# TARGET T0474 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.426 0.200 0.130 0.115 0.075 0.042 0.011 2 N 0.416 0.243 0.144 0.099 0.056 0.031 0.011 3 S 0.338 0.224 0.155 0.128 0.085 0.053 0.017 4 L 0.220 0.171 0.161 0.166 0.142 0.103 0.037 5 A 0.211 0.188 0.183 0.169 0.124 0.088 0.037 6 G 0.166 0.153 0.151 0.170 0.164 0.139 0.056 7 I 0.135 0.129 0.145 0.169 0.183 0.167 0.072 8 D 0.135 0.120 0.139 0.175 0.172 0.169 0.090 9 M 0.141 0.102 0.109 0.140 0.167 0.207 0.135 10 G 0.158 0.138 0.146 0.193 0.161 0.145 0.059 11 R 0.139 0.120 0.143 0.170 0.178 0.168 0.081 12 I 0.067 0.064 0.083 0.145 0.212 0.312 0.118 13 L 0.066 0.067 0.094 0.157 0.236 0.287 0.094 14 L 0.068 0.082 0.080 0.146 0.242 0.319 0.062 15 D 0.066 0.185 0.257 0.279 0.147 0.059 0.007 16 L 0.032 0.084 0.201 0.308 0.282 0.089 0.004 17 S 0.361 0.356 0.179 0.072 0.025 0.006 0.001 18 N 0.698 0.229 0.055 0.014 0.003 0.001 0.001 19 E 0.545 0.284 0.124 0.039 0.007 0.001 0.001 20 V 0.212 0.243 0.219 0.231 0.084 0.010 0.001 21 I 0.090 0.174 0.306 0.296 0.120 0.013 0.001 22 K 0.661 0.296 0.039 0.004 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.430 0.257 0.184 0.106 0.020 0.002 0.001 24 L 0.141 0.115 0.195 0.320 0.197 0.032 0.001 25 D 0.519 0.325 0.120 0.031 0.005 0.001 0.001 26 D 0.572 0.294 0.100 0.030 0.005 0.001 0.001 27 L 0.155 0.181 0.241 0.245 0.145 0.033 0.001 28 E 0.372 0.333 0.179 0.087 0.025 0.004 0.001 29 V 0.723 0.194 0.059 0.019 0.005 0.001 0.001 30 Q 0.539 0.241 0.133 0.067 0.019 0.002 0.001 31 R 0.657 0.231 0.077 0.028 0.006 0.001 0.001 32 N 0.816 0.137 0.034 0.011 0.002 0.001 0.001 33 L 0.708 0.200 0.067 0.020 0.004 0.001 0.001 34 P 0.757 0.146 0.041 0.033 0.017 0.006 0.001 35 R 0.402 0.195 0.165 0.132 0.079 0.025 0.002 36 A 0.220 0.217 0.205 0.213 0.113 0.030 0.002 37 D 0.340 0.389 0.187 0.069 0.012 0.002 0.001 38 L 0.187 0.170 0.237 0.212 0.151 0.041 0.002 39 L 0.177 0.076 0.082 0.134 0.253 0.247 0.031 40 R 0.167 0.177 0.204 0.260 0.143 0.046 0.002 41 E 0.142 0.312 0.315 0.171 0.052 0.008 0.001 42 A 0.066 0.100 0.160 0.288 0.254 0.121 0.012 43 V 0.018 0.022 0.033 0.112 0.323 0.418 0.075 44 D 0.064 0.238 0.295 0.255 0.116 0.029 0.002 45 Q 0.084 0.299 0.315 0.219 0.071 0.012 0.001 46 Y 0.017 0.030 0.074 0.248 0.392 0.227 0.012 47 L 0.029 0.053 0.102 0.260 0.365 0.180 0.011 48 I 0.165 0.365 0.267 0.149 0.046 0.008 0.001 49 N 0.157 0.364 0.287 0.148 0.037 0.006 0.001 50 Q 0.045 0.118 0.246 0.354 0.198 0.037 0.001 51 S 0.343 0.338 0.185 0.091 0.036 0.007 0.001 52 Q 0.572 0.283 0.099 0.034 0.010 0.002 0.001 53 T 0.630 0.251 0.074 0.032 0.010 0.002 0.001 54 A 0.226 0.244 0.226 0.215 0.077 0.013 0.001 55 R 0.195 0.251 0.254 0.209 0.077 0.013 0.001 56 T 0.493 0.334 0.120 0.041 0.010 0.001 0.001 57 S 0.240 0.377 0.250 0.100 0.027 0.005 0.001 58 V 0.012 0.026 0.087 0.276 0.397 0.191 0.011 59 P 0.068 0.212 0.295 0.241 0.126 0.050 0.007 60 G 0.046 0.110 0.144 0.197 0.239 0.228 0.037 61 I 0.008 0.030 0.062 0.171 0.336 0.336 0.056 62 W 0.011 0.039 0.124 0.296 0.342 0.168 0.020 63 Q 0.171 0.373 0.253 0.134 0.050 0.016 0.003 64 G 0.253 0.340 0.209 0.129 0.053 0.014 0.001 65 C 0.095 0.205 0.316 0.259 0.107 0.018 0.001 66 E 0.491 0.359 0.106 0.034 0.009 0.002 0.001 67 E 0.180 0.220 0.244 0.214 0.111 0.030 0.002 68 D 0.114 0.180 0.228 0.246 0.160 0.067 0.004 69 G 0.068 0.088 0.111 0.167 0.245 0.275 0.046 70 V 0.110 0.118 0.164 0.238 0.228 0.129 0.012 71 E 0.280 0.384 0.213 0.087 0.028 0.007 0.001 72 Y 0.104 0.111 0.169 0.290 0.244 0.078 0.005 73 Q 0.089 0.065 0.083 0.203 0.337 0.212 0.011 74 R 0.303 0.381 0.227 0.076 0.012 0.001 0.001 75 K 0.475 0.266 0.166 0.076 0.016 0.002 0.001 76 L 0.533 0.164 0.097 0.087 0.078 0.040 0.002 77 R 0.538 0.167 0.135 0.106 0.044 0.009 0.001 78 E 0.713 0.205 0.055 0.020 0.006 0.001 0.001 79 E 0.636 0.177 0.110 0.059 0.015 0.002 0.001 80 W 0.628 0.188 0.098 0.056 0.022 0.006 0.001