# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.052 0.030 0.168 0.241 0.008 0.091 0.024 0.011 0.004 0.003 0.094 0.036 0.211 0.004 0.015 0.009 2 N 0.011 0.152 0.119 0.202 0.004 0.116 0.007 0.012 0.007 0.004 0.032 0.102 0.200 0.003 0.005 0.023 3 S 0.036 0.046 0.045 0.295 0.009 0.073 0.008 0.005 0.012 0.004 0.125 0.051 0.255 0.002 0.003 0.030 4 L 0.014 0.030 0.160 0.124 0.089 0.050 0.154 0.005 0.002 0.002 0.041 0.099 0.128 0.093 0.003 0.006 5 A 0.008 0.065 0.068 0.167 0.002 0.078 0.005 0.186 0.003 0.002 0.033 0.035 0.204 0.001 0.138 0.008 6 G 0.006 0.033 0.031 0.120 0.029 0.055 0.021 0.002 0.121 0.060 0.052 0.046 0.186 0.017 0.001 0.220 7 I 0.375 0.015 0.043 0.075 0.003 0.023 0.003 0.017 0.001 0.001 0.080 0.117 0.231 0.001 0.012 0.003 8 D 0.002 0.090 0.086 0.052 0.057 0.183 0.059 0.006 0.008 0.010 0.032 0.110 0.186 0.095 0.002 0.021 9 M 0.036 0.053 0.039 0.185 0.001 0.020 0.002 0.088 0.004 0.001 0.130 0.032 0.193 0.001 0.206 0.007 10 G 0.007 0.055 0.166 0.181 0.001 0.014 0.005 0.001 0.050 0.025 0.005 0.077 0.165 0.001 0.001 0.246 11 R 0.251 0.015 0.239 0.362 0.002 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.101 0.001 0.001 0.009 12 I 0.002 0.017 0.415 0.437 0.003 0.077 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.036 0.001 0.001 0.003 13 L 0.004 0.050 0.048 0.794 0.022 0.042 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.002 0.017 0.003 0.001 0.004 14 L 0.004 0.020 0.024 0.920 0.001 0.007 0.001 0.005 0.001 0.001 0.002 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 15 D 0.004 0.023 0.050 0.176 0.009 0.684 0.003 0.001 0.003 0.003 0.002 0.005 0.020 0.001 0.001 0.015 16 L 0.012 0.092 0.056 0.080 0.010 0.120 0.003 0.008 0.001 0.001 0.579 0.006 0.024 0.001 0.002 0.006 17 S 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.834 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.123 0.009 0.001 0.001 0.001 18 N 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.932 0.017 0.032 0.001 0.002 0.001 19 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.950 0.032 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.979 0.001 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.991 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.981 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.003 0.001 0.014 24 L 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.964 0.005 0.004 0.002 25 D 0.001 0.004 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.957 0.001 0.003 0.008 26 D 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.015 0.916 0.006 0.002 0.025 27 L 0.002 0.003 0.020 0.003 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.022 0.913 0.004 0.004 0.006 28 E 0.001 0.008 0.016 0.006 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.010 0.930 0.003 0.003 0.012 29 V 0.003 0.009 0.015 0.012 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.889 0.005 0.005 0.036 30 Q 0.004 0.005 0.038 0.008 0.028 0.010 0.222 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.272 0.371 0.006 0.017 31 R 0.009 0.012 0.044 0.023 0.001 0.018 0.014 0.096 0.001 0.001 0.024 0.011 0.285 0.008 0.441 0.012 32 N 0.005 0.034 0.023 0.019 0.001 0.003 0.006 0.001 0.060 0.006 0.002 0.004 0.030 0.003 0.002 0.801 33 L 0.698 0.004 0.165 0.047 0.001 0.009 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.037 0.001 0.003 0.012 34 P 0.001 0.002 0.013 0.001 0.001 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.011 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.008 0.009 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.967 0.025 0.001 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.955 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.988 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.014 0.981 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.995 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.008 0.002 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.920 0.045 0.012 0.007 49 N 0.003 0.004 0.008 0.003 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.576 0.067 0.079 0.237 50 Q 0.023 0.009 0.101 0.006 0.001 0.009 0.038 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.412 0.027 0.097 0.260 51 S 0.067 0.030 0.199 0.013 0.001 0.084 0.043 0.002 0.002 0.001 0.024 0.014 0.389 0.011 0.026 0.094 52 Q 0.055 0.116 0.145 0.058 0.002 0.052 0.011 0.009 0.003 0.002 0.130 0.047 0.304 0.009 0.014 0.043 53 T 0.016 0.077 0.081 0.071 0.004 0.157 0.013 0.006 0.004 0.001 0.053 0.234 0.238 0.017 0.010 0.015 54 A 0.008 0.050 0.072 0.059 0.003 0.047 0.009 0.006 0.002 0.001 0.126 0.050 0.524 0.005 0.017 0.023 55 R 0.010 0.037 0.046 0.058 0.006 0.053 0.019 0.004 0.005 0.002 0.038 0.122 0.550 0.019 0.009 0.022 56 T 0.024 0.048 0.066 0.070 0.002 0.032 0.015 0.014 0.003 0.001 0.059 0.048 0.544 0.010 0.038 0.026 57 S 0.018 0.090 0.145 0.124 0.011 0.035 0.051 0.006 0.028 0.005 0.024 0.048 0.243 0.012 0.016 0.143 58 V 0.036 0.008 0.164 0.088 0.038 0.038 0.375 0.005 0.002 0.003 0.022 0.009 0.146 0.050 0.007 0.008 59 P 0.017 0.133 0.207 0.221 0.002 0.029 0.006 0.146 0.006 0.003 0.018 0.015 0.098 0.001 0.083 0.015 60 G 0.020 0.020 0.029 0.402 0.022 0.068 0.014 0.003 0.102 0.060 0.041 0.047 0.085 0.019 0.002 0.065 61 I 0.189 0.062 0.123 0.304 0.023 0.029 0.008 0.019 0.003 0.001 0.040 0.047 0.129 0.003 0.011 0.008 62 W 0.001 0.008 0.031 0.062 0.492 0.037 0.139 0.005 0.002 0.004 0.010 0.010 0.020 0.175 0.001 0.003 63 Q 0.009 0.025 0.016 0.056 0.005 0.017 0.003 0.594 0.004 0.002 0.013 0.006 0.018 0.001 0.227 0.004 64 G 0.003 0.025 0.015 0.040 0.009 0.017 0.011 0.004 0.389 0.158 0.009 0.010 0.009 0.003 0.002 0.298 65 C 0.836 0.009 0.033 0.028 0.001 0.026 0.003 0.006 0.003 0.001 0.017 0.012 0.015 0.001 0.005 0.005 66 E 0.013 0.176 0.298 0.033 0.009 0.250 0.010 0.007 0.015 0.007 0.062 0.050 0.043 0.003 0.002 0.023 67 E 0.056 0.058 0.036 0.113 0.007 0.186 0.011 0.019 0.002 0.002 0.256 0.171 0.069 0.006 0.005 0.003 68 D 0.004 0.118 0.068 0.039 0.001 0.140 0.002 0.016 0.008 0.003 0.088 0.316 0.167 0.001 0.016 0.013 69 G 0.008 0.008 0.013 0.028 0.001 0.083 0.002 0.001 0.004 0.004 0.232 0.205 0.390 0.001 0.001 0.020 70 V 0.008 0.006 0.023 0.007 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.338 0.486 0.001 0.001 0.001 71 E 0.001 0.011 0.008 0.011 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.121 0.816 0.001 0.001 0.002 72 Y 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.986 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.993 0.001 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.008 76 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.984 0.006 0.001 0.002 77 R 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.003 0.006 0.003 78 E 0.001 0.005 0.003 0.004 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.902 0.013 0.004 0.054 79 E 0.009 0.005 0.038 0.008 0.004 0.007 0.080 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.619 0.148 0.027 0.036 80 W 0.008 0.014 0.130 0.018 0.003 0.013 0.083 0.008 0.001 0.001 0.016 0.007 0.505 0.023 0.129 0.038