# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.102 0.273 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.079 0.077 0.417 2 N 0.037 0.254 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.058 0.074 0.075 0.486 3 S 0.091 0.338 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.071 0.063 0.368 4 L 0.124 0.366 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.099 0.059 0.286 5 A 0.093 0.326 0.010 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.087 0.065 0.346 6 G 0.087 0.210 0.021 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.095 0.197 0.059 0.318 7 I 0.145 0.067 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.138 0.098 0.423 8 D 0.159 0.044 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.227 0.073 0.083 0.405 9 M 0.014 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.163 0.049 0.105 0.652 10 G 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.025 0.068 0.282 11 R 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.080 0.049 0.352 12 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.722 0.032 0.038 0.199 13 L 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.002 0.001 0.551 0.053 0.041 0.322 14 L 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.537 0.027 0.075 0.349 15 D 0.010 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.206 0.021 0.102 0.637 16 L 0.114 0.160 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.079 0.119 0.460 17 S 0.050 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.042 0.019 0.071 18 N 0.029 0.877 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.014 0.053 19 E 0.024 0.806 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.053 0.015 0.088 20 V 0.045 0.878 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.025 0.009 0.033 21 I 0.063 0.784 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.045 0.022 0.076 22 K 0.033 0.761 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.035 0.023 0.139 23 Q 0.022 0.737 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.035 0.030 0.169 24 L 0.037 0.832 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.030 0.021 0.070 25 D 0.023 0.830 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.028 0.020 0.094 26 D 0.057 0.803 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.012 0.102 27 L 0.155 0.702 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.036 0.018 0.079 28 E 0.139 0.153 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.320 0.043 0.274 29 V 0.396 0.047 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.053 0.041 0.445 30 Q 0.200 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.044 0.077 0.646 31 R 0.007 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.032 0.091 0.840 32 N 0.017 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.008 0.096 0.808 33 L 0.059 0.095 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.026 0.099 0.694 34 P 0.069 0.547 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.050 0.037 0.278 35 R 0.026 0.948 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.017 36 A 0.022 0.930 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.004 0.017 37 D 0.005 0.915 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.048 0.005 0.025 38 L 0.002 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.007 39 L 0.003 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.001 0.002 40 R 0.002 0.891 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.001 0.003 41 E 0.001 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.001 0.005 42 A 0.001 0.940 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.001 0.003 43 V 0.013 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.002 0.007 44 D 0.018 0.912 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.005 0.036 45 Q 0.010 0.599 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.282 0.015 0.085 46 Y 0.050 0.477 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.385 0.018 0.050 47 L 0.165 0.236 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.331 0.048 0.192 48 I 0.088 0.117 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.132 0.086 0.557 49 N 0.043 0.030 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.110 0.111 0.680 50 Q 0.017 0.070 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.090 0.166 0.616 51 S 0.107 0.124 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.054 0.122 0.563 52 Q 0.063 0.044 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.216 0.092 0.550 53 T 0.056 0.046 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.219 0.095 0.526 54 A 0.161 0.070 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.115 0.107 0.488 55 R 0.105 0.029 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.059 0.113 0.639 56 T 0.019 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.032 0.113 0.738 57 S 0.137 0.070 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.025 0.102 0.620 58 V 0.227 0.138 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.056 0.054 0.096 0.418 59 P 0.030 0.066 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.098 0.065 0.108 0.617 60 G 0.068 0.063 0.013 0.001 0.012 0.006 0.006 0.004 0.004 0.003 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.240 0.116 0.067 0.383 61 I 0.152 0.038 0.015 0.002 0.007 0.003 0.004 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.154 0.061 0.093 0.452 62 W 0.268 0.024 0.006 0.001 0.006 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.126 0.061 0.067 0.420 63 Q 0.039 0.018 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.057 0.045 0.085 0.744 64 G 0.054 0.016 0.005 0.001 0.007 0.004 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.052 0.088 0.673 65 C 0.060 0.030 0.006 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.055 0.091 0.671 66 E 0.198 0.085 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.050 0.054 0.562 67 E 0.082 0.210 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.054 0.069 0.548 68 D 0.053 0.552 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.040 0.039 0.278 69 G 0.031 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.085 0.024 0.140 70 V 0.019 0.885 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.008 0.036 71 E 0.016 0.931 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.009 0.006 0.027 72 Y 0.010 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.004 0.018 73 Q 0.015 0.940 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.003 0.010 74 R 0.051 0.860 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.009 0.045 75 K 0.038 0.662 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.084 0.022 0.140 76 L 0.103 0.475 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.178 0.028 0.135 77 R 0.259 0.192 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.134 0.059 0.311 78 E 0.111 0.097 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.039 0.058 0.675 79 E 0.050 0.059 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.034 0.081 0.747 80 W 0.056 0.066 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.047 0.115 0.672