# TARGET T0474 # Using neural net t2k-5740-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghstl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 2 N 0.058 0.036 0.002 0.028 0.004 0.013 0.859 3 S 0.026 0.008 0.071 0.437 0.179 0.105 0.174 4 L 0.028 0.006 0.112 0.460 0.087 0.131 0.176 5 A 0.045 0.008 0.146 0.425 0.050 0.166 0.161 6 G 0.056 0.004 0.127 0.406 0.110 0.155 0.141 7 I 0.190 0.014 0.078 0.322 0.098 0.090 0.208 8 D 0.351 0.015 0.056 0.234 0.069 0.095 0.180 9 M 0.635 0.013 0.027 0.095 0.058 0.041 0.132 10 G 0.778 0.005 0.014 0.057 0.054 0.015 0.078 11 R 0.906 0.003 0.008 0.033 0.013 0.006 0.032 12 I 0.931 0.002 0.007 0.022 0.006 0.004 0.029 13 L 0.889 0.002 0.011 0.018 0.013 0.007 0.059 14 L 0.827 0.010 0.012 0.011 0.022 0.009 0.110 15 D 0.378 0.027 0.012 0.007 0.082 0.021 0.472 16 L 0.037 0.006 0.006 0.007 0.166 0.022 0.755 17 S 0.004 0.002 0.001 0.005 0.064 0.005 0.919 18 N 0.001 0.001 0.069 0.782 0.034 0.083 0.030 19 E 0.001 0.001 0.053 0.870 0.025 0.033 0.018 20 V 0.001 0.001 0.033 0.903 0.019 0.019 0.025 21 I 0.001 0.001 0.006 0.955 0.009 0.016 0.013 22 K 0.002 0.001 0.004 0.926 0.009 0.042 0.017 23 Q 0.001 0.001 0.003 0.917 0.007 0.054 0.017 24 L 0.001 0.001 0.002 0.932 0.017 0.025 0.023 25 D 0.001 0.001 0.003 0.955 0.007 0.022 0.012 26 D 0.001 0.001 0.002 0.953 0.009 0.021 0.014 27 L 0.001 0.001 0.002 0.956 0.012 0.011 0.017 28 E 0.001 0.001 0.003 0.950 0.010 0.022 0.013 29 V 0.001 0.001 0.006 0.889 0.012 0.075 0.016 30 Q 0.001 0.002 0.012 0.718 0.024 0.209 0.034 31 R 0.001 0.001 0.011 0.294 0.044 0.612 0.037 32 N 0.001 0.001 0.015 0.104 0.127 0.565 0.186 33 L 0.002 0.009 0.011 0.056 0.404 0.030 0.488 34 P 0.004 0.025 0.014 0.135 0.152 0.030 0.641 35 R 0.001 0.001 0.039 0.869 0.020 0.033 0.039 36 A 0.001 0.001 0.008 0.956 0.008 0.014 0.013 37 D 0.001 0.001 0.002 0.977 0.007 0.008 0.006 38 L 0.001 0.001 0.001 0.987 0.003 0.005 0.005 39 L 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.006 0.002 40 R 0.001 0.001 0.001 0.984 0.002 0.012 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.985 0.002 0.011 0.002 42 A 0.001 0.001 0.001 0.988 0.001 0.007 0.003 43 V 0.001 0.001 0.001 0.991 0.002 0.002 0.004 44 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.002 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.003 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.007 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.935 0.001 0.061 0.001 49 N 0.001 0.001 0.002 0.709 0.008 0.271 0.009 50 Q 0.001 0.005 0.006 0.401 0.106 0.341 0.141 51 S 0.002 0.006 0.013 0.057 0.186 0.120 0.616 52 Q 0.004 0.011 0.086 0.091 0.192 0.088 0.529 53 T 0.007 0.008 0.174 0.192 0.137 0.142 0.340 54 A 0.006 0.006 0.272 0.338 0.076 0.116 0.187 55 R 0.006 0.002 0.370 0.441 0.032 0.073 0.074 56 T 0.009 0.002 0.328 0.422 0.036 0.167 0.037 57 S 0.009 0.003 0.206 0.477 0.044 0.223 0.038 58 V 0.056 0.024 0.057 0.444 0.103 0.103 0.213 59 P 0.110 0.015 0.042 0.311 0.066 0.229 0.226 60 G 0.233 0.022 0.079 0.322 0.052 0.163 0.128 61 I 0.261 0.029 0.107 0.361 0.049 0.070 0.122 62 W 0.202 0.012 0.135 0.423 0.041 0.070 0.116 63 Q 0.150 0.007 0.126 0.405 0.058 0.147 0.107 64 G 0.108 0.012 0.101 0.209 0.131 0.281 0.158 65 C 0.202 0.012 0.025 0.127 0.249 0.101 0.282 66 E 0.165 0.027 0.016 0.053 0.175 0.118 0.445 67 E 0.122 0.022 0.024 0.083 0.254 0.128 0.366 68 D 0.068 0.005 0.024 0.077 0.247 0.236 0.343 69 G 0.172 0.006 0.026 0.403 0.169 0.076 0.148 70 V 0.306 0.008 0.005 0.531 0.019 0.011 0.120 71 E 0.235 0.010 0.007 0.643 0.011 0.008 0.087 72 Y 0.148 0.012 0.015 0.695 0.015 0.018 0.097 73 Q 0.100 0.005 0.019 0.710 0.032 0.025 0.109 74 R 0.043 0.001 0.044 0.830 0.024 0.018 0.040 75 K 0.030 0.003 0.035 0.838 0.035 0.023 0.036 76 L 0.030 0.003 0.042 0.824 0.024 0.037 0.039 77 R 0.018 0.003 0.047 0.780 0.036 0.068 0.047 78 E 0.012 0.001 0.030 0.579 0.044 0.284 0.050 79 E 0.006 0.005 0.032 0.389 0.005 0.360 0.204 80 W 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.993