# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.043 0.017 0.059 0.031 0.054 0.090 0.006 0.699 2 N 0.039 0.042 0.082 0.069 0.090 0.128 0.009 0.541 3 S 0.048 0.044 0.056 0.036 0.078 0.116 0.010 0.614 4 L 0.070 0.121 0.073 0.047 0.081 0.157 0.008 0.443 5 A 0.095 0.183 0.062 0.081 0.103 0.216 0.015 0.245 6 G 0.140 0.247 0.037 0.049 0.076 0.072 0.021 0.358 7 I 0.088 0.332 0.099 0.074 0.117 0.067 0.017 0.206 8 D 0.049 0.360 0.035 0.079 0.093 0.101 0.020 0.263 9 M 0.111 0.271 0.055 0.084 0.136 0.060 0.042 0.241 10 G 0.157 0.192 0.109 0.151 0.128 0.057 0.066 0.141 11 R 0.092 0.077 0.325 0.122 0.121 0.059 0.023 0.181 12 I 0.015 0.046 0.347 0.217 0.192 0.028 0.009 0.146 13 L 0.024 0.021 0.262 0.146 0.365 0.035 0.005 0.142 14 L 0.013 0.018 0.453 0.177 0.186 0.030 0.006 0.118 15 D 0.011 0.025 0.226 0.206 0.160 0.048 0.008 0.316 16 L 0.042 0.021 0.222 0.070 0.151 0.091 0.008 0.395 17 S 0.011 0.004 0.021 0.007 0.034 0.580 0.004 0.340 18 N 0.036 0.008 0.005 0.002 0.011 0.083 0.003 0.850 19 E 0.012 0.022 0.002 0.001 0.001 0.321 0.002 0.640 20 V 0.042 0.143 0.001 0.001 0.003 0.417 0.005 0.388 21 I 0.007 0.935 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.051 22 K 0.001 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 23 Q 0.014 0.950 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.027 24 L 0.043 0.932 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.014 25 D 0.021 0.892 0.006 0.002 0.003 0.007 0.008 0.061 26 D 0.027 0.806 0.006 0.001 0.002 0.016 0.008 0.134 27 L 0.035 0.892 0.006 0.001 0.002 0.012 0.007 0.045 28 E 0.022 0.902 0.006 0.002 0.003 0.014 0.007 0.045 29 V 0.028 0.886 0.005 0.002 0.002 0.008 0.006 0.063 30 Q 0.039 0.894 0.007 0.002 0.002 0.006 0.010 0.040 31 R 0.066 0.822 0.011 0.005 0.003 0.005 0.031 0.057 32 N 0.315 0.234 0.022 0.005 0.004 0.011 0.173 0.235 33 L 0.411 0.094 0.155 0.014 0.014 0.042 0.018 0.252 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 35 R 0.003 0.011 0.006 0.003 0.014 0.055 0.001 0.908 36 A 0.067 0.061 0.009 0.002 0.003 0.084 0.004 0.770 37 D 0.092 0.236 0.005 0.002 0.003 0.266 0.003 0.393 38 L 0.045 0.855 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.078 39 L 0.008 0.938 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.045 40 R 0.002 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 41 E 0.002 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 42 A 0.016 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 43 V 0.009 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 44 D 0.002 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 45 Q 0.007 0.971 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.014 46 Y 0.013 0.963 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 47 L 0.019 0.914 0.012 0.003 0.005 0.005 0.007 0.035 48 I 0.027 0.891 0.011 0.003 0.004 0.009 0.007 0.048 49 N 0.098 0.772 0.015 0.004 0.002 0.007 0.033 0.069 50 Q 0.258 0.468 0.052 0.004 0.004 0.016 0.065 0.133 51 S 0.099 0.275 0.069 0.010 0.010 0.048 0.039 0.451 52 Q 0.074 0.079 0.062 0.011 0.019 0.077 0.020 0.657 53 T 0.056 0.079 0.028 0.010 0.016 0.267 0.011 0.533 54 A 0.094 0.100 0.025 0.007 0.017 0.177 0.010 0.570 55 R 0.118 0.248 0.029 0.014 0.024 0.140 0.011 0.416 56 T 0.149 0.220 0.028 0.021 0.027 0.124 0.034 0.397 57 S 0.267 0.161 0.023 0.016 0.023 0.059 0.067 0.384 58 V 0.431 0.057 0.048 0.036 0.058 0.050 0.022 0.298 59 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 60 G 0.022 0.011 0.030 0.070 0.159 0.094 0.008 0.605 61 I 0.267 0.025 0.077 0.076 0.113 0.052 0.009 0.380 62 W 0.075 0.039 0.061 0.131 0.224 0.099 0.007 0.364 63 Q 0.163 0.034 0.089 0.153 0.180 0.129 0.010 0.244 64 G 0.075 0.047 0.048 0.062 0.079 0.078 0.018 0.594 65 C 0.173 0.036 0.050 0.039 0.073 0.092 0.023 0.514 66 E 0.053 0.021 0.041 0.023 0.029 0.155 0.016 0.661 67 E 0.041 0.009 0.015 0.009 0.015 0.105 0.011 0.795 68 D 0.186 0.031 0.066 0.034 0.038 0.184 0.014 0.447 69 G 0.039 0.036 0.058 0.023 0.032 0.127 0.006 0.679 70 V 0.034 0.053 0.053 0.021 0.077 0.215 0.003 0.543 71 E 0.021 0.072 0.014 0.012 0.028 0.372 0.003 0.478 72 Y 0.051 0.428 0.007 0.010 0.016 0.184 0.004 0.300 73 Q 0.035 0.763 0.007 0.005 0.015 0.040 0.005 0.130 74 R 0.011 0.852 0.003 0.003 0.006 0.018 0.003 0.103 75 K 0.008 0.942 0.001 0.001 0.002 0.006 0.002 0.038 76 L 0.031 0.922 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.032 77 R 0.028 0.926 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.031 78 E 0.031 0.842 0.005 0.002 0.003 0.009 0.012 0.096 79 E 0.074 0.770 0.007 0.003 0.003 0.013 0.022 0.108 80 W 0.041 0.848 0.006 0.003 0.004 0.006 0.011 0.080