# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 12.8793 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.173 0.079 0.094 0.128 0.159 0.136 0.093 0.063 0.037 0.020 0.010 0.005 0.002 0.001 2 N 0.246 0.139 0.136 0.136 0.119 0.089 0.059 0.035 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 3 S 0.308 0.149 0.122 0.121 0.106 0.072 0.047 0.032 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 4 L 0.129 0.070 0.089 0.124 0.158 0.147 0.106 0.077 0.048 0.025 0.015 0.008 0.003 0.001 5 A 0.143 0.111 0.130 0.156 0.150 0.121 0.080 0.051 0.027 0.016 0.008 0.004 0.002 0.001 6 G 0.221 0.161 0.131 0.132 0.119 0.086 0.057 0.039 0.027 0.014 0.008 0.003 0.002 0.001 7 I 0.113 0.078 0.092 0.132 0.162 0.147 0.102 0.076 0.046 0.025 0.014 0.008 0.003 0.001 8 D 0.119 0.135 0.154 0.157 0.134 0.106 0.082 0.049 0.030 0.017 0.009 0.004 0.002 0.001 9 M 0.032 0.024 0.040 0.079 0.127 0.154 0.136 0.154 0.115 0.067 0.040 0.020 0.008 0.004 10 G 0.028 0.029 0.039 0.066 0.111 0.139 0.157 0.137 0.117 0.080 0.053 0.024 0.012 0.007 11 R 0.036 0.030 0.040 0.069 0.102 0.113 0.123 0.141 0.123 0.088 0.064 0.039 0.023 0.011 12 I 0.008 0.006 0.007 0.010 0.018 0.035 0.068 0.093 0.152 0.180 0.187 0.145 0.066 0.025 13 L 0.014 0.012 0.015 0.026 0.046 0.077 0.134 0.174 0.154 0.143 0.105 0.058 0.028 0.015 14 L 0.014 0.016 0.022 0.032 0.054 0.067 0.106 0.133 0.157 0.150 0.119 0.074 0.037 0.018 15 D 0.084 0.064 0.087 0.141 0.173 0.131 0.105 0.091 0.061 0.031 0.017 0.009 0.003 0.002 16 L 0.014 0.022 0.046 0.120 0.167 0.200 0.157 0.118 0.075 0.041 0.022 0.010 0.004 0.002 17 S 0.032 0.044 0.082 0.119 0.148 0.199 0.184 0.111 0.050 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 18 N 0.304 0.321 0.185 0.106 0.046 0.020 0.011 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.710 0.192 0.060 0.022 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.107 0.128 0.196 0.226 0.168 0.096 0.055 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.060 0.061 0.140 0.218 0.238 0.148 0.080 0.034 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.806 0.139 0.034 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.249 0.258 0.215 0.136 0.077 0.035 0.021 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.034 0.032 0.083 0.163 0.257 0.207 0.116 0.071 0.026 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.526 0.237 0.122 0.060 0.033 0.013 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.571 0.255 0.087 0.047 0.022 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.097 0.067 0.117 0.193 0.243 0.149 0.075 0.036 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.405 0.215 0.155 0.107 0.062 0.029 0.018 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.606 0.173 0.085 0.064 0.040 0.017 0.009 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.309 0.136 0.125 0.164 0.126 0.072 0.040 0.014 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.315 0.189 0.177 0.144 0.078 0.052 0.029 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.544 0.216 0.094 0.057 0.042 0.022 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.167 0.115 0.153 0.188 0.170 0.113 0.045 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 34 P 0.215 0.108 0.120 0.137 0.149 0.114 0.086 0.040 0.019 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 35 R 0.127 0.108 0.101 0.148 0.162 0.139 0.100 0.060 0.034 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 36 A 0.115 0.096 0.117 0.178 0.209 0.143 0.069 0.038 0.022 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 37 D 0.418 0.309 0.155 0.062 0.025 0.017 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.066 0.056 0.092 0.183 0.221 0.185 0.094 0.064 0.028 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 39 L 0.020 0.015 0.018 0.048 0.126 0.208 0.239 0.194 0.095 0.031 0.005 0.001 0.001 0.001 40 R 0.078 0.207 0.256 0.252 0.116 0.065 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.430 0.346 0.156 0.040 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.019 0.018 0.048 0.134 0.270 0.244 0.138 0.087 0.033 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 43 V 0.032 0.029 0.039 0.085 0.188 0.208 0.206 0.133 0.061 0.016 0.003 0.001 0.001 0.001 44 D 0.236 0.314 0.209 0.135 0.055 0.029 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.387 0.257 0.187 0.094 0.041 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.036 0.032 0.074 0.167 0.267 0.210 0.120 0.063 0.021 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 47 L 0.056 0.039 0.063 0.119 0.216 0.194 0.137 0.112 0.044 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 48 I 0.293 0.194 0.156 0.163 0.090 0.055 0.031 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.550 0.176 0.121 0.080 0.036 0.018 0.014 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.252 0.120 0.161 0.190 0.138 0.080 0.039 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.504 0.182 0.119 0.085 0.059 0.026 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.609 0.166 0.088 0.065 0.038 0.019 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.608 0.182 0.092 0.058 0.032 0.014 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.200 0.140 0.183 0.181 0.137 0.087 0.045 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 55 R 0.263 0.166 0.156 0.139 0.126 0.076 0.045 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 56 T 0.516 0.219 0.105 0.063 0.042 0.024 0.016 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 57 S 0.261 0.240 0.161 0.127 0.089 0.051 0.036 0.017 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 58 V 0.048 0.038 0.068 0.115 0.187 0.183 0.149 0.108 0.055 0.026 0.012 0.007 0.003 0.001 59 P 0.088 0.083 0.099 0.137 0.167 0.141 0.103 0.081 0.047 0.028 0.015 0.006 0.003 0.001 60 G 0.177 0.105 0.098 0.114 0.117 0.095 0.076 0.076 0.068 0.037 0.021 0.009 0.006 0.002 61 I 0.034 0.029 0.050 0.084 0.125 0.139 0.127 0.136 0.102 0.074 0.051 0.034 0.012 0.004 62 W 0.047 0.053 0.079 0.102 0.143 0.151 0.135 0.103 0.077 0.055 0.030 0.014 0.007 0.003 63 Q 0.255 0.192 0.146 0.130 0.094 0.068 0.049 0.027 0.020 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 64 G 0.260 0.210 0.139 0.121 0.109 0.061 0.048 0.023 0.018 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 65 C 0.110 0.112 0.144 0.180 0.172 0.124 0.073 0.041 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 66 E 0.289 0.224 0.150 0.107 0.092 0.055 0.042 0.018 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.293 0.180 0.129 0.119 0.099 0.069 0.044 0.030 0.024 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 68 D 0.188 0.146 0.138 0.162 0.153 0.092 0.057 0.029 0.020 0.007 0.004 0.002 0.001 0.001 69 G 0.060 0.050 0.080 0.110 0.159 0.172 0.154 0.108 0.055 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 70 V 0.087 0.087 0.100 0.123 0.183 0.133 0.116 0.074 0.049 0.024 0.014 0.006 0.003 0.001 71 E 0.715 0.171 0.054 0.028 0.014 0.006 0.006 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.080 0.049 0.089 0.219 0.227 0.168 0.073 0.052 0.024 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.044 0.040 0.079 0.175 0.201 0.184 0.133 0.090 0.034 0.016 0.003 0.002 0.001 0.001 74 R 0.536 0.188 0.115 0.099 0.029 0.018 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.663 0.164 0.102 0.037 0.015 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.057 0.033 0.087 0.182 0.285 0.186 0.088 0.052 0.018 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 77 R 0.287 0.166 0.186 0.195 0.093 0.047 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.888 0.069 0.022 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.278 0.111 0.138 0.173 0.143 0.086 0.036 0.018 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 80 W 0.250 0.104 0.119 0.148 0.160 0.104 0.063 0.027 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001