# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.594 0.188 0.101 0.072 0.033 0.010 0.001 2 N 0.637 0.217 0.087 0.041 0.014 0.004 0.001 3 S 0.492 0.263 0.141 0.073 0.021 0.008 0.001 4 L 0.283 0.169 0.182 0.188 0.123 0.049 0.006 5 A 0.349 0.266 0.170 0.118 0.066 0.028 0.004 6 G 0.303 0.261 0.186 0.133 0.072 0.038 0.008 7 I 0.153 0.132 0.155 0.200 0.204 0.127 0.029 8 D 0.129 0.182 0.181 0.186 0.156 0.123 0.043 9 M 0.044 0.040 0.060 0.126 0.192 0.313 0.226 10 G 0.041 0.074 0.094 0.143 0.226 0.284 0.138 11 R 0.036 0.063 0.105 0.162 0.220 0.252 0.162 12 I 0.010 0.015 0.020 0.046 0.126 0.381 0.402 13 L 0.018 0.032 0.052 0.101 0.177 0.362 0.258 14 L 0.019 0.039 0.075 0.135 0.235 0.362 0.136 15 D 0.060 0.192 0.282 0.248 0.146 0.064 0.009 16 L 0.033 0.058 0.138 0.290 0.293 0.172 0.015 17 S 0.217 0.273 0.203 0.153 0.122 0.032 0.001 18 N 0.586 0.338 0.054 0.016 0.004 0.001 0.001 19 E 0.556 0.367 0.054 0.018 0.004 0.001 0.001 20 V 0.119 0.285 0.305 0.215 0.064 0.012 0.001 21 I 0.034 0.073 0.263 0.383 0.219 0.028 0.001 22 K 0.464 0.435 0.080 0.017 0.004 0.001 0.001 23 Q 0.113 0.295 0.313 0.220 0.051 0.007 0.001 24 L 0.039 0.070 0.179 0.320 0.313 0.078 0.001 25 D 0.336 0.423 0.172 0.056 0.011 0.001 0.001 26 D 0.393 0.401 0.149 0.049 0.008 0.001 0.001 27 L 0.077 0.090 0.224 0.358 0.218 0.033 0.001 28 E 0.534 0.335 0.095 0.028 0.007 0.001 0.001 29 V 0.598 0.307 0.067 0.022 0.005 0.001 0.001 30 Q 0.450 0.263 0.157 0.094 0.031 0.005 0.001 31 R 0.482 0.264 0.155 0.074 0.021 0.004 0.001 32 N 0.530 0.314 0.103 0.037 0.013 0.003 0.001 33 L 0.175 0.212 0.268 0.217 0.098 0.027 0.002 34 P 0.114 0.162 0.198 0.227 0.211 0.079 0.008 35 R 0.085 0.182 0.244 0.236 0.151 0.089 0.013 36 A 0.050 0.088 0.146 0.233 0.278 0.184 0.020 37 D 0.189 0.345 0.230 0.139 0.071 0.023 0.002 38 L 0.023 0.059 0.139 0.276 0.292 0.172 0.040 39 L 0.011 0.021 0.032 0.071 0.239 0.472 0.153 40 R 0.017 0.086 0.232 0.340 0.225 0.092 0.008 41 E 0.110 0.324 0.276 0.192 0.073 0.023 0.002 42 A 0.012 0.030 0.087 0.223 0.349 0.267 0.031 43 V 0.018 0.038 0.071 0.175 0.337 0.314 0.048 44 D 0.154 0.359 0.283 0.134 0.054 0.015 0.001 45 Q 0.119 0.302 0.311 0.211 0.046 0.011 0.001 46 Y 0.030 0.057 0.120 0.244 0.351 0.188 0.010 47 L 0.051 0.076 0.144 0.280 0.310 0.132 0.007 48 I 0.207 0.363 0.257 0.118 0.046 0.009 0.001 49 N 0.314 0.366 0.190 0.097 0.028 0.005 0.001 50 Q 0.309 0.257 0.192 0.163 0.068 0.012 0.001 51 S 0.497 0.280 0.125 0.067 0.026 0.005 0.001 52 Q 0.526 0.272 0.133 0.053 0.014 0.002 0.001 53 T 0.576 0.302 0.088 0.028 0.006 0.001 0.001 54 A 0.236 0.209 0.238 0.206 0.090 0.020 0.001 55 R 0.246 0.227 0.243 0.181 0.081 0.021 0.001 56 T 0.427 0.309 0.157 0.071 0.028 0.008 0.001 57 S 0.276 0.319 0.189 0.135 0.059 0.020 0.002 58 V 0.055 0.100 0.142 0.245 0.280 0.160 0.018 59 P 0.047 0.097 0.152 0.237 0.248 0.195 0.025 60 G 0.076 0.127 0.156 0.171 0.209 0.210 0.051 61 I 0.039 0.061 0.097 0.200 0.291 0.243 0.067 62 W 0.044 0.095 0.152 0.195 0.260 0.219 0.035 63 Q 0.113 0.224 0.279 0.236 0.112 0.034 0.003 64 G 0.371 0.346 0.156 0.082 0.033 0.010 0.001 65 C 0.163 0.160 0.229 0.254 0.149 0.042 0.003 66 E 0.459 0.317 0.131 0.060 0.025 0.008 0.001 67 E 0.322 0.302 0.217 0.120 0.031 0.008 0.001 68 D 0.265 0.330 0.209 0.133 0.049 0.013 0.001 69 G 0.072 0.098 0.146 0.222 0.256 0.189 0.016 70 V 0.066 0.114 0.234 0.293 0.214 0.075 0.004 71 E 0.336 0.465 0.142 0.042 0.012 0.003 0.001 72 Y 0.040 0.082 0.157 0.309 0.280 0.123 0.009 73 Q 0.057 0.110 0.198 0.308 0.239 0.085 0.003 74 R 0.503 0.371 0.091 0.026 0.008 0.002 0.001 75 K 0.462 0.385 0.108 0.037 0.006 0.001 0.001 76 L 0.090 0.086 0.193 0.305 0.256 0.068 0.002 77 R 0.300 0.264 0.241 0.138 0.049 0.007 0.001 78 E 0.811 0.175 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 79 E 0.569 0.238 0.103 0.068 0.018 0.004 0.001 80 W 0.502 0.197 0.147 0.098 0.045 0.011 0.001