# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.109 0.276 0.005 0.025 0.020 0.028 0.085 0.017 0.002 0.070 0.362 2 N 0.064 0.248 0.019 0.023 0.027 0.051 0.074 0.011 0.005 0.105 0.374 3 S 0.107 0.306 0.005 0.020 0.019 0.037 0.064 0.009 0.001 0.047 0.385 4 L 0.156 0.283 0.006 0.021 0.017 0.023 0.074 0.012 0.002 0.063 0.342 5 A 0.055 0.246 0.007 0.018 0.022 0.036 0.096 0.007 0.002 0.050 0.460 6 G 0.086 0.228 0.016 0.023 0.017 0.041 0.073 0.008 0.003 0.108 0.396 7 I 0.102 0.127 0.011 0.028 0.040 0.051 0.114 0.009 0.003 0.097 0.419 8 D 0.124 0.164 0.009 0.037 0.043 0.105 0.092 0.010 0.002 0.088 0.325 9 M 0.041 0.059 0.005 0.037 0.038 0.130 0.101 0.005 0.002 0.061 0.519 10 G 0.014 0.032 0.004 0.194 0.133 0.244 0.065 0.002 0.001 0.042 0.271 11 R 0.010 0.009 0.002 0.145 0.146 0.305 0.053 0.002 0.001 0.057 0.270 12 I 0.013 0.006 0.001 0.421 0.217 0.153 0.033 0.001 0.001 0.023 0.134 13 L 0.020 0.005 0.001 0.299 0.119 0.135 0.052 0.002 0.001 0.062 0.304 14 L 0.001 0.001 0.001 0.274 0.151 0.137 0.104 0.001 0.001 0.036 0.295 15 D 0.037 0.025 0.001 0.189 0.033 0.039 0.082 0.004 0.001 0.045 0.544 16 L 0.125 0.112 0.002 0.033 0.029 0.014 0.106 0.013 0.001 0.096 0.470 17 S 0.037 0.708 0.001 0.003 0.001 0.003 0.029 0.013 0.001 0.015 0.188 18 N 0.057 0.787 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.004 0.001 0.036 0.097 19 E 0.015 0.825 0.003 0.004 0.001 0.002 0.015 0.007 0.001 0.037 0.089 20 V 0.031 0.865 0.004 0.001 0.002 0.004 0.007 0.018 0.001 0.025 0.042 21 I 0.135 0.581 0.011 0.003 0.002 0.003 0.012 0.019 0.004 0.150 0.081 22 K 0.027 0.682 0.008 0.002 0.003 0.004 0.024 0.005 0.002 0.059 0.184 23 Q 0.027 0.799 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.001 0.037 0.106 24 L 0.052 0.800 0.011 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.008 0.031 0.050 25 D 0.047 0.821 0.007 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.004 0.021 0.077 26 D 0.067 0.771 0.004 0.001 0.001 0.002 0.009 0.015 0.003 0.014 0.114 27 L 0.129 0.559 0.015 0.002 0.002 0.002 0.032 0.013 0.009 0.053 0.184 28 E 0.101 0.117 0.131 0.007 0.006 0.009 0.056 0.020 0.040 0.144 0.368 29 V 0.258 0.037 0.020 0.019 0.006 0.009 0.075 0.014 0.010 0.086 0.466 30 Q 0.305 0.010 0.003 0.009 0.002 0.002 0.059 0.005 0.002 0.029 0.574 31 R 0.005 0.006 0.001 0.005 0.003 0.005 0.101 0.001 0.001 0.005 0.868 32 N 0.005 0.037 0.001 0.010 0.001 0.002 0.062 0.001 0.001 0.013 0.868 33 L 0.013 0.130 0.002 0.017 0.011 0.007 0.143 0.003 0.001 0.042 0.632 34 P 0.035 0.913 0.001 0.002 0.001 0.001 0.004 0.004 0.001 0.008 0.034 35 R 0.017 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.010 36 A 0.005 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.024 0.014 37 D 0.009 0.935 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.038 0.010 38 L 0.002 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 39 L 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 40 R 0.003 0.849 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.135 0.007 41 E 0.007 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.057 0.008 42 A 0.006 0.812 0.013 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.004 0.139 0.013 43 V 0.013 0.966 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.006 44 D 0.008 0.909 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.031 0.045 45 Q 0.021 0.575 0.021 0.001 0.001 0.002 0.027 0.009 0.008 0.205 0.130 46 Y 0.166 0.463 0.039 0.004 0.002 0.003 0.025 0.021 0.020 0.188 0.069 47 L 0.147 0.179 0.032 0.006 0.003 0.003 0.048 0.016 0.009 0.158 0.399 48 I 0.110 0.075 0.010 0.013 0.003 0.006 0.093 0.007 0.004 0.112 0.567 49 N 0.052 0.043 0.006 0.009 0.003 0.005 0.108 0.003 0.002 0.103 0.665 50 Q 0.026 0.062 0.003 0.025 0.003 0.005 0.127 0.005 0.001 0.055 0.688 51 S 0.096 0.152 0.002 0.005 0.004 0.006 0.104 0.007 0.001 0.032 0.592 52 Q 0.072 0.039 0.003 0.013 0.007 0.009 0.116 0.004 0.001 0.162 0.573 53 T 0.031 0.050 0.014 0.051 0.011 0.020 0.117 0.004 0.003 0.199 0.500 54 A 0.276 0.090 0.003 0.047 0.008 0.016 0.086 0.015 0.001 0.052 0.407 55 R 0.320 0.015 0.004 0.036 0.006 0.010 0.093 0.006 0.002 0.066 0.444 56 T 0.006 0.017 0.005 0.080 0.019 0.044 0.130 0.001 0.001 0.039 0.659 57 S 0.081 0.135 0.001 0.023 0.011 0.025 0.087 0.004 0.001 0.020 0.613 58 V 0.223 0.114 0.002 0.020 0.069 0.068 0.143 0.005 0.001 0.049 0.306 59 P 0.011 0.118 0.002 0.031 0.029 0.074 0.119 0.002 0.001 0.049 0.565 60 G 0.067 0.051 0.007 0.141 0.085 0.264 0.065 0.005 0.002 0.086 0.225 61 I 0.089 0.017 0.003 0.074 0.150 0.197 0.088 0.004 0.001 0.046 0.330 62 W 0.213 0.014 0.002 0.040 0.112 0.123 0.054 0.004 0.001 0.033 0.405 63 Q 0.029 0.007 0.001 0.023 0.067 0.116 0.083 0.001 0.001 0.019 0.654 64 G 0.031 0.009 0.003 0.024 0.027 0.043 0.108 0.001 0.001 0.023 0.732 65 C 0.048 0.015 0.002 0.022 0.096 0.069 0.134 0.003 0.001 0.043 0.567 66 E 0.179 0.159 0.001 0.016 0.023 0.026 0.068 0.005 0.001 0.034 0.489 67 E 0.044 0.183 0.001 0.012 0.018 0.027 0.082 0.003 0.001 0.040 0.591 68 D 0.009 0.519 0.001 0.017 0.016 0.042 0.048 0.003 0.001 0.053 0.292 69 G 0.010 0.832 0.001 0.005 0.009 0.016 0.011 0.003 0.001 0.048 0.065 70 V 0.010 0.890 0.001 0.004 0.016 0.011 0.004 0.001 0.001 0.039 0.024 71 E 0.005 0.929 0.001 0.002 0.003 0.009 0.003 0.002 0.001 0.025 0.020 72 Y 0.012 0.905 0.004 0.001 0.003 0.006 0.004 0.008 0.001 0.038 0.018 73 Q 0.058 0.866 0.006 0.001 0.003 0.003 0.003 0.009 0.002 0.032 0.017 74 R 0.048 0.782 0.006 0.001 0.007 0.007 0.009 0.003 0.001 0.068 0.069 75 K 0.029 0.617 0.019 0.002 0.003 0.008 0.031 0.011 0.010 0.077 0.192 76 L 0.179 0.339 0.087 0.003 0.008 0.011 0.043 0.049 0.031 0.099 0.151 77 R 0.423 0.108 0.019 0.003 0.006 0.008 0.034 0.021 0.013 0.049 0.315 78 E 0.092 0.049 0.004 0.003 0.006 0.008 0.060 0.003 0.001 0.026 0.748 79 E 0.022 0.027 0.004 0.007 0.005 0.012 0.093 0.002 0.001 0.024 0.804 80 W 0.058 0.026 0.005 0.021 0.011 0.019 0.142 0.005 0.002 0.046 0.666