# TARGET T0474 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.161 0.140 0.078 0.040 0.222 0.019 0.020 0.072 0.067 0.108 0.074 2 N 0.099 0.237 0.154 0.034 0.228 0.017 0.023 0.084 0.043 0.045 0.035 3 S 0.129 0.183 0.076 0.019 0.184 0.016 0.026 0.180 0.080 0.063 0.045 4 L 0.106 0.096 0.059 0.037 0.118 0.030 0.032 0.196 0.117 0.148 0.061 5 A 0.028 0.130 0.085 0.076 0.063 0.070 0.096 0.295 0.107 0.039 0.012 6 G 0.079 0.071 0.057 0.038 0.085 0.016 0.017 0.133 0.101 0.316 0.086 7 I 0.161 0.165 0.037 0.013 0.276 0.013 0.021 0.134 0.074 0.060 0.046 8 D 0.167 0.069 0.024 0.013 0.204 0.016 0.048 0.174 0.082 0.123 0.080 9 M 0.231 0.162 0.024 0.020 0.315 0.014 0.018 0.059 0.027 0.074 0.057 10 G 0.171 0.128 0.023 0.042 0.351 0.053 0.073 0.065 0.018 0.045 0.031 11 R 0.329 0.066 0.010 0.007 0.478 0.011 0.013 0.019 0.007 0.012 0.049 12 I 0.148 0.132 0.018 0.007 0.650 0.004 0.004 0.009 0.003 0.003 0.023 13 L 0.266 0.086 0.008 0.002 0.552 0.007 0.011 0.015 0.005 0.007 0.039 14 L 0.129 0.125 0.022 0.011 0.453 0.021 0.031 0.032 0.032 0.054 0.091 15 D 0.311 0.053 0.011 0.004 0.228 0.003 0.008 0.006 0.015 0.178 0.182 16 L 0.018 0.429 0.348 0.017 0.124 0.002 0.003 0.004 0.007 0.040 0.008 17 S 0.013 0.672 0.227 0.006 0.070 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.004 18 N 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.010 0.614 0.352 0.007 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.844 0.121 0.018 0.001 20 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.857 0.086 0.047 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.918 0.070 0.006 0.001 22 K 0.002 0.007 0.002 0.002 0.004 0.001 0.009 0.903 0.059 0.006 0.003 23 Q 0.003 0.004 0.003 0.001 0.005 0.001 0.006 0.876 0.063 0.037 0.002 24 L 0.002 0.011 0.002 0.001 0.004 0.002 0.005 0.853 0.098 0.019 0.002 25 D 0.005 0.008 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.887 0.065 0.009 0.004 26 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.871 0.089 0.029 0.001 27 L 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.873 0.110 0.006 0.001 28 E 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.017 0.846 0.120 0.009 0.001 29 V 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.052 0.662 0.177 0.091 0.005 30 Q 0.030 0.055 0.007 0.005 0.044 0.008 0.062 0.428 0.137 0.207 0.017 31 R 0.008 0.315 0.080 0.010 0.083 0.045 0.139 0.187 0.085 0.043 0.004 32 N 0.165 0.019 0.009 0.006 0.035 0.002 0.004 0.014 0.017 0.530 0.200 33 L 0.010 0.498 0.315 0.017 0.094 0.011 0.012 0.025 0.007 0.007 0.004 34 P 0.041 0.629 0.168 0.005 0.072 0.001 0.001 0.039 0.006 0.010 0.029 35 R 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.780 0.194 0.012 0.002 36 A 0.001 0.005 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.945 0.040 0.001 0.001 37 D 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.928 0.050 0.010 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.943 0.043 0.007 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.088 0.024 0.002 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.937 0.049 0.003 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.957 0.030 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.953 0.035 0.005 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.071 0.007 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.947 0.048 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.955 0.032 0.002 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.920 0.062 0.007 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.783 0.187 0.017 0.002 48 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.082 0.769 0.132 0.009 0.001 49 N 0.003 0.046 0.014 0.004 0.013 0.015 0.385 0.351 0.088 0.078 0.003 50 Q 0.139 0.166 0.059 0.008 0.143 0.009 0.026 0.049 0.054 0.216 0.131 51 S 0.150 0.114 0.058 0.032 0.127 0.019 0.038 0.088 0.100 0.148 0.126 52 Q 0.057 0.276 0.119 0.020 0.191 0.013 0.015 0.116 0.105 0.061 0.028 53 T 0.079 0.129 0.046 0.017 0.135 0.023 0.052 0.236 0.159 0.078 0.047 54 A 0.106 0.121 0.066 0.012 0.104 0.009 0.017 0.183 0.165 0.163 0.053 55 R 0.066 0.088 0.027 0.010 0.111 0.010 0.018 0.287 0.246 0.105 0.032 56 T 0.023 0.050 0.017 0.030 0.042 0.049 0.132 0.389 0.219 0.041 0.008 57 S 0.062 0.033 0.027 0.038 0.064 0.023 0.059 0.230 0.133 0.271 0.061 58 V 0.146 0.072 0.030 0.055 0.159 0.067 0.087 0.169 0.070 0.087 0.058 59 P 0.091 0.110 0.049 0.134 0.133 0.056 0.050 0.066 0.059 0.163 0.091 60 G 0.051 0.149 0.228 0.188 0.110 0.028 0.017 0.038 0.028 0.112 0.049 61 I 0.161 0.143 0.041 0.022 0.195 0.016 0.034 0.134 0.089 0.105 0.060 62 W 0.117 0.092 0.051 0.053 0.160 0.046 0.074 0.153 0.092 0.093 0.069 63 Q 0.044 0.124 0.073 0.073 0.107 0.072 0.105 0.216 0.103 0.060 0.023 64 G 0.145 0.068 0.028 0.014 0.162 0.012 0.019 0.082 0.091 0.278 0.100 65 C 0.092 0.252 0.106 0.044 0.171 0.019 0.026 0.099 0.082 0.073 0.037 66 E 0.090 0.161 0.110 0.038 0.137 0.041 0.053 0.166 0.085 0.078 0.043 67 E 0.055 0.045 0.024 0.044 0.040 0.088 0.109 0.244 0.160 0.136 0.056 68 D 0.025 0.142 0.173 0.216 0.058 0.063 0.050 0.084 0.042 0.121 0.027 69 G 0.036 0.136 0.145 0.104 0.050 0.018 0.011 0.155 0.079 0.213 0.053 70 V 0.106 0.147 0.036 0.011 0.201 0.016 0.020 0.323 0.073 0.036 0.031 71 E 0.084 0.087 0.029 0.010 0.121 0.007 0.021 0.538 0.049 0.015 0.039 72 Y 0.016 0.032 0.016 0.004 0.016 0.002 0.004 0.784 0.087 0.032 0.008 73 Q 0.007 0.006 0.002 0.002 0.008 0.003 0.004 0.859 0.104 0.005 0.002 74 R 0.003 0.008 0.005 0.005 0.006 0.003 0.009 0.870 0.083 0.004 0.003 75 K 0.004 0.005 0.004 0.002 0.006 0.003 0.016 0.842 0.079 0.037 0.003 76 L 0.005 0.010 0.003 0.002 0.007 0.002 0.007 0.770 0.152 0.039 0.004 77 R 0.003 0.016 0.005 0.004 0.008 0.008 0.030 0.699 0.205 0.019 0.002 78 E 0.004 0.009 0.010 0.008 0.009 0.021 0.116 0.648 0.129 0.039 0.006 79 E 0.029 0.027 0.023 0.011 0.036 0.025 0.113 0.525 0.123 0.068 0.020 80 W 0.049 0.065 0.021 0.009 0.080 0.011 0.031 0.380 0.182 0.130 0.042