# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.274 0.311 0.208 0.088 0.048 0.035 0.012 0.002 0.019 0.002 0.001 2 N 0.298 0.209 0.201 0.102 0.076 0.043 0.031 0.004 0.029 0.005 0.001 3 S 0.419 0.177 0.159 0.101 0.072 0.028 0.017 0.003 0.019 0.004 0.001 4 L 0.378 0.267 0.164 0.083 0.040 0.028 0.008 0.001 0.029 0.001 0.001 5 A 0.324 0.169 0.273 0.133 0.035 0.024 0.024 0.001 0.015 0.002 0.001 6 G 0.166 0.040 0.100 0.057 0.131 0.033 0.094 0.226 0.012 0.140 0.001 7 I 0.414 0.240 0.201 0.074 0.033 0.016 0.006 0.001 0.012 0.002 0.001 8 D 0.343 0.132 0.194 0.157 0.050 0.052 0.033 0.004 0.029 0.005 0.001 9 M 0.255 0.285 0.112 0.193 0.088 0.012 0.026 0.006 0.018 0.003 0.001 10 G 0.179 0.256 0.180 0.086 0.200 0.024 0.039 0.010 0.017 0.008 0.001 11 R 0.068 0.620 0.130 0.044 0.102 0.018 0.004 0.001 0.013 0.001 0.001 12 I 0.028 0.792 0.101 0.011 0.033 0.020 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 13 L 0.022 0.415 0.321 0.013 0.015 0.203 0.002 0.001 0.007 0.001 0.002 14 L 0.033 0.751 0.093 0.023 0.027 0.035 0.002 0.001 0.035 0.001 0.001 15 D 0.014 0.137 0.447 0.017 0.035 0.242 0.037 0.001 0.068 0.002 0.001 16 L 0.354 0.073 0.313 0.105 0.036 0.047 0.009 0.002 0.039 0.012 0.011 17 S 0.576 0.028 0.232 0.063 0.018 0.044 0.010 0.001 0.017 0.009 0.002 18 N 0.940 0.001 0.025 0.019 0.002 0.004 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 19 E 0.962 0.001 0.008 0.021 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.947 0.009 0.005 0.035 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.985 0.005 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.976 0.003 0.002 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.887 0.008 0.008 0.084 0.004 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 24 L 0.933 0.005 0.021 0.033 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 25 D 0.937 0.002 0.005 0.046 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.891 0.006 0.011 0.075 0.003 0.006 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 27 L 0.952 0.009 0.010 0.023 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.976 0.004 0.005 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.933 0.011 0.008 0.040 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 30 Q 0.840 0.028 0.024 0.081 0.008 0.004 0.004 0.001 0.010 0.001 0.001 31 R 0.742 0.018 0.040 0.162 0.003 0.004 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 32 N 0.227 0.020 0.053 0.452 0.014 0.020 0.182 0.021 0.007 0.004 0.001 33 L 0.037 0.164 0.607 0.009 0.013 0.015 0.011 0.001 0.142 0.002 0.001 34 P 0.110 0.001 0.792 0.006 0.001 0.070 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 35 R 0.906 0.011 0.051 0.016 0.003 0.010 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 36 A 0.994 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.997 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.997 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.981 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.996 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.986 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.968 0.004 0.002 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 47 L 0.964 0.007 0.008 0.016 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.935 0.010 0.008 0.041 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 49 N 0.642 0.013 0.021 0.290 0.006 0.007 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 50 Q 0.334 0.034 0.070 0.391 0.011 0.014 0.126 0.007 0.012 0.002 0.001 51 S 0.259 0.078 0.194 0.176 0.023 0.048 0.185 0.010 0.020 0.007 0.001 52 Q 0.384 0.119 0.271 0.116 0.021 0.042 0.022 0.003 0.017 0.003 0.002 53 T 0.486 0.096 0.248 0.088 0.018 0.035 0.010 0.002 0.014 0.002 0.001 54 A 0.504 0.087 0.229 0.090 0.023 0.038 0.009 0.002 0.015 0.002 0.002 55 R 0.576 0.112 0.130 0.108 0.023 0.020 0.010 0.002 0.015 0.002 0.001 56 T 0.529 0.098 0.127 0.148 0.027 0.019 0.029 0.003 0.015 0.003 0.001 57 S 0.270 0.086 0.117 0.359 0.052 0.029 0.057 0.009 0.012 0.008 0.001 58 V 0.061 0.450 0.255 0.023 0.033 0.018 0.012 0.001 0.143 0.003 0.001 59 P 0.165 0.018 0.749 0.020 0.003 0.018 0.005 0.001 0.003 0.001 0.018 60 G 0.099 0.026 0.098 0.037 0.074 0.029 0.037 0.461 0.006 0.133 0.001 61 I 0.358 0.283 0.264 0.041 0.028 0.012 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 62 W 0.348 0.240 0.188 0.082 0.049 0.035 0.008 0.001 0.046 0.003 0.001 63 Q 0.216 0.122 0.259 0.250 0.035 0.023 0.066 0.002 0.021 0.005 0.002 64 G 0.036 0.012 0.055 0.030 0.079 0.013 0.117 0.408 0.006 0.244 0.001 65 C 0.200 0.217 0.329 0.146 0.050 0.022 0.008 0.002 0.020 0.004 0.002 66 E 0.299 0.096 0.311 0.148 0.033 0.060 0.022 0.004 0.019 0.008 0.001 67 E 0.519 0.139 0.147 0.107 0.023 0.031 0.014 0.002 0.013 0.003 0.001 68 D 0.421 0.055 0.168 0.210 0.038 0.043 0.047 0.003 0.010 0.003 0.001 69 G 0.515 0.091 0.082 0.090 0.101 0.032 0.024 0.035 0.016 0.015 0.001 70 V 0.870 0.051 0.052 0.012 0.004 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 71 E 0.934 0.023 0.015 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 Y 0.801 0.048 0.026 0.071 0.024 0.010 0.002 0.001 0.017 0.001 0.001 73 Q 0.956 0.007 0.019 0.008 0.003 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 74 R 0.993 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.969 0.001 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.858 0.009 0.010 0.112 0.001 0.003 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 77 R 0.952 0.007 0.011 0.018 0.001 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 78 E 0.943 0.006 0.007 0.035 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.760 0.023 0.024 0.170 0.006 0.005 0.005 0.001 0.006 0.001 0.001 80 W 0.596 0.083 0.126 0.124 0.013 0.020 0.016 0.001 0.021 0.001 0.001