# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.058 0.214 0.005 0.032 0.032 0.048 0.098 0.009 0.002 0.060 0.443 2 N 0.054 0.235 0.011 0.035 0.040 0.059 0.089 0.009 0.004 0.086 0.379 3 S 0.093 0.265 0.003 0.036 0.040 0.079 0.079 0.008 0.001 0.064 0.331 4 L 0.058 0.189 0.006 0.034 0.065 0.076 0.087 0.006 0.001 0.071 0.408 5 A 0.027 0.217 0.005 0.069 0.073 0.131 0.075 0.005 0.001 0.044 0.354 6 G 0.064 0.229 0.006 0.038 0.067 0.129 0.063 0.009 0.002 0.095 0.298 7 I 0.072 0.111 0.009 0.042 0.169 0.132 0.078 0.006 0.002 0.088 0.290 8 D 0.038 0.063 0.007 0.069 0.123 0.229 0.072 0.005 0.001 0.095 0.298 9 M 0.023 0.023 0.005 0.071 0.074 0.187 0.115 0.004 0.001 0.099 0.397 10 G 0.006 0.015 0.002 0.109 0.167 0.427 0.043 0.003 0.001 0.051 0.177 11 R 0.009 0.010 0.002 0.078 0.174 0.305 0.041 0.002 0.001 0.091 0.288 12 I 0.004 0.004 0.001 0.111 0.313 0.402 0.021 0.001 0.001 0.039 0.104 13 L 0.012 0.005 0.001 0.126 0.201 0.275 0.037 0.001 0.001 0.080 0.262 14 L 0.003 0.002 0.001 0.183 0.273 0.261 0.036 0.001 0.001 0.028 0.211 15 D 0.011 0.037 0.002 0.123 0.103 0.228 0.089 0.002 0.001 0.031 0.373 16 L 0.054 0.173 0.002 0.021 0.032 0.019 0.081 0.007 0.001 0.090 0.520 17 S 0.047 0.876 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.012 0.001 0.015 0.041 18 N 0.018 0.897 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.002 0.001 0.026 0.041 19 E 0.007 0.844 0.004 0.001 0.004 0.002 0.006 0.001 0.001 0.065 0.064 20 V 0.044 0.874 0.003 0.003 0.002 0.004 0.007 0.007 0.001 0.017 0.039 21 I 0.048 0.796 0.005 0.005 0.003 0.004 0.018 0.005 0.001 0.059 0.057 22 K 0.019 0.784 0.004 0.003 0.004 0.003 0.011 0.002 0.001 0.013 0.157 23 Q 0.014 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.050 24 L 0.032 0.867 0.008 0.002 0.001 0.002 0.015 0.011 0.001 0.023 0.040 25 D 0.015 0.930 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.007 0.035 26 D 0.033 0.920 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.008 0.025 27 L 0.062 0.770 0.009 0.003 0.002 0.003 0.016 0.011 0.003 0.074 0.047 28 E 0.066 0.193 0.215 0.011 0.007 0.012 0.041 0.016 0.080 0.159 0.201 29 V 0.436 0.059 0.004 0.010 0.004 0.007 0.054 0.010 0.002 0.027 0.387 30 Q 0.203 0.020 0.003 0.009 0.004 0.007 0.062 0.005 0.001 0.036 0.650 31 R 0.006 0.009 0.001 0.012 0.002 0.004 0.076 0.001 0.001 0.006 0.885 32 N 0.014 0.057 0.001 0.006 0.002 0.006 0.067 0.002 0.001 0.011 0.834 33 L 0.026 0.114 0.002 0.010 0.035 0.007 0.130 0.003 0.001 0.011 0.662 34 P 0.024 0.851 0.001 0.004 0.002 0.001 0.012 0.005 0.001 0.012 0.087 35 R 0.030 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.005 36 A 0.014 0.932 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.026 0.020 37 D 0.006 0.920 0.003 0.003 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.017 0.042 38 L 0.008 0.914 0.004 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.001 0.040 0.024 39 L 0.004 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.003 40 R 0.006 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.052 0.017 41 E 0.003 0.934 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.035 0.019 42 A 0.009 0.913 0.010 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.039 0.014 43 V 0.011 0.914 0.006 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.001 0.034 0.014 44 D 0.013 0.908 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.004 0.001 0.020 0.041 45 Q 0.023 0.568 0.010 0.006 0.002 0.006 0.026 0.004 0.002 0.256 0.096 46 Y 0.049 0.325 0.047 0.012 0.006 0.011 0.064 0.025 0.009 0.361 0.091 47 L 0.178 0.157 0.041 0.014 0.009 0.011 0.092 0.031 0.015 0.163 0.289 48 I 0.066 0.075 0.007 0.014 0.007 0.011 0.078 0.005 0.003 0.053 0.681 49 N 0.046 0.036 0.003 0.013 0.004 0.008 0.110 0.003 0.001 0.054 0.721 50 Q 0.040 0.059 0.005 0.011 0.007 0.011 0.132 0.008 0.001 0.066 0.660 51 S 0.080 0.157 0.003 0.008 0.009 0.012 0.087 0.022 0.001 0.038 0.584 52 Q 0.075 0.050 0.003 0.017 0.019 0.027 0.102 0.005 0.001 0.184 0.515 53 T 0.030 0.028 0.011 0.026 0.026 0.033 0.116 0.005 0.005 0.192 0.527 54 A 0.156 0.022 0.004 0.030 0.020 0.030 0.099 0.012 0.002 0.059 0.567 55 R 0.281 0.012 0.003 0.022 0.016 0.021 0.085 0.005 0.001 0.074 0.481 56 T 0.010 0.008 0.001 0.024 0.013 0.033 0.131 0.001 0.001 0.030 0.749 57 S 0.027 0.026 0.001 0.020 0.014 0.031 0.120 0.003 0.001 0.041 0.716 58 V 0.097 0.051 0.003 0.022 0.081 0.055 0.149 0.011 0.001 0.087 0.446 59 P 0.034 0.045 0.002 0.045 0.037 0.058 0.157 0.004 0.001 0.054 0.563 60 G 0.027 0.044 0.005 0.079 0.064 0.218 0.104 0.005 0.003 0.075 0.377 61 I 0.089 0.038 0.003 0.073 0.081 0.121 0.109 0.007 0.002 0.064 0.412 62 W 0.218 0.031 0.004 0.058 0.052 0.077 0.087 0.010 0.002 0.074 0.387 63 Q 0.052 0.018 0.002 0.043 0.030 0.052 0.102 0.003 0.001 0.032 0.665 64 G 0.055 0.027 0.003 0.025 0.020 0.053 0.111 0.003 0.001 0.043 0.658 65 C 0.064 0.032 0.003 0.022 0.038 0.038 0.117 0.004 0.001 0.049 0.632 66 E 0.180 0.064 0.002 0.022 0.022 0.032 0.091 0.006 0.001 0.043 0.539 67 E 0.053 0.053 0.001 0.013 0.017 0.023 0.110 0.002 0.001 0.025 0.702 68 D 0.014 0.171 0.002 0.029 0.030 0.051 0.104 0.002 0.001 0.025 0.573 69 G 0.028 0.534 0.001 0.017 0.024 0.048 0.043 0.004 0.001 0.039 0.261 70 V 0.022 0.743 0.001 0.014 0.027 0.023 0.026 0.003 0.001 0.019 0.123 71 E 0.016 0.765 0.002 0.017 0.024 0.024 0.019 0.002 0.001 0.019 0.112 72 Y 0.015 0.862 0.002 0.006 0.009 0.011 0.009 0.003 0.001 0.015 0.068 73 Q 0.035 0.911 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.006 0.001 0.008 0.024 74 R 0.045 0.818 0.004 0.005 0.007 0.008 0.012 0.003 0.001 0.024 0.073 75 K 0.035 0.766 0.009 0.005 0.009 0.008 0.015 0.004 0.001 0.017 0.132 76 L 0.100 0.665 0.012 0.005 0.007 0.009 0.022 0.019 0.002 0.025 0.134 77 R 0.202 0.470 0.013 0.005 0.009 0.010 0.036 0.018 0.003 0.065 0.171 78 E 0.090 0.245 0.008 0.009 0.014 0.017 0.063 0.006 0.001 0.069 0.480 79 E 0.053 0.178 0.009 0.017 0.015 0.028 0.090 0.008 0.001 0.063 0.536 80 W 0.085 0.116 0.011 0.021 0.028 0.042 0.109 0.016 0.003 0.097 0.473