# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.148 0.118 0.032 0.013 0.217 0.016 0.030 0.197 0.092 0.072 0.064 2 N 0.081 0.117 0.050 0.030 0.146 0.046 0.067 0.283 0.078 0.060 0.041 3 S 0.123 0.104 0.042 0.009 0.166 0.011 0.031 0.282 0.078 0.102 0.053 4 L 0.123 0.066 0.020 0.010 0.142 0.016 0.039 0.364 0.105 0.067 0.048 5 A 0.034 0.147 0.060 0.042 0.074 0.074 0.109 0.315 0.080 0.044 0.021 6 G 0.107 0.040 0.032 0.036 0.080 0.020 0.028 0.205 0.107 0.224 0.120 7 I 0.098 0.144 0.039 0.006 0.154 0.013 0.049 0.295 0.137 0.041 0.023 8 D 0.081 0.050 0.023 0.024 0.097 0.037 0.128 0.232 0.094 0.152 0.082 9 M 0.201 0.124 0.034 0.018 0.206 0.019 0.048 0.129 0.077 0.068 0.076 10 G 0.046 0.070 0.060 0.076 0.086 0.149 0.163 0.160 0.067 0.076 0.048 11 R 0.211 0.211 0.039 0.008 0.376 0.007 0.016 0.047 0.017 0.041 0.026 12 I 0.241 0.076 0.003 0.001 0.633 0.002 0.007 0.015 0.008 0.003 0.009 13 L 0.260 0.057 0.008 0.003 0.544 0.011 0.013 0.024 0.011 0.017 0.053 14 L 0.183 0.164 0.035 0.013 0.389 0.026 0.020 0.027 0.016 0.039 0.087 15 D 0.165 0.176 0.120 0.013 0.328 0.009 0.017 0.023 0.010 0.070 0.070 16 L 0.024 0.492 0.238 0.017 0.073 0.010 0.014 0.042 0.033 0.040 0.018 17 S 0.009 0.450 0.195 0.009 0.038 0.004 0.010 0.186 0.084 0.010 0.006 18 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.772 0.213 0.005 0.001 19 E 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.909 0.066 0.012 0.001 20 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.047 0.013 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.063 0.004 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.944 0.052 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.918 0.041 0.025 0.001 24 L 0.003 0.009 0.002 0.001 0.004 0.001 0.005 0.806 0.153 0.015 0.003 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.858 0.118 0.005 0.001 26 D 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 0.896 0.059 0.027 0.001 27 L 0.004 0.018 0.003 0.001 0.009 0.001 0.013 0.786 0.143 0.022 0.002 28 E 0.007 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.013 0.780 0.165 0.018 0.002 29 V 0.006 0.009 0.002 0.001 0.007 0.001 0.031 0.770 0.135 0.035 0.003 30 Q 0.019 0.029 0.015 0.003 0.031 0.009 0.080 0.552 0.174 0.077 0.011 31 R 0.022 0.240 0.058 0.010 0.068 0.031 0.098 0.257 0.134 0.066 0.016 32 N 0.047 0.038 0.045 0.017 0.049 0.010 0.025 0.060 0.050 0.512 0.148 33 L 0.018 0.569 0.254 0.006 0.079 0.004 0.006 0.017 0.008 0.029 0.010 34 P 0.003 0.661 0.281 0.003 0.020 0.001 0.003 0.016 0.007 0.002 0.003 35 R 0.002 0.009 0.003 0.001 0.002 0.001 0.005 0.569 0.400 0.008 0.002 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.840 0.152 0.003 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.958 0.037 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.976 0.020 0.003 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.949 0.048 0.003 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.987 0.013 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.984 0.013 0.001 0.001 42 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.014 0.007 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.030 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.027 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.966 0.027 0.004 0.001 46 Y 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.935 0.044 0.013 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.863 0.121 0.008 0.001 48 I 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.071 0.746 0.158 0.014 0.001 49 N 0.017 0.051 0.034 0.007 0.028 0.009 0.113 0.465 0.126 0.137 0.014 50 Q 0.056 0.123 0.085 0.015 0.092 0.015 0.029 0.207 0.092 0.223 0.063 51 S 0.097 0.144 0.066 0.012 0.150 0.011 0.024 0.214 0.092 0.135 0.056 52 Q 0.051 0.144 0.051 0.013 0.098 0.014 0.041 0.345 0.132 0.080 0.032 53 T 0.044 0.129 0.056 0.016 0.091 0.018 0.044 0.379 0.119 0.080 0.027 54 A 0.066 0.070 0.025 0.006 0.089 0.009 0.026 0.424 0.161 0.094 0.030 55 R 0.045 0.041 0.019 0.010 0.062 0.015 0.040 0.459 0.192 0.090 0.028 56 T 0.030 0.090 0.039 0.017 0.061 0.023 0.078 0.438 0.148 0.058 0.017 57 S 0.074 0.061 0.045 0.012 0.083 0.012 0.071 0.247 0.096 0.230 0.068 58 V 0.123 0.199 0.086 0.017 0.187 0.017 0.024 0.154 0.064 0.078 0.052 59 P 0.042 0.198 0.074 0.062 0.087 0.080 0.124 0.197 0.060 0.045 0.031 60 G 0.076 0.125 0.104 0.060 0.120 0.026 0.030 0.132 0.080 0.179 0.068 61 I 0.163 0.132 0.039 0.004 0.270 0.005 0.028 0.186 0.083 0.056 0.035 62 W 0.111 0.085 0.069 0.047 0.147 0.062 0.059 0.227 0.071 0.065 0.058 63 Q 0.027 0.322 0.089 0.080 0.064 0.094 0.173 0.079 0.032 0.023 0.016 64 G 0.039 0.027 0.041 0.091 0.035 0.021 0.012 0.030 0.033 0.486 0.185 65 C 0.065 0.356 0.177 0.021 0.185 0.013 0.017 0.057 0.039 0.045 0.025 66 E 0.106 0.170 0.110 0.030 0.156 0.022 0.042 0.144 0.085 0.073 0.062 67 E 0.054 0.086 0.049 0.053 0.066 0.064 0.087 0.302 0.126 0.079 0.034 68 D 0.027 0.162 0.128 0.079 0.062 0.057 0.055 0.213 0.060 0.123 0.034 69 G 0.043 0.090 0.046 0.016 0.059 0.008 0.010 0.375 0.147 0.153 0.055 70 V 0.021 0.041 0.008 0.002 0.042 0.003 0.008 0.754 0.096 0.016 0.009 71 E 0.013 0.017 0.003 0.001 0.018 0.002 0.006 0.876 0.052 0.009 0.004 72 Y 0.008 0.012 0.001 0.001 0.009 0.001 0.002 0.925 0.026 0.016 0.002 73 Q 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.926 0.048 0.009 0.002 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.940 0.054 0.002 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.931 0.050 0.008 0.001 76 L 0.003 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.006 0.847 0.092 0.035 0.002 77 R 0.004 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.013 0.817 0.128 0.019 0.003 78 E 0.005 0.006 0.003 0.001 0.006 0.002 0.027 0.762 0.166 0.018 0.002 79 E 0.024 0.052 0.016 0.001 0.043 0.003 0.050 0.579 0.129 0.090 0.012 80 W 0.137 0.088 0.012 0.001 0.143 0.004 0.033 0.339 0.131 0.071 0.040