# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.225 0.097 0.051 0.109 0.098 0.096 0.117 0.078 0.063 0.041 0.025 2 N 0.162 0.134 0.067 0.150 0.136 0.094 0.096 0.060 0.050 0.033 0.018 3 S 0.110 0.083 0.062 0.133 0.110 0.110 0.145 0.091 0.078 0.048 0.030 4 L 0.081 0.069 0.061 0.129 0.118 0.111 0.140 0.094 0.091 0.064 0.042 5 A 0.043 0.052 0.048 0.111 0.103 0.125 0.169 0.114 0.115 0.072 0.049 6 G 0.080 0.074 0.070 0.155 0.137 0.114 0.135 0.077 0.074 0.051 0.033 7 I 0.028 0.024 0.032 0.059 0.069 0.103 0.160 0.140 0.157 0.135 0.093 8 D 0.042 0.073 0.078 0.194 0.165 0.133 0.129 0.071 0.057 0.037 0.020 9 M 0.010 0.010 0.020 0.027 0.032 0.045 0.104 0.155 0.210 0.215 0.171 10 G 0.018 0.027 0.047 0.087 0.098 0.132 0.189 0.122 0.123 0.099 0.058 11 R 0.017 0.037 0.079 0.135 0.124 0.123 0.141 0.103 0.106 0.085 0.048 12 I 0.004 0.006 0.016 0.021 0.025 0.054 0.136 0.184 0.211 0.197 0.147 13 L 0.012 0.030 0.052 0.109 0.107 0.100 0.157 0.110 0.146 0.111 0.066 14 L 0.005 0.008 0.021 0.023 0.028 0.056 0.117 0.128 0.210 0.236 0.169 15 D 0.035 0.063 0.129 0.267 0.285 0.077 0.076 0.033 0.018 0.013 0.005 16 L 0.002 0.010 0.011 0.013 0.013 0.029 0.097 0.169 0.222 0.257 0.177 17 S 0.027 0.322 0.077 0.174 0.149 0.084 0.092 0.035 0.019 0.015 0.005 18 N 0.737 0.100 0.063 0.053 0.019 0.011 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 19 E 0.691 0.082 0.088 0.091 0.025 0.014 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 20 V 0.012 0.050 0.040 0.094 0.076 0.114 0.246 0.123 0.122 0.085 0.037 21 I 0.001 0.005 0.023 0.044 0.077 0.179 0.294 0.162 0.116 0.062 0.036 22 K 0.036 0.019 0.820 0.084 0.027 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.003 0.040 0.382 0.180 0.173 0.108 0.088 0.016 0.007 0.003 0.001 24 L 0.001 0.002 0.006 0.005 0.008 0.037 0.173 0.213 0.235 0.179 0.141 25 D 0.102 0.038 0.522 0.160 0.082 0.046 0.031 0.011 0.004 0.004 0.001 26 D 0.022 0.041 0.713 0.144 0.054 0.016 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.007 0.010 0.030 0.027 0.032 0.103 0.281 0.133 0.181 0.118 0.079 28 E 0.064 0.051 0.182 0.131 0.149 0.119 0.168 0.070 0.038 0.022 0.007 29 V 0.028 0.049 0.692 0.112 0.064 0.027 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 30 Q 0.023 0.057 0.222 0.116 0.114 0.148 0.192 0.063 0.037 0.021 0.007 31 R 0.161 0.094 0.153 0.105 0.103 0.107 0.159 0.072 0.027 0.014 0.004 32 N 0.517 0.131 0.237 0.062 0.020 0.014 0.010 0.004 0.002 0.002 0.001 33 L 0.070 0.047 0.119 0.114 0.119 0.216 0.187 0.074 0.031 0.015 0.007 34 P 0.470 0.143 0.184 0.081 0.035 0.024 0.029 0.016 0.010 0.007 0.002 35 R 0.041 0.091 0.153 0.129 0.141 0.162 0.167 0.055 0.037 0.017 0.007 36 A 0.023 0.025 0.128 0.088 0.116 0.188 0.206 0.093 0.070 0.042 0.020 37 D 0.148 0.059 0.454 0.204 0.077 0.031 0.019 0.004 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.007 0.064 0.065 0.089 0.170 0.289 0.164 0.090 0.041 0.019 39 L 0.001 0.002 0.015 0.006 0.009 0.014 0.082 0.101 0.236 0.288 0.247 40 R 0.001 0.004 0.135 0.132 0.277 0.199 0.180 0.037 0.020 0.012 0.003 41 E 0.006 0.014 0.671 0.155 0.102 0.027 0.017 0.004 0.002 0.001 0.001 42 A 0.001 0.003 0.013 0.009 0.012 0.058 0.269 0.211 0.192 0.158 0.073 43 V 0.002 0.003 0.012 0.008 0.008 0.022 0.120 0.162 0.255 0.226 0.184 44 D 0.013 0.019 0.391 0.200 0.178 0.090 0.060 0.025 0.012 0.009 0.002 45 Q 0.018 0.031 0.340 0.207 0.190 0.117 0.073 0.015 0.006 0.002 0.001 46 Y 0.005 0.007 0.024 0.019 0.020 0.047 0.188 0.161 0.220 0.197 0.111 47 L 0.004 0.006 0.020 0.016 0.020 0.047 0.174 0.170 0.230 0.171 0.141 48 I 0.009 0.026 0.499 0.169 0.157 0.055 0.044 0.021 0.011 0.008 0.003 49 N 0.029 0.058 0.275 0.162 0.162 0.117 0.127 0.037 0.019 0.011 0.004 50 Q 0.034 0.042 0.050 0.058 0.068 0.128 0.271 0.158 0.098 0.065 0.028 51 S 0.335 0.190 0.124 0.114 0.062 0.051 0.061 0.031 0.017 0.011 0.004 52 Q 0.260 0.091 0.173 0.148 0.098 0.084 0.073 0.037 0.019 0.011 0.005 53 T 0.364 0.190 0.159 0.136 0.065 0.037 0.026 0.012 0.007 0.004 0.002 54 A 0.055 0.052 0.053 0.093 0.087 0.149 0.216 0.105 0.092 0.057 0.042 55 R 0.042 0.063 0.109 0.142 0.170 0.143 0.145 0.077 0.053 0.032 0.025 56 T 0.174 0.142 0.274 0.184 0.106 0.053 0.039 0.014 0.008 0.005 0.002 57 S 0.157 0.126 0.139 0.198 0.136 0.099 0.077 0.032 0.020 0.011 0.005 58 V 0.010 0.008 0.010 0.016 0.019 0.046 0.122 0.158 0.210 0.213 0.187 59 P 0.106 0.138 0.078 0.223 0.161 0.122 0.095 0.034 0.023 0.013 0.006 60 G 0.094 0.090 0.123 0.099 0.086 0.072 0.114 0.086 0.098 0.088 0.052 61 I 0.027 0.036 0.030 0.083 0.098 0.100 0.190 0.143 0.130 0.093 0.069 62 W 0.006 0.011 0.012 0.029 0.027 0.061 0.135 0.140 0.210 0.179 0.191 63 Q 0.079 0.118 0.130 0.235 0.193 0.100 0.069 0.034 0.020 0.014 0.008 64 G 0.231 0.187 0.110 0.188 0.121 0.063 0.052 0.022 0.013 0.008 0.005 65 C 0.026 0.025 0.016 0.050 0.059 0.095 0.152 0.158 0.165 0.133 0.120 66 E 0.280 0.291 0.084 0.167 0.096 0.033 0.025 0.012 0.006 0.004 0.001 67 E 0.340 0.127 0.131 0.148 0.101 0.051 0.045 0.026 0.016 0.011 0.004 68 D 0.048 0.085 0.061 0.127 0.157 0.161 0.161 0.093 0.058 0.033 0.015 69 G 0.041 0.058 0.041 0.056 0.050 0.072 0.195 0.134 0.150 0.134 0.068 70 V 0.028 0.023 0.046 0.064 0.102 0.157 0.243 0.148 0.094 0.065 0.029 71 E 0.269 0.130 0.321 0.171 0.056 0.020 0.014 0.008 0.005 0.004 0.001 72 Y 0.008 0.014 0.026 0.046 0.044 0.112 0.273 0.144 0.151 0.119 0.063 73 Q 0.010 0.017 0.036 0.051 0.072 0.117 0.234 0.151 0.148 0.100 0.066 74 R 0.093 0.039 0.477 0.174 0.085 0.067 0.039 0.014 0.006 0.004 0.001 75 K 0.023 0.023 0.433 0.190 0.158 0.086 0.060 0.016 0.007 0.003 0.001 76 L 0.006 0.016 0.048 0.022 0.025 0.061 0.221 0.175 0.181 0.164 0.080 77 R 0.011 0.015 0.119 0.084 0.137 0.182 0.248 0.116 0.048 0.030 0.010 78 E 0.141 0.031 0.767 0.043 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.044 0.044 0.180 0.164 0.164 0.190 0.154 0.034 0.016 0.008 0.002 80 W 0.102 0.044 0.060 0.041 0.047 0.088 0.197 0.132 0.139 0.095 0.055