# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.292 0.106 0.054 0.105 0.091 0.074 0.103 0.073 0.050 0.032 0.019 2 N 0.193 0.107 0.066 0.125 0.103 0.091 0.114 0.076 0.061 0.039 0.025 3 S 0.156 0.138 0.080 0.169 0.134 0.086 0.098 0.062 0.041 0.022 0.013 4 L 0.064 0.057 0.039 0.090 0.102 0.096 0.145 0.135 0.117 0.091 0.065 5 A 0.091 0.109 0.078 0.173 0.145 0.101 0.116 0.084 0.053 0.033 0.017 6 G 0.152 0.127 0.094 0.195 0.131 0.094 0.091 0.052 0.034 0.020 0.010 7 I 0.047 0.030 0.038 0.074 0.083 0.105 0.162 0.135 0.137 0.108 0.081 8 D 0.063 0.130 0.087 0.194 0.156 0.108 0.121 0.063 0.042 0.024 0.013 9 M 0.011 0.012 0.021 0.036 0.052 0.059 0.116 0.135 0.204 0.179 0.176 10 G 0.043 0.055 0.077 0.126 0.131 0.120 0.172 0.104 0.085 0.055 0.031 11 R 0.016 0.032 0.073 0.155 0.151 0.141 0.162 0.104 0.080 0.056 0.031 12 I 0.003 0.004 0.010 0.012 0.021 0.045 0.102 0.136 0.237 0.253 0.177 13 L 0.006 0.017 0.019 0.077 0.113 0.089 0.158 0.168 0.154 0.119 0.080 14 L 0.007 0.004 0.012 0.015 0.026 0.039 0.095 0.140 0.212 0.253 0.197 15 D 0.037 0.061 0.095 0.210 0.224 0.141 0.126 0.052 0.030 0.015 0.008 16 L 0.003 0.010 0.009 0.011 0.024 0.031 0.099 0.162 0.206 0.228 0.217 17 S 0.046 0.327 0.071 0.161 0.120 0.093 0.095 0.036 0.029 0.015 0.007 18 N 0.862 0.070 0.024 0.026 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.831 0.073 0.034 0.040 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.018 0.076 0.052 0.142 0.137 0.142 0.213 0.114 0.062 0.034 0.009 21 I 0.002 0.003 0.010 0.019 0.047 0.178 0.313 0.171 0.128 0.101 0.028 22 K 0.004 0.024 0.836 0.102 0.025 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.003 0.028 0.382 0.219 0.142 0.110 0.080 0.028 0.006 0.002 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.027 0.106 0.140 0.258 0.286 0.169 25 D 0.094 0.094 0.432 0.185 0.105 0.040 0.032 0.013 0.004 0.001 0.001 26 D 0.015 0.035 0.736 0.137 0.051 0.014 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 27 L 0.023 0.015 0.061 0.033 0.059 0.116 0.301 0.163 0.114 0.080 0.036 28 E 0.107 0.097 0.155 0.147 0.116 0.113 0.153 0.069 0.029 0.013 0.003 29 V 0.035 0.066 0.512 0.191 0.090 0.046 0.033 0.016 0.006 0.003 0.001 30 Q 0.025 0.047 0.164 0.105 0.111 0.130 0.201 0.107 0.056 0.039 0.015 31 R 0.095 0.123 0.165 0.151 0.118 0.104 0.122 0.068 0.033 0.016 0.005 32 N 0.194 0.236 0.277 0.147 0.061 0.036 0.028 0.013 0.005 0.003 0.001 33 L 0.127 0.053 0.091 0.122 0.141 0.124 0.163 0.090 0.046 0.027 0.016 34 P 0.412 0.234 0.094 0.086 0.053 0.033 0.041 0.025 0.012 0.007 0.003 35 R 0.027 0.068 0.083 0.161 0.175 0.138 0.163 0.097 0.052 0.027 0.010 36 A 0.049 0.032 0.063 0.078 0.096 0.156 0.254 0.144 0.071 0.043 0.015 37 D 0.072 0.090 0.360 0.284 0.106 0.046 0.027 0.009 0.003 0.001 0.001 38 L 0.006 0.008 0.026 0.038 0.085 0.101 0.233 0.210 0.130 0.088 0.074 39 L 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.013 0.044 0.085 0.228 0.310 0.295 40 R 0.004 0.007 0.077 0.084 0.173 0.234 0.264 0.082 0.046 0.022 0.008 41 E 0.014 0.030 0.706 0.169 0.052 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.002 0.009 0.010 0.029 0.083 0.251 0.199 0.187 0.151 0.079 43 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.014 0.057 0.085 0.262 0.363 0.211 44 D 0.006 0.027 0.484 0.223 0.132 0.068 0.038 0.012 0.006 0.003 0.001 45 Q 0.009 0.020 0.481 0.165 0.126 0.096 0.073 0.022 0.006 0.003 0.001 46 Y 0.001 0.003 0.010 0.010 0.019 0.052 0.155 0.173 0.220 0.206 0.149 47 L 0.001 0.002 0.005 0.008 0.019 0.044 0.125 0.144 0.235 0.261 0.156 48 I 0.011 0.020 0.308 0.162 0.151 0.134 0.121 0.045 0.027 0.017 0.006 49 N 0.014 0.042 0.348 0.157 0.120 0.121 0.121 0.042 0.020 0.012 0.004 50 Q 0.011 0.021 0.025 0.034 0.047 0.131 0.254 0.166 0.154 0.108 0.049 51 S 0.159 0.200 0.084 0.131 0.091 0.079 0.114 0.068 0.039 0.024 0.010 52 Q 0.257 0.130 0.176 0.171 0.102 0.064 0.054 0.024 0.011 0.006 0.003 53 T 0.452 0.200 0.129 0.111 0.051 0.024 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 54 A 0.069 0.068 0.042 0.088 0.092 0.126 0.178 0.131 0.100 0.070 0.034 55 R 0.077 0.098 0.063 0.120 0.118 0.130 0.151 0.106 0.065 0.050 0.022 56 T 0.079 0.138 0.212 0.239 0.134 0.081 0.055 0.033 0.016 0.009 0.004 57 S 0.140 0.132 0.117 0.196 0.141 0.092 0.082 0.056 0.023 0.014 0.007 58 V 0.028 0.027 0.019 0.048 0.057 0.095 0.169 0.166 0.173 0.139 0.080 59 P 0.073 0.065 0.047 0.144 0.159 0.139 0.148 0.101 0.064 0.037 0.022 60 G 0.089 0.050 0.072 0.098 0.103 0.108 0.142 0.108 0.099 0.077 0.054 61 I 0.014 0.017 0.020 0.050 0.072 0.109 0.180 0.128 0.178 0.132 0.100 62 W 0.006 0.010 0.009 0.023 0.038 0.052 0.119 0.132 0.211 0.204 0.195 63 Q 0.088 0.103 0.117 0.234 0.201 0.092 0.080 0.043 0.024 0.012 0.007 64 G 0.304 0.175 0.097 0.177 0.094 0.049 0.049 0.027 0.015 0.009 0.005 65 C 0.028 0.044 0.017 0.066 0.074 0.117 0.187 0.145 0.136 0.118 0.068 66 E 0.264 0.277 0.069 0.158 0.091 0.051 0.043 0.024 0.013 0.007 0.003 67 E 0.379 0.106 0.090 0.130 0.085 0.074 0.065 0.034 0.018 0.012 0.006 68 D 0.128 0.165 0.069 0.152 0.130 0.118 0.113 0.060 0.036 0.020 0.009 69 G 0.029 0.069 0.022 0.051 0.058 0.076 0.159 0.146 0.179 0.135 0.076 70 V 0.041 0.031 0.038 0.097 0.152 0.205 0.223 0.104 0.063 0.031 0.016 71 E 0.390 0.144 0.270 0.137 0.040 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.003 0.013 0.020 0.040 0.075 0.170 0.278 0.158 0.128 0.082 0.032 73 Q 0.001 0.002 0.005 0.012 0.027 0.060 0.180 0.180 0.244 0.185 0.104 74 R 0.091 0.050 0.560 0.172 0.072 0.028 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 75 K 0.009 0.033 0.571 0.229 0.107 0.028 0.016 0.004 0.001 0.001 0.001 76 L 0.001 0.003 0.012 0.007 0.015 0.023 0.107 0.182 0.227 0.253 0.170 77 R 0.010 0.015 0.073 0.098 0.145 0.182 0.267 0.119 0.056 0.028 0.008 78 E 0.010 0.031 0.898 0.050 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.014 0.013 0.100 0.077 0.139 0.164 0.292 0.138 0.039 0.017 0.007 80 W 0.103 0.052 0.067 0.051 0.048 0.065 0.196 0.169 0.134 0.087 0.029