# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.009 0.022 0.554 0.010 0.014 0.111 0.002 0.002 0.027 0.099 0.032 0.057 0.062 2 N 0.009 0.016 0.507 0.018 0.017 0.144 0.003 0.002 0.028 0.096 0.041 0.047 0.074 3 S 0.016 0.012 0.172 0.013 0.044 0.461 0.005 0.003 0.036 0.069 0.055 0.035 0.080 4 L 0.021 0.007 0.080 0.028 0.058 0.604 0.006 0.005 0.021 0.043 0.046 0.028 0.054 5 A 0.038 0.006 0.066 0.017 0.047 0.573 0.008 0.007 0.024 0.040 0.052 0.059 0.066 6 G 0.067 0.006 0.063 0.015 0.042 0.447 0.014 0.011 0.023 0.024 0.044 0.035 0.210 7 I 0.121 0.005 0.079 0.042 0.054 0.403 0.010 0.008 0.012 0.035 0.051 0.088 0.092 8 D 0.141 0.004 0.066 0.089 0.069 0.226 0.009 0.004 0.012 0.056 0.131 0.085 0.109 9 M 0.201 0.004 0.073 0.064 0.056 0.165 0.014 0.005 0.017 0.053 0.119 0.037 0.193 10 G 0.251 0.003 0.106 0.093 0.018 0.077 0.016 0.005 0.023 0.072 0.051 0.178 0.106 11 R 0.407 0.002 0.059 0.030 0.007 0.038 0.038 0.011 0.031 0.023 0.019 0.105 0.229 12 I 0.432 0.002 0.033 0.028 0.003 0.033 0.056 0.030 0.041 0.015 0.010 0.235 0.084 13 L 0.520 0.002 0.028 0.023 0.004 0.025 0.080 0.026 0.042 0.011 0.012 0.066 0.158 14 L 0.334 0.008 0.086 0.008 0.004 0.017 0.054 0.013 0.085 0.021 0.011 0.229 0.130 15 D 0.128 0.025 0.277 0.009 0.004 0.014 0.025 0.006 0.069 0.047 0.020 0.098 0.278 16 L 0.012 0.019 0.586 0.004 0.004 0.022 0.002 0.001 0.021 0.144 0.021 0.076 0.088 17 S 0.001 0.005 0.527 0.004 0.014 0.144 0.001 0.001 0.003 0.154 0.130 0.004 0.015 18 N 0.001 0.001 0.017 0.001 0.052 0.841 0.001 0.001 0.001 0.018 0.069 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.010 0.001 0.070 0.895 0.001 0.001 0.001 0.005 0.018 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.009 0.001 0.065 0.916 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.925 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.012 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.982 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.007 0.961 0.001 0.001 0.001 0.004 0.013 0.001 0.001 26 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.003 0.001 0.011 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.022 0.910 0.001 0.001 0.001 0.003 0.058 0.001 0.001 31 R 0.001 0.001 0.020 0.001 0.047 0.428 0.001 0.001 0.001 0.018 0.486 0.001 0.001 32 N 0.001 0.005 0.059 0.001 0.036 0.117 0.001 0.001 0.001 0.069 0.710 0.001 0.002 33 L 0.001 0.013 0.693 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.003 0.237 0.010 0.003 0.001 34 P 0.001 0.004 0.915 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.040 0.008 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.035 0.952 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.970 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.973 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.013 0.001 0.009 0.911 0.001 0.001 0.001 0.006 0.055 0.002 0.001 49 N 0.001 0.002 0.038 0.001 0.017 0.755 0.001 0.001 0.001 0.026 0.153 0.002 0.004 50 Q 0.001 0.004 0.218 0.001 0.018 0.400 0.001 0.001 0.003 0.137 0.204 0.007 0.007 51 S 0.001 0.006 0.459 0.001 0.021 0.201 0.001 0.001 0.003 0.131 0.164 0.004 0.009 52 Q 0.001 0.010 0.378 0.002 0.040 0.343 0.001 0.001 0.006 0.124 0.080 0.010 0.006 53 T 0.001 0.012 0.302 0.002 0.086 0.397 0.001 0.001 0.007 0.072 0.095 0.006 0.019 54 A 0.001 0.013 0.199 0.002 0.151 0.463 0.001 0.001 0.007 0.045 0.092 0.007 0.017 55 R 0.002 0.009 0.135 0.007 0.173 0.453 0.001 0.001 0.005 0.052 0.137 0.009 0.016 56 T 0.002 0.011 0.132 0.004 0.130 0.336 0.001 0.001 0.003 0.060 0.293 0.012 0.015 57 S 0.005 0.019 0.174 0.007 0.157 0.271 0.001 0.001 0.007 0.086 0.226 0.010 0.037 58 V 0.006 0.013 0.508 0.005 0.028 0.139 0.001 0.001 0.012 0.175 0.052 0.031 0.029 59 P 0.007 0.013 0.322 0.015 0.067 0.162 0.002 0.001 0.013 0.097 0.233 0.021 0.047 60 G 0.017 0.018 0.238 0.011 0.068 0.161 0.004 0.004 0.017 0.109 0.261 0.047 0.044 61 I 0.032 0.022 0.222 0.011 0.125 0.283 0.008 0.007 0.030 0.069 0.079 0.041 0.073 62 W 0.045 0.026 0.149 0.013 0.131 0.270 0.011 0.008 0.035 0.056 0.111 0.044 0.102 63 Q 0.015 0.016 0.182 0.023 0.086 0.136 0.004 0.003 0.015 0.113 0.306 0.060 0.042 64 G 0.004 0.014 0.199 0.006 0.025 0.035 0.001 0.001 0.006 0.238 0.408 0.019 0.042 65 C 0.003 0.017 0.567 0.004 0.017 0.031 0.001 0.001 0.005 0.218 0.082 0.024 0.029 66 E 0.003 0.020 0.436 0.005 0.035 0.111 0.001 0.001 0.006 0.163 0.161 0.028 0.030 67 E 0.003 0.020 0.309 0.007 0.044 0.217 0.001 0.001 0.005 0.168 0.176 0.014 0.037 68 D 0.005 0.015 0.328 0.015 0.032 0.263 0.001 0.001 0.005 0.176 0.091 0.040 0.030 69 G 0.012 0.012 0.166 0.004 0.020 0.587 0.002 0.001 0.007 0.055 0.035 0.022 0.078 70 V 0.007 0.005 0.049 0.004 0.012 0.860 0.001 0.001 0.002 0.012 0.014 0.015 0.017 71 E 0.005 0.002 0.025 0.002 0.011 0.911 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 0.008 0.015 72 Y 0.003 0.001 0.014 0.001 0.013 0.946 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.003 0.008 73 Q 0.002 0.001 0.004 0.001 0.014 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 74 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.001 0.002 76 L 0.001 0.001 0.012 0.001 0.006 0.956 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.001 0.002 77 R 0.001 0.001 0.012 0.001 0.015 0.942 0.001 0.001 0.001 0.003 0.024 0.001 0.001 78 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.027 0.879 0.001 0.001 0.001 0.007 0.071 0.001 0.002 79 E 0.001 0.001 0.023 0.001 0.028 0.756 0.001 0.001 0.001 0.017 0.170 0.001 0.002 80 W 0.001 0.005 0.258 0.001 0.024 0.435 0.001 0.001 0.002 0.097 0.163 0.006 0.008