# TARGET T0474 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.010 0.030 0.482 0.011 0.026 0.159 0.003 0.001 0.010 0.119 0.061 0.031 0.055 2 N 0.011 0.020 0.490 0.007 0.030 0.177 0.002 0.002 0.010 0.108 0.054 0.039 0.051 3 S 0.013 0.013 0.170 0.006 0.077 0.469 0.003 0.002 0.010 0.082 0.081 0.022 0.052 4 L 0.020 0.011 0.125 0.010 0.081 0.503 0.005 0.002 0.011 0.047 0.104 0.034 0.048 5 A 0.029 0.011 0.103 0.015 0.058 0.436 0.006 0.002 0.009 0.062 0.154 0.057 0.058 6 G 0.037 0.010 0.177 0.008 0.045 0.395 0.003 0.002 0.010 0.054 0.104 0.063 0.093 7 I 0.046 0.009 0.104 0.015 0.061 0.471 0.005 0.002 0.010 0.038 0.078 0.049 0.113 8 D 0.102 0.012 0.111 0.056 0.061 0.241 0.014 0.002 0.013 0.085 0.120 0.090 0.094 9 M 0.142 0.010 0.092 0.024 0.062 0.137 0.027 0.007 0.037 0.048 0.124 0.076 0.214 10 G 0.191 0.007 0.187 0.079 0.024 0.064 0.044 0.013 0.051 0.078 0.054 0.094 0.116 11 R 0.258 0.005 0.068 0.039 0.015 0.039 0.076 0.033 0.102 0.076 0.016 0.109 0.164 12 I 0.307 0.002 0.067 0.008 0.011 0.049 0.120 0.102 0.119 0.021 0.014 0.093 0.089 13 L 0.464 0.003 0.018 0.003 0.003 0.021 0.185 0.136 0.038 0.008 0.007 0.035 0.079 14 L 0.399 0.003 0.053 0.019 0.002 0.007 0.178 0.111 0.049 0.011 0.006 0.075 0.086 15 D 0.064 0.012 0.449 0.003 0.002 0.004 0.022 0.020 0.105 0.052 0.011 0.127 0.130 16 L 0.001 0.016 0.683 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.010 0.224 0.025 0.007 0.016 17 S 0.001 0.006 0.787 0.001 0.005 0.079 0.001 0.001 0.003 0.087 0.018 0.001 0.012 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.946 0.001 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.027 0.001 0.007 0.937 0.001 0.001 0.001 0.008 0.020 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.011 0.001 0.013 0.958 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 26 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.012 0.965 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.919 0.001 0.001 0.001 0.005 0.052 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.017 0.001 0.019 0.842 0.001 0.001 0.001 0.010 0.109 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.018 0.001 0.013 0.332 0.001 0.001 0.001 0.031 0.603 0.001 0.001 32 N 0.001 0.004 0.099 0.001 0.004 0.083 0.001 0.001 0.001 0.115 0.692 0.001 0.001 33 L 0.001 0.008 0.412 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.572 0.001 0.003 0.001 34 P 0.001 0.020 0.894 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.064 0.005 0.001 0.007 35 R 0.001 0.003 0.015 0.001 0.013 0.926 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.955 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.798 0.001 0.001 0.001 0.008 0.178 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.002 0.184 0.001 0.007 0.476 0.001 0.001 0.001 0.080 0.249 0.001 0.001 51 S 0.001 0.006 0.487 0.001 0.022 0.255 0.001 0.001 0.001 0.110 0.112 0.001 0.004 52 Q 0.001 0.008 0.339 0.001 0.062 0.307 0.001 0.001 0.002 0.197 0.071 0.009 0.004 53 T 0.001 0.015 0.309 0.001 0.085 0.436 0.001 0.001 0.005 0.061 0.056 0.007 0.025 54 A 0.002 0.022 0.250 0.003 0.104 0.450 0.001 0.001 0.006 0.039 0.092 0.008 0.024 55 R 0.003 0.014 0.231 0.007 0.129 0.379 0.001 0.002 0.005 0.065 0.138 0.010 0.017 56 T 0.002 0.009 0.225 0.006 0.091 0.184 0.001 0.001 0.004 0.193 0.244 0.027 0.013 57 S 0.002 0.011 0.376 0.005 0.055 0.140 0.001 0.001 0.004 0.160 0.212 0.005 0.030 58 V 0.001 0.015 0.603 0.003 0.012 0.061 0.001 0.001 0.005 0.220 0.033 0.036 0.010 59 P 0.003 0.020 0.350 0.015 0.043 0.084 0.001 0.002 0.010 0.139 0.284 0.010 0.039 60 G 0.042 0.067 0.192 0.011 0.074 0.100 0.011 0.015 0.045 0.110 0.164 0.065 0.104 61 I 0.080 0.075 0.251 0.013 0.070 0.089 0.012 0.014 0.046 0.046 0.074 0.117 0.113 62 W 0.058 0.032 0.254 0.008 0.089 0.142 0.012 0.008 0.031 0.056 0.129 0.033 0.148 63 Q 0.018 0.018 0.110 0.019 0.063 0.087 0.004 0.006 0.011 0.112 0.407 0.118 0.028 64 G 0.004 0.010 0.178 0.007 0.041 0.031 0.001 0.002 0.006 0.193 0.488 0.010 0.029 65 C 0.002 0.025 0.539 0.004 0.014 0.030 0.001 0.001 0.005 0.290 0.054 0.015 0.022 66 E 0.001 0.016 0.371 0.004 0.067 0.151 0.001 0.001 0.004 0.143 0.214 0.011 0.017 67 E 0.001 0.014 0.117 0.002 0.090 0.302 0.001 0.002 0.005 0.129 0.328 0.004 0.007 68 D 0.001 0.032 0.236 0.002 0.062 0.282 0.001 0.001 0.007 0.160 0.203 0.008 0.007 69 G 0.002 0.009 0.122 0.001 0.023 0.700 0.001 0.001 0.006 0.048 0.068 0.002 0.015 70 V 0.001 0.002 0.020 0.001 0.005 0.950 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.002 0.001 71 E 0.001 0.002 0.012 0.001 0.007 0.960 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.003 72 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.005 0.969 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 76 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.011 0.959 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.001 0.001 77 R 0.001 0.001 0.010 0.001 0.033 0.841 0.001 0.001 0.001 0.007 0.108 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.018 0.001 0.030 0.705 0.001 0.001 0.001 0.017 0.227 0.001 0.001 79 E 0.001 0.002 0.125 0.001 0.036 0.580 0.001 0.001 0.001 0.050 0.203 0.001 0.001 80 W 0.001 0.007 0.520 0.001 0.039 0.252 0.001 0.001 0.002 0.114 0.061 0.001 0.003