# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.053 0.262 0.019 0.035 0.055 0.092 0.061 0.424 2 N 0.049 0.435 0.019 0.035 0.057 0.051 0.113 0.241 3 S 0.050 0.588 0.008 0.015 0.027 0.046 0.084 0.184 4 L 0.023 0.529 0.024 0.037 0.035 0.046 0.127 0.178 5 A 0.013 0.591 0.020 0.047 0.070 0.036 0.105 0.118 6 G 0.033 0.429 0.034 0.026 0.065 0.032 0.293 0.088 7 I 0.085 0.251 0.041 0.101 0.083 0.050 0.268 0.121 8 D 0.066 0.151 0.039 0.059 0.123 0.060 0.252 0.250 9 M 0.013 0.061 0.060 0.041 0.142 0.120 0.137 0.426 10 G 0.022 0.020 0.075 0.156 0.404 0.081 0.084 0.156 11 R 0.013 0.005 0.042 0.229 0.255 0.055 0.078 0.322 12 I 0.003 0.003 0.174 0.246 0.366 0.054 0.026 0.128 13 L 0.004 0.004 0.131 0.162 0.369 0.038 0.060 0.233 14 L 0.004 0.006 0.193 0.338 0.192 0.043 0.038 0.186 15 D 0.040 0.052 0.169 0.116 0.141 0.089 0.077 0.316 16 L 0.135 0.417 0.027 0.057 0.047 0.054 0.052 0.211 17 S 0.026 0.873 0.003 0.001 0.003 0.009 0.008 0.076 18 N 0.023 0.919 0.004 0.001 0.001 0.005 0.013 0.033 19 E 0.012 0.910 0.010 0.006 0.003 0.007 0.029 0.023 20 V 0.067 0.874 0.005 0.001 0.001 0.004 0.030 0.018 21 I 0.301 0.437 0.019 0.002 0.002 0.010 0.190 0.039 22 K 0.031 0.603 0.009 0.003 0.002 0.018 0.078 0.255 23 Q 0.021 0.650 0.003 0.001 0.001 0.012 0.028 0.286 24 L 0.029 0.847 0.006 0.002 0.001 0.013 0.038 0.064 25 D 0.040 0.870 0.002 0.001 0.001 0.008 0.019 0.058 26 D 0.044 0.875 0.005 0.001 0.001 0.006 0.015 0.054 27 L 0.089 0.793 0.012 0.001 0.001 0.013 0.032 0.058 28 E 0.096 0.073 0.183 0.009 0.005 0.031 0.422 0.181 29 V 0.452 0.045 0.020 0.002 0.002 0.044 0.035 0.399 30 Q 0.548 0.005 0.019 0.001 0.001 0.040 0.034 0.353 31 R 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.095 0.007 0.883 32 N 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.042 0.004 0.936 33 L 0.023 0.181 0.003 0.003 0.001 0.095 0.052 0.642 34 P 0.022 0.916 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.012 35 R 0.014 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 36 A 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.003 37 D 0.002 0.974 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.004 38 L 0.002 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 39 L 0.004 0.962 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.001 40 R 0.003 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.005 41 E 0.003 0.936 0.003 0.001 0.001 0.002 0.044 0.012 42 A 0.011 0.927 0.008 0.001 0.001 0.003 0.042 0.007 43 V 0.023 0.924 0.006 0.001 0.001 0.004 0.028 0.015 44 D 0.026 0.851 0.006 0.001 0.001 0.007 0.029 0.080 45 Q 0.017 0.515 0.066 0.002 0.001 0.031 0.227 0.140 46 Y 0.093 0.474 0.068 0.005 0.004 0.056 0.161 0.139 47 L 0.297 0.112 0.089 0.006 0.005 0.064 0.161 0.267 48 I 0.065 0.065 0.030 0.004 0.005 0.086 0.066 0.681 49 N 0.040 0.046 0.014 0.003 0.005 0.083 0.057 0.753 50 Q 0.036 0.112 0.011 0.006 0.006 0.129 0.043 0.658 51 S 0.106 0.224 0.013 0.005 0.010 0.098 0.058 0.486 52 Q 0.110 0.084 0.016 0.010 0.011 0.098 0.232 0.439 53 T 0.039 0.084 0.033 0.013 0.013 0.087 0.433 0.298 54 A 0.167 0.183 0.024 0.015 0.020 0.067 0.114 0.410 55 R 0.177 0.079 0.029 0.017 0.028 0.107 0.059 0.504 56 T 0.015 0.036 0.033 0.018 0.031 0.118 0.033 0.716 57 S 0.059 0.094 0.018 0.011 0.024 0.120 0.022 0.651 58 V 0.145 0.160 0.037 0.032 0.027 0.135 0.069 0.395 59 P 0.056 0.158 0.055 0.026 0.055 0.120 0.062 0.466 60 G 0.060 0.099 0.131 0.058 0.128 0.053 0.197 0.275 61 I 0.066 0.058 0.114 0.131 0.134 0.089 0.102 0.306 62 W 0.109 0.024 0.108 0.099 0.108 0.067 0.075 0.409 63 Q 0.034 0.011 0.023 0.046 0.070 0.095 0.029 0.691 64 G 0.031 0.007 0.028 0.019 0.045 0.106 0.044 0.720 65 C 0.066 0.013 0.017 0.041 0.043 0.141 0.047 0.632 66 E 0.141 0.020 0.014 0.024 0.034 0.096 0.042 0.628 67 E 0.048 0.029 0.012 0.027 0.037 0.092 0.032 0.722 68 D 0.014 0.069 0.047 0.059 0.132 0.116 0.029 0.533 69 G 0.025 0.249 0.032 0.043 0.098 0.070 0.037 0.446 70 V 0.025 0.524 0.038 0.109 0.070 0.040 0.044 0.152 71 E 0.017 0.734 0.023 0.030 0.035 0.018 0.048 0.095 72 Y 0.013 0.908 0.006 0.008 0.009 0.005 0.034 0.017 73 Q 0.018 0.922 0.006 0.005 0.006 0.004 0.023 0.016 74 R 0.043 0.793 0.012 0.020 0.016 0.011 0.049 0.056 75 K 0.045 0.597 0.012 0.023 0.023 0.029 0.095 0.175 76 L 0.108 0.274 0.017 0.017 0.021 0.043 0.279 0.241 77 R 0.204 0.170 0.007 0.022 0.021 0.050 0.202 0.323 78 E 0.073 0.052 0.004 0.011 0.015 0.055 0.077 0.712 79 E 0.029 0.030 0.008 0.017 0.027 0.125 0.052 0.713 80 W 0.044 0.024 0.012 0.024 0.037 0.118 0.061 0.681