# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.023 0.023 0.058 0.063 0.118 0.007 0.061 0.160 0.007 0.001 0.005 0.005 0.011 0.011 0.057 0.034 0.141 0.051 0.084 0.075 0.005 2 N 0.025 0.024 0.076 0.057 0.095 0.013 0.074 0.239 0.009 0.002 0.004 0.006 0.012 0.016 0.058 0.024 0.117 0.034 0.055 0.057 0.004 3 S 0.026 0.027 0.046 0.073 0.099 0.015 0.071 0.239 0.011 0.002 0.004 0.006 0.013 0.023 0.052 0.034 0.138 0.035 0.046 0.039 0.004 4 L 0.033 0.029 0.049 0.064 0.074 0.012 0.094 0.241 0.014 0.004 0.005 0.009 0.018 0.028 0.060 0.025 0.122 0.033 0.044 0.039 0.004 5 A 0.028 0.029 0.049 0.074 0.076 0.016 0.087 0.257 0.008 0.003 0.004 0.006 0.012 0.023 0.044 0.025 0.128 0.036 0.038 0.054 0.003 6 G 0.028 0.031 0.035 0.059 0.116 0.012 0.104 0.236 0.014 0.005 0.004 0.006 0.012 0.019 0.044 0.029 0.109 0.064 0.039 0.032 0.004 7 I 0.036 0.033 0.106 0.084 0.074 0.010 0.044 0.250 0.014 0.004 0.005 0.005 0.009 0.013 0.059 0.017 0.116 0.024 0.053 0.041 0.003 8 D 0.040 0.039 0.051 0.094 0.105 0.015 0.049 0.203 0.022 0.013 0.002 0.006 0.011 0.016 0.038 0.018 0.184 0.028 0.027 0.036 0.002 9 M 0.030 0.047 0.031 0.050 0.120 0.013 0.122 0.183 0.012 0.007 0.004 0.005 0.009 0.019 0.068 0.032 0.163 0.021 0.020 0.040 0.003 10 G 0.064 0.114 0.050 0.087 0.066 0.012 0.114 0.160 0.007 0.004 0.005 0.011 0.028 0.047 0.084 0.020 0.053 0.031 0.015 0.022 0.006 11 R 0.147 0.142 0.062 0.060 0.073 0.006 0.026 0.066 0.006 0.001 0.021 0.025 0.052 0.129 0.067 0.029 0.025 0.009 0.018 0.011 0.024 12 I 0.208 0.151 0.067 0.068 0.055 0.003 0.010 0.030 0.007 0.001 0.020 0.042 0.073 0.120 0.059 0.016 0.015 0.006 0.016 0.006 0.028 13 L 0.153 0.142 0.054 0.059 0.073 0.004 0.016 0.014 0.005 0.003 0.017 0.035 0.069 0.126 0.100 0.035 0.024 0.012 0.019 0.013 0.024 14 L 0.085 0.104 0.056 0.147 0.056 0.006 0.019 0.009 0.004 0.001 0.023 0.026 0.051 0.106 0.148 0.033 0.028 0.016 0.025 0.033 0.025 15 D 0.029 0.053 0.013 0.038 0.163 0.003 0.031 0.007 0.003 0.001 0.010 0.013 0.021 0.049 0.095 0.235 0.040 0.065 0.071 0.051 0.009 16 L 0.013 0.008 0.078 0.092 0.011 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.007 0.004 0.008 0.009 0.145 0.022 0.104 0.046 0.075 0.351 0.002 17 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.013 0.015 0.089 0.774 0.001 18 N 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.929 0.025 0.008 0.007 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.117 0.790 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.004 0.008 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.019 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.027 0.002 0.003 0.002 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.089 0.002 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.939 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.001 0.001 0.002 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.070 0.870 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.005 0.002 0.004 0.001 24 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.029 0.719 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.204 0.011 0.010 0.006 0.001 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.030 0.871 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.004 0.004 0.003 0.001 26 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.026 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.007 0.002 0.002 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.896 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.052 0.008 0.006 0.007 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 0.888 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.070 0.003 0.005 0.003 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.025 0.071 0.795 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.048 0.008 0.006 0.005 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.003 0.006 0.002 0.010 0.216 0.086 0.130 0.234 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.230 0.023 0.019 0.022 0.001 31 R 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.033 0.353 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.225 0.026 0.069 0.227 0.001 32 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.189 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.028 0.646 0.078 0.028 0.001 33 L 0.001 0.001 0.017 0.006 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.044 0.028 0.184 0.694 0.001 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.007 0.009 0.163 0.785 0.001 35 R 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.851 0.049 0.022 0.009 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.027 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.954 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.941 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.918 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.909 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.040 0.009 0.002 0.003 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.040 0.775 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.099 0.022 0.012 0.009 0.001 48 I 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.025 0.106 0.599 0.053 0.005 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.004 0.143 0.017 0.013 0.013 0.001 49 N 0.001 0.001 0.002 0.005 0.005 0.023 0.278 0.262 0.067 0.021 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.008 0.198 0.050 0.032 0.034 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.005 0.006 0.009 0.009 0.165 0.143 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.010 0.235 0.084 0.134 0.167 0.001 51 S 0.001 0.001 0.005 0.004 0.018 0.005 0.080 0.084 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.116 0.229 0.227 0.195 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.022 0.008 0.017 0.004 0.049 0.114 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.013 0.398 0.076 0.135 0.136 0.001 53 T 0.001 0.001 0.016 0.012 0.029 0.025 0.118 0.365 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.144 0.050 0.083 0.110 0.001 54 A 0.001 0.002 0.014 0.014 0.044 0.011 0.111 0.342 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.197 0.062 0.090 0.062 0.001 55 R 0.002 0.002 0.030 0.028 0.021 0.011 0.105 0.255 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.049 0.013 0.302 0.039 0.052 0.061 0.001 56 T 0.001 0.002 0.007 0.017 0.023 0.033 0.382 0.113 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.021 0.249 0.022 0.024 0.072 0.001 57 S 0.002 0.002 0.013 0.012 0.032 0.008 0.451 0.058 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.015 0.015 0.145 0.141 0.048 0.041 0.001 58 V 0.003 0.004 0.050 0.025 0.030 0.002 0.040 0.035 0.006 0.002 0.002 0.003 0.003 0.004 0.031 0.034 0.099 0.084 0.276 0.268 0.001 59 P 0.002 0.005 0.037 0.019 0.070 0.005 0.051 0.056 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.042 0.024 0.438 0.046 0.047 0.144 0.001 60 G 0.006 0.019 0.031 0.038 0.103 0.027 0.206 0.113 0.004 0.002 0.003 0.004 0.007 0.012 0.050 0.076 0.045 0.096 0.068 0.087 0.003 61 I 0.021 0.016 0.160 0.062 0.081 0.004 0.043 0.125 0.004 0.001 0.011 0.006 0.011 0.015 0.082 0.027 0.133 0.040 0.089 0.062 0.007 62 W 0.032 0.029 0.062 0.089 0.124 0.012 0.069 0.089 0.012 0.003 0.006 0.011 0.025 0.038 0.077 0.057 0.117 0.037 0.060 0.046 0.005 63 Q 0.022 0.016 0.057 0.083 0.097 0.013 0.147 0.051 0.012 0.003 0.006 0.008 0.016 0.033 0.086 0.033 0.179 0.023 0.047 0.063 0.003 64 G 0.008 0.010 0.029 0.035 0.110 0.007 0.216 0.046 0.005 0.002 0.002 0.003 0.007 0.010 0.041 0.035 0.091 0.160 0.075 0.106 0.003 65 C 0.006 0.006 0.057 0.033 0.080 0.005 0.072 0.043 0.004 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.044 0.039 0.113 0.121 0.152 0.207 0.003 66 E 0.007 0.005 0.074 0.036 0.107 0.006 0.044 0.053 0.007 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.049 0.028 0.197 0.061 0.126 0.189 0.001 67 E 0.006 0.005 0.037 0.043 0.103 0.010 0.126 0.049 0.009 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.033 0.031 0.222 0.052 0.110 0.150 0.001 68 D 0.005 0.005 0.045 0.061 0.049 0.012 0.153 0.105 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.027 0.017 0.211 0.055 0.080 0.160 0.001 69 G 0.003 0.008 0.015 0.022 0.095 0.008 0.147 0.223 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.020 0.038 0.137 0.146 0.059 0.065 0.001 70 V 0.006 0.008 0.053 0.049 0.031 0.004 0.029 0.481 0.002 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.041 0.016 0.133 0.025 0.061 0.050 0.001 71 E 0.003 0.006 0.008 0.012 0.049 0.004 0.021 0.730 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 0.083 0.010 0.018 0.022 0.001 72 Y 0.002 0.003 0.007 0.013 0.023 0.002 0.021 0.794 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.006 0.084 0.005 0.013 0.009 0.001 73 Q 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.002 0.015 0.868 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.002 0.076 0.004 0.002 0.003 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.018 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.029 0.002 0.001 0.002 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.016 0.918 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.042 0.004 0.001 0.003 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.003 0.064 0.821 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.065 0.011 0.005 0.006 0.001 77 R 0.001 0.001 0.005 0.006 0.005 0.004 0.049 0.769 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.100 0.010 0.014 0.009 0.001 78 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.007 0.018 0.095 0.713 0.022 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.098 0.013 0.008 0.011 0.001 79 E 0.001 0.001 0.004 0.006 0.010 0.010 0.141 0.510 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 0.205 0.030 0.023 0.025 0.001 80 W 0.002 0.002 0.008 0.014 0.030 0.008 0.119 0.335 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.012 0.128 0.094 0.112 0.105 0.001