# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.071 0.094 0.019 0.026 0.040 0.110 0.049 0.591 2 N 0.044 0.127 0.053 0.070 0.079 0.101 0.080 0.447 3 S 0.076 0.197 0.032 0.033 0.071 0.081 0.061 0.449 4 L 0.103 0.142 0.034 0.043 0.047 0.093 0.068 0.470 5 A 0.041 0.193 0.061 0.041 0.077 0.102 0.063 0.423 6 G 0.122 0.127 0.039 0.026 0.057 0.091 0.128 0.411 7 I 0.153 0.062 0.046 0.047 0.049 0.126 0.099 0.419 8 D 0.083 0.040 0.070 0.041 0.098 0.143 0.104 0.421 9 M 0.016 0.019 0.072 0.022 0.081 0.127 0.074 0.590 10 G 0.009 0.014 0.183 0.109 0.210 0.118 0.067 0.289 11 R 0.007 0.007 0.239 0.133 0.200 0.062 0.092 0.260 12 I 0.007 0.006 0.270 0.176 0.218 0.049 0.067 0.207 13 L 0.009 0.004 0.307 0.119 0.186 0.068 0.072 0.234 14 L 0.004 0.003 0.331 0.095 0.127 0.079 0.032 0.329 15 D 0.040 0.048 0.183 0.035 0.046 0.113 0.153 0.382 16 L 0.095 0.252 0.046 0.009 0.011 0.096 0.142 0.349 17 S 0.046 0.787 0.004 0.001 0.001 0.018 0.035 0.108 18 N 0.038 0.831 0.002 0.001 0.002 0.014 0.050 0.062 19 E 0.011 0.846 0.004 0.003 0.003 0.012 0.080 0.040 20 V 0.025 0.896 0.004 0.002 0.003 0.007 0.034 0.028 21 I 0.140 0.611 0.015 0.004 0.004 0.012 0.143 0.071 22 K 0.045 0.649 0.010 0.004 0.005 0.032 0.045 0.210 23 Q 0.014 0.676 0.005 0.001 0.002 0.022 0.029 0.249 24 L 0.026 0.850 0.006 0.001 0.001 0.012 0.040 0.065 25 D 0.051 0.783 0.003 0.002 0.002 0.019 0.033 0.108 26 D 0.027 0.832 0.003 0.001 0.002 0.010 0.021 0.104 27 L 0.051 0.802 0.009 0.001 0.003 0.014 0.045 0.075 28 E 0.081 0.120 0.158 0.007 0.007 0.057 0.384 0.186 29 V 0.442 0.053 0.039 0.003 0.006 0.046 0.042 0.369 30 Q 0.468 0.010 0.013 0.002 0.003 0.042 0.038 0.424 31 R 0.005 0.005 0.008 0.001 0.002 0.146 0.008 0.824 32 N 0.008 0.057 0.004 0.001 0.002 0.090 0.006 0.833 33 L 0.059 0.303 0.010 0.008 0.005 0.091 0.063 0.460 34 P 0.035 0.803 0.003 0.001 0.001 0.025 0.052 0.079 35 R 0.025 0.930 0.001 0.001 0.001 0.005 0.019 0.020 36 A 0.012 0.926 0.004 0.001 0.001 0.004 0.037 0.016 37 D 0.010 0.929 0.002 0.001 0.001 0.005 0.037 0.017 38 L 0.004 0.914 0.002 0.001 0.001 0.002 0.064 0.012 39 L 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.003 40 R 0.006 0.859 0.002 0.001 0.001 0.002 0.119 0.012 41 E 0.002 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.009 42 A 0.003 0.911 0.005 0.001 0.001 0.002 0.069 0.009 43 V 0.005 0.966 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.006 44 D 0.011 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.021 45 Q 0.010 0.380 0.020 0.001 0.001 0.010 0.541 0.038 46 Y 0.044 0.400 0.069 0.002 0.002 0.029 0.410 0.045 47 L 0.289 0.112 0.093 0.004 0.004 0.035 0.309 0.154 48 I 0.218 0.039 0.034 0.004 0.007 0.065 0.050 0.583 49 N 0.030 0.009 0.008 0.002 0.004 0.119 0.019 0.810 50 Q 0.018 0.021 0.012 0.004 0.005 0.142 0.021 0.778 51 S 0.099 0.093 0.005 0.006 0.009 0.102 0.049 0.636 52 Q 0.121 0.046 0.013 0.009 0.013 0.082 0.125 0.591 53 T 0.121 0.039 0.034 0.013 0.019 0.107 0.184 0.482 54 A 0.208 0.030 0.043 0.011 0.020 0.104 0.094 0.490 55 R 0.151 0.016 0.035 0.013 0.018 0.104 0.068 0.596 56 T 0.017 0.011 0.023 0.019 0.037 0.131 0.025 0.737 57 S 0.042 0.056 0.014 0.015 0.026 0.100 0.040 0.706 58 V 0.146 0.168 0.015 0.042 0.036 0.113 0.080 0.399 59 P 0.045 0.114 0.030 0.040 0.084 0.102 0.079 0.506 60 G 0.058 0.055 0.053 0.075 0.124 0.081 0.144 0.409 61 I 0.140 0.038 0.067 0.094 0.128 0.084 0.088 0.362 62 W 0.214 0.017 0.030 0.049 0.058 0.076 0.064 0.492 63 Q 0.048 0.010 0.018 0.025 0.051 0.089 0.027 0.734 64 G 0.034 0.011 0.017 0.025 0.042 0.116 0.042 0.713 65 C 0.032 0.028 0.020 0.044 0.041 0.117 0.051 0.667 66 E 0.138 0.149 0.014 0.022 0.025 0.074 0.095 0.482 67 E 0.055 0.267 0.012 0.015 0.021 0.078 0.058 0.494 68 D 0.018 0.454 0.018 0.022 0.047 0.056 0.070 0.315 69 G 0.011 0.800 0.009 0.010 0.020 0.017 0.035 0.097 70 V 0.013 0.888 0.006 0.010 0.011 0.008 0.021 0.041 71 E 0.009 0.872 0.009 0.008 0.010 0.008 0.041 0.043 72 Y 0.010 0.933 0.004 0.003 0.007 0.004 0.016 0.023 73 Q 0.036 0.863 0.009 0.004 0.004 0.006 0.046 0.032 74 R 0.032 0.837 0.006 0.005 0.007 0.011 0.034 0.069 75 K 0.039 0.640 0.017 0.006 0.010 0.028 0.063 0.198 76 L 0.118 0.479 0.026 0.008 0.011 0.034 0.140 0.184 77 R 0.211 0.164 0.021 0.008 0.011 0.066 0.153 0.366 78 E 0.057 0.075 0.012 0.008 0.011 0.074 0.043 0.721 79 E 0.035 0.029 0.036 0.009 0.018 0.114 0.073 0.686 80 W 0.053 0.019 0.055 0.017 0.022 0.137 0.097 0.599