# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.016 0.015 0.477 0.012 0.031 0.112 0.005 0.003 0.034 0.085 0.056 0.073 0.083 2 N 0.013 0.011 0.381 0.017 0.048 0.202 0.005 0.002 0.031 0.097 0.099 0.035 0.060 3 S 0.015 0.010 0.144 0.010 0.092 0.389 0.004 0.003 0.021 0.071 0.123 0.040 0.078 4 L 0.023 0.014 0.160 0.009 0.088 0.402 0.006 0.004 0.026 0.049 0.074 0.057 0.089 5 A 0.036 0.013 0.120 0.022 0.080 0.395 0.005 0.004 0.023 0.049 0.130 0.051 0.071 6 G 0.026 0.011 0.133 0.012 0.070 0.403 0.004 0.005 0.018 0.049 0.160 0.051 0.057 7 I 0.026 0.009 0.148 0.008 0.072 0.420 0.003 0.003 0.014 0.064 0.121 0.030 0.083 8 D 0.047 0.013 0.192 0.028 0.068 0.238 0.005 0.003 0.015 0.091 0.164 0.088 0.047 9 M 0.046 0.006 0.165 0.022 0.066 0.155 0.005 0.003 0.025 0.109 0.227 0.035 0.136 10 G 0.060 0.006 0.244 0.100 0.026 0.063 0.011 0.006 0.038 0.158 0.176 0.053 0.059 11 R 0.141 0.009 0.160 0.054 0.042 0.083 0.033 0.032 0.093 0.068 0.049 0.117 0.119 12 I 0.207 0.005 0.058 0.011 0.016 0.031 0.103 0.092 0.170 0.013 0.015 0.093 0.185 13 L 0.211 0.006 0.022 0.022 0.005 0.018 0.165 0.302 0.136 0.006 0.007 0.034 0.066 14 L 0.125 0.016 0.078 0.025 0.004 0.021 0.153 0.222 0.166 0.019 0.012 0.121 0.037 15 D 0.019 0.014 0.512 0.003 0.008 0.024 0.028 0.024 0.153 0.053 0.037 0.012 0.114 16 L 0.001 0.009 0.627 0.004 0.015 0.048 0.001 0.002 0.013 0.180 0.083 0.013 0.006 17 S 0.001 0.003 0.430 0.001 0.078 0.204 0.001 0.001 0.004 0.127 0.148 0.001 0.004 18 N 0.001 0.001 0.033 0.001 0.176 0.695 0.001 0.001 0.001 0.058 0.036 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.947 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.005 0.001 0.027 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.019 0.955 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.012 0.931 0.001 0.001 0.001 0.002 0.046 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.022 0.001 0.005 0.934 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.027 0.001 0.010 0.928 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.001 0.001 26 D 0.001 0.001 0.016 0.001 0.014 0.940 0.001 0.001 0.001 0.006 0.022 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.008 0.001 0.019 0.957 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.040 0.926 0.001 0.001 0.004 0.002 0.016 0.001 0.001 29 V 0.001 0.002 0.016 0.001 0.043 0.863 0.001 0.001 0.010 0.003 0.055 0.002 0.003 30 Q 0.001 0.002 0.044 0.002 0.047 0.805 0.001 0.001 0.005 0.014 0.069 0.003 0.008 31 R 0.001 0.002 0.076 0.002 0.048 0.490 0.001 0.001 0.004 0.068 0.299 0.006 0.003 32 N 0.001 0.005 0.237 0.001 0.017 0.159 0.001 0.001 0.004 0.157 0.410 0.002 0.006 33 L 0.001 0.007 0.624 0.001 0.003 0.047 0.001 0.001 0.002 0.283 0.019 0.012 0.002 34 P 0.001 0.007 0.830 0.001 0.004 0.082 0.001 0.001 0.002 0.060 0.008 0.001 0.006 35 R 0.001 0.001 0.057 0.001 0.059 0.867 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.014 0.929 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 49 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.029 0.729 0.001 0.001 0.001 0.009 0.216 0.001 0.001 50 Q 0.001 0.002 0.114 0.001 0.024 0.531 0.001 0.001 0.002 0.071 0.253 0.001 0.001 51 S 0.001 0.004 0.396 0.001 0.029 0.302 0.001 0.001 0.003 0.123 0.137 0.002 0.002 52 Q 0.001 0.010 0.324 0.001 0.075 0.311 0.001 0.001 0.004 0.142 0.123 0.003 0.007 53 T 0.001 0.015 0.340 0.002 0.108 0.289 0.001 0.001 0.007 0.108 0.114 0.007 0.009 54 A 0.001 0.012 0.230 0.002 0.182 0.366 0.001 0.001 0.012 0.062 0.113 0.006 0.014 55 R 0.001 0.011 0.175 0.003 0.191 0.396 0.001 0.001 0.013 0.062 0.128 0.006 0.012 56 T 0.001 0.013 0.136 0.004 0.144 0.301 0.001 0.001 0.009 0.143 0.222 0.014 0.011 57 S 0.003 0.015 0.335 0.004 0.074 0.170 0.001 0.001 0.014 0.129 0.209 0.010 0.034 58 V 0.004 0.014 0.402 0.008 0.050 0.146 0.001 0.001 0.009 0.150 0.157 0.035 0.023 59 P 0.007 0.018 0.332 0.013 0.063 0.135 0.002 0.001 0.010 0.124 0.243 0.016 0.037 60 G 0.016 0.029 0.156 0.010 0.120 0.212 0.004 0.003 0.013 0.104 0.195 0.078 0.061 61 I 0.030 0.042 0.153 0.015 0.170 0.181 0.005 0.004 0.023 0.039 0.168 0.037 0.133 62 W 0.054 0.027 0.201 0.028 0.108 0.129 0.007 0.003 0.020 0.068 0.107 0.120 0.129 63 Q 0.015 0.008 0.065 0.063 0.034 0.053 0.003 0.001 0.010 0.098 0.540 0.066 0.045 64 G 0.009 0.012 0.109 0.009 0.011 0.025 0.002 0.001 0.007 0.120 0.638 0.017 0.040 65 C 0.006 0.037 0.583 0.005 0.007 0.022 0.001 0.001 0.008 0.171 0.025 0.099 0.037 66 E 0.009 0.065 0.420 0.004 0.029 0.053 0.002 0.001 0.014 0.106 0.051 0.028 0.220 67 E 0.006 0.021 0.221 0.023 0.062 0.159 0.003 0.001 0.013 0.137 0.281 0.035 0.038 68 D 0.004 0.009 0.277 0.020 0.034 0.175 0.002 0.001 0.008 0.144 0.289 0.017 0.021 69 G 0.003 0.006 0.261 0.002 0.030 0.501 0.001 0.001 0.009 0.083 0.064 0.009 0.029 70 V 0.004 0.006 0.059 0.003 0.015 0.836 0.001 0.001 0.003 0.019 0.020 0.015 0.018 71 E 0.006 0.003 0.013 0.001 0.021 0.904 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.008 0.026 72 Y 0.002 0.001 0.008 0.001 0.014 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.004 0.006 73 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 74 R 0.001 0.001 0.004 0.001 0.016 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.002 75 K 0.001 0.001 0.008 0.001 0.012 0.945 0.001 0.001 0.001 0.003 0.026 0.002 0.003 76 L 0.001 0.001 0.028 0.001 0.010 0.922 0.001 0.001 0.001 0.009 0.027 0.001 0.002 77 R 0.001 0.001 0.038 0.001 0.042 0.867 0.001 0.001 0.001 0.012 0.038 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.014 0.001 0.084 0.826 0.001 0.001 0.001 0.010 0.063 0.001 0.001 79 E 0.001 0.003 0.055 0.001 0.043 0.749 0.001 0.001 0.002 0.036 0.107 0.001 0.001 80 W 0.001 0.007 0.273 0.001 0.049 0.519 0.001 0.001 0.007 0.089 0.047 0.003 0.005