# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.061 0.039 0.044 0.024 0.051 0.069 0.007 0.705 2 N 0.030 0.043 0.039 0.028 0.055 0.162 0.007 0.635 3 S 0.104 0.050 0.037 0.019 0.034 0.176 0.015 0.565 4 L 0.112 0.224 0.065 0.024 0.048 0.145 0.010 0.372 5 A 0.063 0.226 0.054 0.029 0.044 0.193 0.011 0.379 6 G 0.122 0.304 0.038 0.019 0.047 0.089 0.021 0.360 7 I 0.175 0.323 0.059 0.031 0.043 0.082 0.021 0.267 8 D 0.090 0.327 0.035 0.034 0.048 0.098 0.016 0.351 9 M 0.087 0.316 0.071 0.039 0.075 0.058 0.021 0.334 10 G 0.127 0.206 0.099 0.083 0.099 0.109 0.027 0.250 11 R 0.118 0.168 0.153 0.073 0.077 0.101 0.029 0.281 12 I 0.086 0.226 0.256 0.114 0.104 0.036 0.013 0.165 13 L 0.037 0.146 0.234 0.110 0.215 0.022 0.008 0.228 14 L 0.016 0.037 0.371 0.237 0.208 0.027 0.005 0.099 15 D 0.014 0.038 0.135 0.117 0.176 0.116 0.008 0.396 16 L 0.069 0.031 0.155 0.041 0.153 0.103 0.014 0.434 17 S 0.004 0.005 0.008 0.002 0.006 0.669 0.006 0.301 18 N 0.081 0.007 0.027 0.002 0.008 0.140 0.030 0.705 19 E 0.048 0.149 0.005 0.001 0.002 0.208 0.005 0.581 20 V 0.010 0.030 0.001 0.001 0.001 0.877 0.002 0.078 21 I 0.040 0.665 0.004 0.001 0.005 0.138 0.002 0.143 22 K 0.038 0.887 0.001 0.001 0.002 0.009 0.002 0.060 23 Q 0.052 0.863 0.001 0.001 0.001 0.010 0.009 0.063 24 L 0.055 0.899 0.003 0.001 0.001 0.003 0.017 0.022 25 D 0.025 0.884 0.004 0.001 0.001 0.005 0.010 0.070 26 D 0.023 0.741 0.016 0.001 0.002 0.041 0.015 0.162 27 L 0.059 0.790 0.009 0.001 0.001 0.043 0.013 0.083 28 E 0.086 0.743 0.009 0.002 0.002 0.063 0.013 0.083 29 V 0.063 0.812 0.011 0.003 0.003 0.021 0.010 0.077 30 Q 0.111 0.798 0.008 0.002 0.003 0.004 0.012 0.062 31 R 0.103 0.649 0.010 0.004 0.004 0.008 0.033 0.189 32 N 0.148 0.311 0.061 0.008 0.009 0.028 0.097 0.338 33 L 0.230 0.134 0.154 0.015 0.013 0.064 0.029 0.362 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.995 35 R 0.008 0.028 0.015 0.001 0.006 0.063 0.002 0.877 36 A 0.074 0.144 0.011 0.001 0.003 0.166 0.004 0.597 37 D 0.079 0.263 0.006 0.001 0.002 0.375 0.004 0.270 38 L 0.040 0.843 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.104 39 L 0.006 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 40 R 0.004 0.974 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.017 41 E 0.003 0.979 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 42 A 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 43 V 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 44 D 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 45 Q 0.003 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 46 Y 0.013 0.965 0.002 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 47 L 0.010 0.969 0.007 0.001 0.001 0.004 0.002 0.007 48 I 0.020 0.937 0.013 0.002 0.001 0.003 0.007 0.017 49 N 0.053 0.870 0.007 0.002 0.002 0.003 0.027 0.037 50 Q 0.170 0.603 0.031 0.005 0.005 0.009 0.077 0.100 51 S 0.140 0.290 0.099 0.016 0.012 0.045 0.063 0.335 52 Q 0.065 0.088 0.097 0.018 0.015 0.081 0.020 0.616 53 T 0.042 0.052 0.030 0.014 0.016 0.138 0.011 0.697 54 A 0.085 0.090 0.041 0.020 0.036 0.111 0.011 0.605 55 R 0.108 0.180 0.044 0.023 0.036 0.151 0.011 0.446 56 T 0.233 0.135 0.027 0.029 0.032 0.117 0.032 0.397 57 S 0.291 0.138 0.025 0.020 0.032 0.064 0.056 0.374 58 V 0.292 0.103 0.050 0.050 0.068 0.076 0.025 0.336 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.988 60 G 0.029 0.011 0.030 0.053 0.090 0.098 0.007 0.682 61 I 0.206 0.033 0.079 0.098 0.150 0.049 0.009 0.376 62 W 0.053 0.062 0.072 0.173 0.204 0.047 0.006 0.384 63 Q 0.047 0.054 0.066 0.129 0.222 0.053 0.008 0.421 64 G 0.064 0.035 0.036 0.065 0.102 0.055 0.016 0.627 65 C 0.145 0.024 0.069 0.084 0.117 0.068 0.025 0.468 66 E 0.043 0.011 0.034 0.043 0.041 0.117 0.009 0.701 67 E 0.023 0.009 0.035 0.031 0.062 0.070 0.004 0.766 68 D 0.022 0.013 0.023 0.021 0.037 0.301 0.005 0.577 69 G 0.126 0.024 0.032 0.011 0.031 0.163 0.015 0.597 70 V 0.072 0.115 0.073 0.023 0.041 0.241 0.006 0.428 71 E 0.020 0.126 0.034 0.014 0.026 0.343 0.004 0.433 72 Y 0.024 0.544 0.013 0.004 0.017 0.078 0.004 0.316 73 Q 0.020 0.846 0.009 0.002 0.016 0.020 0.002 0.084 74 R 0.009 0.782 0.005 0.002 0.004 0.017 0.003 0.179 75 K 0.015 0.871 0.002 0.001 0.002 0.016 0.006 0.087 76 L 0.039 0.920 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.023 77 R 0.018 0.948 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.024 78 E 0.025 0.861 0.004 0.001 0.001 0.006 0.010 0.092 79 E 0.138 0.693 0.005 0.002 0.002 0.018 0.040 0.103 80 W 0.197 0.675 0.008 0.003 0.003 0.011 0.034 0.068