# TARGET T0474 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.272 0.244 0.258 0.110 0.040 0.036 0.013 0.004 0.019 0.003 0.001 2 N 0.209 0.209 0.226 0.122 0.066 0.070 0.045 0.006 0.041 0.006 0.001 3 S 0.457 0.179 0.163 0.105 0.043 0.023 0.010 0.005 0.011 0.004 0.001 4 L 0.415 0.226 0.123 0.146 0.026 0.023 0.012 0.003 0.023 0.002 0.001 5 A 0.331 0.141 0.303 0.120 0.042 0.012 0.026 0.006 0.011 0.008 0.001 6 G 0.236 0.053 0.117 0.111 0.087 0.023 0.118 0.197 0.012 0.044 0.002 7 I 0.081 0.474 0.309 0.019 0.033 0.030 0.006 0.001 0.046 0.001 0.001 8 D 0.105 0.101 0.653 0.026 0.005 0.085 0.007 0.001 0.013 0.001 0.004 9 M 0.186 0.188 0.213 0.157 0.129 0.023 0.054 0.025 0.019 0.005 0.001 10 G 0.159 0.184 0.251 0.077 0.209 0.010 0.024 0.039 0.006 0.040 0.001 11 R 0.029 0.646 0.204 0.013 0.078 0.014 0.002 0.001 0.014 0.001 0.001 12 I 0.015 0.718 0.200 0.004 0.014 0.025 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 13 L 0.025 0.478 0.387 0.006 0.005 0.063 0.001 0.001 0.033 0.001 0.001 14 L 0.039 0.720 0.123 0.006 0.029 0.045 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 15 D 0.022 0.188 0.302 0.019 0.007 0.286 0.029 0.001 0.145 0.001 0.002 16 L 0.080 0.258 0.488 0.077 0.021 0.042 0.004 0.001 0.027 0.001 0.002 17 S 0.016 0.026 0.914 0.001 0.007 0.026 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 18 N 0.982 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 19 E 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.940 0.001 0.001 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.970 0.001 0.003 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.965 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.966 0.001 0.005 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.987 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.964 0.003 0.003 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.813 0.014 0.028 0.129 0.001 0.006 0.004 0.001 0.004 0.001 0.001 31 R 0.334 0.023 0.127 0.484 0.005 0.005 0.015 0.002 0.003 0.001 0.001 32 N 0.016 0.002 0.008 0.141 0.002 0.013 0.734 0.075 0.005 0.004 0.001 33 L 0.013 0.256 0.603 0.001 0.009 0.030 0.004 0.001 0.082 0.001 0.001 34 P 0.035 0.001 0.894 0.001 0.001 0.057 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 35 R 0.955 0.003 0.005 0.025 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 36 A 0.995 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.994 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.982 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.977 0.002 0.003 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.616 0.003 0.007 0.356 0.002 0.003 0.007 0.003 0.003 0.001 0.001 50 Q 0.269 0.064 0.202 0.307 0.007 0.050 0.044 0.003 0.053 0.001 0.001 51 S 0.344 0.067 0.149 0.207 0.015 0.074 0.110 0.012 0.017 0.005 0.001 52 Q 0.395 0.130 0.221 0.109 0.042 0.037 0.024 0.008 0.025 0.008 0.001 53 T 0.578 0.069 0.217 0.079 0.013 0.025 0.005 0.003 0.010 0.002 0.001 54 A 0.643 0.075 0.114 0.107 0.019 0.019 0.007 0.003 0.008 0.002 0.001 55 R 0.623 0.097 0.094 0.116 0.014 0.027 0.011 0.003 0.015 0.001 0.001 56 T 0.524 0.139 0.134 0.144 0.031 0.011 0.008 0.002 0.004 0.003 0.001 57 S 0.242 0.111 0.164 0.332 0.037 0.026 0.054 0.010 0.021 0.003 0.001 58 V 0.011 0.353 0.344 0.001 0.021 0.015 0.008 0.001 0.245 0.001 0.001 59 P 0.118 0.007 0.809 0.008 0.001 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 60 G 0.120 0.111 0.108 0.035 0.298 0.009 0.020 0.157 0.008 0.134 0.001 61 I 0.185 0.428 0.203 0.058 0.084 0.023 0.003 0.001 0.013 0.002 0.001 62 W 0.133 0.346 0.318 0.089 0.048 0.037 0.007 0.002 0.018 0.002 0.001 63 Q 0.178 0.215 0.388 0.101 0.055 0.020 0.018 0.004 0.017 0.004 0.001 64 G 0.100 0.018 0.108 0.070 0.076 0.011 0.135 0.351 0.008 0.122 0.001 65 C 0.131 0.122 0.460 0.053 0.084 0.035 0.030 0.023 0.025 0.037 0.002 66 E 0.409 0.091 0.241 0.134 0.039 0.032 0.020 0.010 0.008 0.013 0.003 67 E 0.533 0.155 0.106 0.102 0.045 0.021 0.012 0.006 0.012 0.008 0.001 68 D 0.253 0.072 0.135 0.366 0.034 0.044 0.051 0.004 0.037 0.001 0.001 69 G 0.620 0.015 0.049 0.083 0.037 0.011 0.036 0.068 0.006 0.075 0.001 70 V 0.918 0.022 0.030 0.019 0.003 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 E 0.967 0.002 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.914 0.004 0.006 0.053 0.002 0.008 0.006 0.001 0.005 0.001 0.001 73 Q 0.967 0.003 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.985 0.003 0.004 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.989 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.958 0.001 0.003 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 R 0.972 0.002 0.004 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.960 0.003 0.009 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.745 0.007 0.018 0.224 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 80 W 0.571 0.039 0.150 0.137 0.017 0.017 0.030 0.016 0.017 0.006 0.001