# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.070 0.052 0.157 0.240 0.008 0.090 0.014 0.011 0.009 0.005 0.060 0.053 0.204 0.003 0.007 0.017 2 N 0.018 0.098 0.128 0.223 0.006 0.120 0.007 0.008 0.006 0.005 0.042 0.108 0.214 0.001 0.005 0.013 3 S 0.016 0.029 0.055 0.202 0.011 0.128 0.003 0.007 0.005 0.003 0.160 0.056 0.307 0.003 0.002 0.012 4 L 0.016 0.052 0.082 0.146 0.070 0.063 0.036 0.006 0.003 0.002 0.068 0.126 0.298 0.025 0.003 0.006 5 A 0.005 0.050 0.055 0.158 0.004 0.042 0.003 0.071 0.003 0.002 0.035 0.081 0.431 0.001 0.049 0.009 6 G 0.006 0.014 0.034 0.101 0.014 0.068 0.008 0.004 0.021 0.013 0.097 0.025 0.534 0.005 0.002 0.054 7 I 0.045 0.031 0.030 0.083 0.003 0.056 0.005 0.007 0.001 0.001 0.047 0.102 0.582 0.001 0.005 0.003 8 D 0.005 0.159 0.076 0.270 0.009 0.044 0.017 0.003 0.008 0.002 0.022 0.078 0.259 0.010 0.003 0.033 9 M 0.018 0.031 0.073 0.494 0.001 0.045 0.002 0.008 0.002 0.001 0.011 0.012 0.275 0.001 0.018 0.007 10 G 0.004 0.156 0.250 0.391 0.001 0.030 0.002 0.001 0.004 0.001 0.007 0.010 0.123 0.001 0.001 0.021 11 R 0.013 0.007 0.032 0.926 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 12 I 0.003 0.009 0.232 0.708 0.002 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.021 0.001 0.001 0.002 13 L 0.001 0.009 0.017 0.939 0.011 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 14 L 0.001 0.026 0.013 0.930 0.005 0.013 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 15 D 0.003 0.026 0.012 0.238 0.015 0.668 0.001 0.002 0.004 0.013 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.007 16 L 0.018 0.274 0.030 0.259 0.016 0.042 0.002 0.016 0.001 0.003 0.319 0.009 0.007 0.001 0.001 0.002 17 S 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.911 0.001 0.003 0.001 0.001 0.005 0.070 0.004 0.001 0.001 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.003 0.012 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.980 0.015 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.986 0.001 0.001 0.002 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.990 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.989 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.975 0.015 0.001 0.004 24 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.984 0.002 0.007 0.001 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.985 0.001 0.002 0.003 26 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.976 0.010 0.001 0.006 27 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.979 0.002 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.970 0.002 0.004 0.007 29 V 0.002 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.915 0.032 0.006 0.024 30 Q 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.001 0.160 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.103 0.706 0.006 0.007 31 R 0.001 0.008 0.018 0.002 0.001 0.002 0.017 0.034 0.001 0.001 0.005 0.004 0.093 0.002 0.801 0.013 32 N 0.003 0.013 0.008 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.028 0.003 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.920 33 L 0.748 0.012 0.189 0.019 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.001 0.003 0.005 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.003 0.001 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.001 0.002 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.002 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.992 0.001 0.003 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.972 0.006 0.002 0.016 47 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.976 0.007 0.002 0.002 48 I 0.001 0.004 0.010 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.882 0.033 0.020 0.030 49 N 0.004 0.004 0.032 0.007 0.001 0.003 0.045 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.613 0.064 0.063 0.154 50 Q 0.017 0.016 0.238 0.011 0.001 0.012 0.048 0.005 0.001 0.001 0.014 0.006 0.450 0.018 0.065 0.096 51 S 0.040 0.069 0.108 0.031 0.001 0.100 0.012 0.008 0.004 0.005 0.044 0.040 0.438 0.006 0.023 0.072 52 Q 0.062 0.060 0.079 0.043 0.002 0.066 0.012 0.003 0.004 0.003 0.221 0.074 0.331 0.008 0.005 0.027 53 T 0.023 0.094 0.103 0.066 0.003 0.074 0.011 0.006 0.002 0.001 0.071 0.223 0.296 0.006 0.011 0.011 54 A 0.005 0.058 0.095 0.089 0.003 0.073 0.014 0.006 0.003 0.001 0.060 0.072 0.478 0.006 0.011 0.024 55 R 0.010 0.046 0.100 0.085 0.011 0.062 0.060 0.005 0.005 0.002 0.056 0.070 0.439 0.021 0.010 0.019 56 T 0.016 0.079 0.147 0.147 0.004 0.035 0.029 0.024 0.005 0.002 0.036 0.043 0.339 0.008 0.048 0.036 57 S 0.023 0.085 0.234 0.235 0.004 0.022 0.012 0.003 0.027 0.005 0.007 0.017 0.118 0.006 0.011 0.189 58 V 0.087 0.015 0.269 0.156 0.075 0.069 0.157 0.003 0.002 0.003 0.017 0.007 0.075 0.044 0.003 0.018 59 P 0.013 0.136 0.282 0.258 0.005 0.035 0.006 0.149 0.003 0.002 0.015 0.011 0.036 0.002 0.041 0.006 60 G 0.011 0.027 0.029 0.481 0.015 0.076 0.007 0.007 0.114 0.059 0.045 0.016 0.044 0.005 0.002 0.062 61 I 0.166 0.077 0.138 0.403 0.021 0.039 0.009 0.008 0.005 0.002 0.030 0.037 0.050 0.002 0.005 0.009 62 W 0.006 0.018 0.094 0.152 0.429 0.100 0.087 0.006 0.003 0.006 0.015 0.020 0.023 0.033 0.001 0.006 63 Q 0.007 0.092 0.046 0.169 0.061 0.057 0.014 0.411 0.005 0.004 0.034 0.012 0.020 0.008 0.055 0.005 64 G 0.006 0.077 0.027 0.140 0.013 0.090 0.011 0.046 0.236 0.182 0.044 0.031 0.030 0.004 0.013 0.049 65 C 0.249 0.086 0.070 0.111 0.010 0.072 0.015 0.021 0.032 0.022 0.115 0.103 0.057 0.002 0.015 0.022 66 E 0.074 0.123 0.191 0.074 0.018 0.097 0.015 0.012 0.014 0.008 0.111 0.139 0.071 0.009 0.007 0.036 67 E 0.055 0.059 0.208 0.123 0.057 0.087 0.054 0.024 0.011 0.008 0.065 0.108 0.074 0.038 0.015 0.014 68 D 0.013 0.174 0.112 0.102 0.003 0.146 0.009 0.061 0.010 0.012 0.032 0.113 0.136 0.001 0.061 0.015 69 G 0.023 0.027 0.041 0.087 0.002 0.071 0.002 0.008 0.029 0.021 0.294 0.062 0.252 0.002 0.003 0.077 70 V 0.072 0.006 0.052 0.032 0.002 0.046 0.003 0.002 0.001 0.002 0.157 0.270 0.350 0.001 0.001 0.003 71 E 0.003 0.018 0.032 0.042 0.001 0.030 0.001 0.005 0.001 0.001 0.058 0.214 0.588 0.001 0.002 0.002 72 Y 0.001 0.003 0.002 0.013 0.001 0.065 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.054 0.834 0.001 0.001 0.001 73 Q 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.024 0.926 0.001 0.001 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.044 0.942 0.001 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.973 0.004 0.001 0.004 76 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.979 0.003 0.003 0.002 77 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.981 0.002 0.003 0.003 78 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.949 0.012 0.003 0.010 79 E 0.004 0.003 0.009 0.002 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.591 0.282 0.023 0.041 80 W 0.002 0.005 0.103 0.003 0.001 0.003 0.073 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.548 0.019 0.193 0.039