# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.050 0.024 0.004 0.037 0.031 0.068 0.094 0.002 0.001 0.003 0.686 2 N 0.051 0.038 0.004 0.055 0.056 0.101 0.167 0.001 0.001 0.007 0.520 3 S 0.054 0.048 0.003 0.035 0.025 0.046 0.116 0.002 0.001 0.005 0.666 4 L 0.083 0.145 0.007 0.065 0.046 0.073 0.145 0.002 0.001 0.008 0.427 5 A 0.080 0.182 0.005 0.050 0.061 0.080 0.166 0.002 0.001 0.008 0.366 6 G 0.100 0.277 0.007 0.049 0.040 0.100 0.073 0.004 0.001 0.004 0.345 7 I 0.071 0.403 0.008 0.058 0.068 0.097 0.034 0.003 0.001 0.003 0.255 8 D 0.032 0.388 0.005 0.033 0.084 0.069 0.090 0.004 0.001 0.004 0.292 9 M 0.103 0.331 0.007 0.042 0.080 0.132 0.042 0.008 0.001 0.004 0.251 10 G 0.117 0.381 0.006 0.046 0.072 0.189 0.038 0.011 0.001 0.003 0.136 11 R 0.241 0.244 0.037 0.072 0.074 0.095 0.045 0.011 0.001 0.009 0.172 12 I 0.053 0.123 0.019 0.175 0.334 0.176 0.022 0.008 0.001 0.002 0.087 13 L 0.023 0.064 0.012 0.137 0.218 0.309 0.023 0.006 0.001 0.001 0.207 14 L 0.035 0.035 0.006 0.245 0.199 0.332 0.016 0.004 0.001 0.002 0.125 15 D 0.027 0.024 0.004 0.080 0.197 0.307 0.051 0.004 0.001 0.001 0.305 16 L 0.019 0.023 0.011 0.131 0.099 0.204 0.078 0.002 0.001 0.003 0.429 17 S 0.001 0.002 0.001 0.009 0.003 0.014 0.551 0.001 0.001 0.001 0.417 18 N 0.029 0.002 0.001 0.009 0.001 0.003 0.111 0.001 0.001 0.039 0.804 19 E 0.017 0.011 0.002 0.001 0.001 0.001 0.427 0.001 0.001 0.005 0.536 20 V 0.118 0.111 0.003 0.003 0.002 0.006 0.457 0.001 0.001 0.006 0.292 21 I 0.053 0.816 0.002 0.003 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.115 22 K 0.006 0.935 0.001 0.001 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.045 23 Q 0.032 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.001 0.001 0.048 24 L 0.039 0.923 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.026 25 D 0.019 0.846 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.114 26 D 0.024 0.818 0.025 0.002 0.001 0.001 0.021 0.005 0.001 0.001 0.102 27 L 0.027 0.897 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.001 0.001 0.060 28 E 0.021 0.930 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.036 29 V 0.028 0.927 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.009 0.001 0.001 0.027 30 Q 0.059 0.884 0.004 0.001 0.002 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 0.027 31 R 0.106 0.718 0.011 0.002 0.002 0.002 0.006 0.041 0.001 0.001 0.111 32 N 0.331 0.208 0.035 0.004 0.001 0.004 0.010 0.106 0.001 0.006 0.294 33 L 0.233 0.074 0.391 0.010 0.002 0.002 0.052 0.010 0.001 0.001 0.225 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.980 35 R 0.003 0.007 0.001 0.007 0.001 0.006 0.058 0.001 0.001 0.001 0.917 36 A 0.019 0.163 0.001 0.015 0.002 0.005 0.076 0.001 0.001 0.002 0.718 37 D 0.085 0.228 0.001 0.003 0.001 0.002 0.222 0.001 0.001 0.004 0.455 38 L 0.107 0.773 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.098 39 L 0.019 0.928 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.046 40 R 0.004 0.949 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 41 E 0.004 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.054 42 A 0.019 0.904 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.067 43 V 0.007 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 44 D 0.003 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 45 Q 0.008 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 46 Y 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.009 47 L 0.015 0.967 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.010 48 I 0.021 0.930 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.026 49 N 0.085 0.799 0.007 0.002 0.001 0.001 0.004 0.046 0.001 0.001 0.053 50 Q 0.270 0.505 0.034 0.005 0.001 0.002 0.011 0.064 0.001 0.001 0.104 51 S 0.170 0.234 0.192 0.016 0.003 0.005 0.051 0.035 0.001 0.003 0.292 52 Q 0.086 0.082 0.109 0.022 0.006 0.009 0.068 0.008 0.001 0.007 0.604 53 T 0.025 0.051 0.014 0.015 0.005 0.008 0.233 0.004 0.001 0.003 0.641 54 A 0.087 0.138 0.008 0.028 0.012 0.026 0.144 0.005 0.001 0.004 0.548 55 R 0.092 0.413 0.004 0.029 0.022 0.046 0.072 0.005 0.001 0.003 0.313 56 T 0.139 0.382 0.005 0.018 0.021 0.029 0.098 0.009 0.001 0.006 0.293 57 S 0.301 0.170 0.008 0.012 0.008 0.014 0.040 0.030 0.001 0.009 0.408 58 V 0.425 0.156 0.065 0.030 0.026 0.034 0.081 0.010 0.001 0.003 0.170 59 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.973 60 G 0.023 0.028 0.006 0.041 0.083 0.193 0.049 0.004 0.001 0.007 0.565 61 I 0.283 0.068 0.011 0.086 0.071 0.076 0.073 0.002 0.001 0.003 0.326 62 W 0.066 0.074 0.002 0.085 0.117 0.135 0.138 0.002 0.001 0.005 0.378 63 Q 0.101 0.136 0.003 0.083 0.068 0.109 0.138 0.003 0.001 0.008 0.350 64 G 0.143 0.096 0.004 0.059 0.037 0.063 0.084 0.010 0.001 0.011 0.493 65 C 0.236 0.042 0.024 0.048 0.038 0.062 0.115 0.009 0.001 0.009 0.416 66 E 0.028 0.012 0.006 0.015 0.019 0.026 0.166 0.003 0.001 0.003 0.722 67 E 0.044 0.015 0.005 0.016 0.023 0.042 0.150 0.003 0.001 0.003 0.700 68 D 0.164 0.070 0.005 0.024 0.058 0.097 0.157 0.003 0.001 0.013 0.409 69 G 0.195 0.050 0.008 0.029 0.023 0.051 0.170 0.004 0.001 0.033 0.437 70 V 0.087 0.083 0.032 0.033 0.026 0.042 0.334 0.002 0.001 0.007 0.354 71 E 0.018 0.103 0.003 0.019 0.030 0.040 0.200 0.001 0.001 0.011 0.575 72 Y 0.022 0.214 0.004 0.011 0.016 0.046 0.148 0.002 0.001 0.003 0.534 73 Q 0.057 0.622 0.003 0.013 0.017 0.048 0.053 0.002 0.001 0.002 0.183 74 R 0.053 0.657 0.002 0.005 0.008 0.011 0.028 0.003 0.001 0.002 0.232 75 K 0.054 0.769 0.004 0.002 0.004 0.006 0.017 0.004 0.001 0.001 0.140 76 L 0.058 0.855 0.005 0.002 0.002 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.061 77 R 0.031 0.874 0.005 0.002 0.002 0.005 0.004 0.006 0.001 0.001 0.071 78 E 0.030 0.739 0.006 0.002 0.002 0.004 0.014 0.010 0.001 0.001 0.193 79 E 0.095 0.715 0.006 0.002 0.002 0.003 0.015 0.016 0.001 0.001 0.147 80 W 0.062 0.807 0.008 0.002 0.002 0.004 0.005 0.013 0.001 0.001 0.098