# TARGET T0474 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 26 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.694 0.187 0.078 0.033 0.007 0.001 0.001 2 N 0.785 0.144 0.045 0.019 0.006 0.001 0.001 3 S 0.685 0.184 0.068 0.038 0.018 0.005 0.001 4 L 0.661 0.164 0.086 0.053 0.025 0.009 0.001 5 A 0.661 0.200 0.082 0.040 0.013 0.004 0.001 6 G 0.650 0.203 0.083 0.043 0.016 0.005 0.001 7 I 0.534 0.224 0.119 0.076 0.037 0.009 0.001 8 D 0.513 0.231 0.116 0.082 0.042 0.015 0.001 9 M 0.351 0.207 0.153 0.147 0.092 0.044 0.007 10 G 0.314 0.209 0.185 0.171 0.084 0.031 0.005 11 R 0.261 0.186 0.170 0.185 0.139 0.052 0.007 12 I 0.124 0.101 0.122 0.192 0.253 0.175 0.032 13 L 0.108 0.107 0.162 0.231 0.239 0.138 0.016 14 L 0.266 0.194 0.163 0.178 0.132 0.062 0.005 15 D 0.170 0.259 0.286 0.195 0.073 0.016 0.001 16 L 0.116 0.126 0.216 0.302 0.196 0.043 0.001 17 S 0.571 0.279 0.099 0.041 0.008 0.001 0.001 18 N 0.823 0.148 0.024 0.005 0.001 0.001 0.001 19 E 0.833 0.140 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 20 V 0.313 0.285 0.198 0.144 0.052 0.008 0.001 21 I 0.247 0.283 0.289 0.149 0.030 0.002 0.001 22 K 0.530 0.401 0.060 0.008 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.191 0.351 0.284 0.147 0.026 0.002 0.001 24 L 0.090 0.153 0.226 0.316 0.188 0.027 0.001 25 D 0.354 0.422 0.164 0.050 0.009 0.001 0.001 26 D 0.346 0.410 0.178 0.057 0.008 0.001 0.001 27 L 0.147 0.152 0.184 0.275 0.197 0.043 0.001 28 E 0.322 0.283 0.213 0.134 0.041 0.007 0.001 29 V 0.612 0.288 0.072 0.023 0.005 0.001 0.001 30 Q 0.266 0.231 0.221 0.176 0.087 0.018 0.001 31 R 0.409 0.256 0.165 0.117 0.041 0.012 0.001 32 N 0.466 0.324 0.133 0.054 0.019 0.004 0.001 33 L 0.256 0.322 0.237 0.129 0.046 0.009 0.001 34 P 0.221 0.312 0.235 0.160 0.060 0.011 0.001 35 R 0.052 0.098 0.157 0.252 0.284 0.146 0.011 36 A 0.095 0.147 0.170 0.237 0.241 0.103 0.007 37 D 0.143 0.375 0.294 0.146 0.036 0.005 0.001 38 L 0.031 0.083 0.198 0.388 0.242 0.055 0.003 39 L 0.030 0.034 0.030 0.086 0.242 0.478 0.100 40 R 0.024 0.100 0.208 0.326 0.243 0.092 0.008 41 E 0.058 0.349 0.411 0.148 0.029 0.004 0.001 42 A 0.011 0.039 0.122 0.358 0.370 0.096 0.004 43 V 0.023 0.026 0.027 0.081 0.251 0.495 0.097 44 D 0.055 0.234 0.322 0.270 0.101 0.017 0.001 45 Q 0.142 0.457 0.278 0.099 0.021 0.002 0.001 46 Y 0.035 0.081 0.214 0.381 0.235 0.052 0.002 47 L 0.139 0.154 0.164 0.261 0.225 0.055 0.002 48 I 0.360 0.434 0.151 0.048 0.007 0.001 0.001 49 N 0.463 0.369 0.118 0.040 0.009 0.001 0.001 50 Q 0.220 0.251 0.262 0.197 0.061 0.008 0.001 51 S 0.537 0.295 0.113 0.045 0.009 0.001 0.001 52 Q 0.633 0.253 0.079 0.029 0.006 0.001 0.001 53 T 0.575 0.289 0.095 0.030 0.008 0.002 0.001 54 A 0.201 0.217 0.223 0.216 0.110 0.029 0.003 55 R 0.162 0.190 0.206 0.212 0.161 0.061 0.007 56 T 0.272 0.298 0.189 0.139 0.073 0.025 0.004 57 S 0.113 0.227 0.247 0.232 0.121 0.049 0.010 58 V 0.051 0.055 0.078 0.156 0.270 0.288 0.103 59 P 0.087 0.105 0.126 0.197 0.207 0.206 0.072 60 G 0.125 0.167 0.192 0.200 0.166 0.123 0.026 61 I 0.054 0.059 0.094 0.180 0.252 0.292 0.069 62 W 0.080 0.084 0.118 0.226 0.270 0.191 0.031 63 Q 0.195 0.218 0.215 0.204 0.121 0.041 0.006 64 G 0.353 0.355 0.184 0.077 0.026 0.005 0.001 65 C 0.233 0.270 0.232 0.185 0.068 0.012 0.001 66 E 0.599 0.265 0.087 0.036 0.010 0.003 0.001 67 E 0.279 0.279 0.224 0.146 0.062 0.010 0.001 68 D 0.295 0.291 0.199 0.144 0.059 0.011 0.001 69 G 0.285 0.213 0.163 0.151 0.123 0.060 0.006 70 V 0.479 0.224 0.134 0.094 0.052 0.016 0.002 71 E 0.363 0.368 0.188 0.067 0.013 0.002 0.001 72 Y 0.242 0.183 0.217 0.249 0.092 0.017 0.001 73 Q 0.285 0.224 0.124 0.155 0.146 0.060 0.006 74 R 0.529 0.286 0.129 0.044 0.010 0.001 0.001 75 K 0.478 0.340 0.146 0.031 0.004 0.001 0.001 76 L 0.161 0.143 0.158 0.284 0.207 0.046 0.001 77 R 0.313 0.313 0.254 0.099 0.019 0.002 0.001 78 E 0.731 0.229 0.033 0.005 0.001 0.001 0.001 79 E 0.457 0.255 0.188 0.089 0.011 0.001 0.001 80 W 0.645 0.161 0.080 0.068 0.038 0.007 0.001