015 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 77 R 0.001 0.001 0.007 0.001 0.010 0.943 0.001 0.001 0.001 0.006 0.033 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.011 0.879 0.001 0.001 0.001 0.011 0.089 0.001 0.001 79 E 0.001 0.001 0.029 0.001 0.007 0.716 0.001 0.001 0.001 0.006 0.239 0.001 0.001 80 W 0.001 0.001 0.577 0.001 0.003 0.346 0.001 0.001 0.001 0.040 0.031 0.001 0.001