# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.358 0.247 0.186 0.095 0.043 0.033 0.014 0.001 0.020 0.002 0.001 2 N 0.358 0.137 0.193 0.129 0.062 0.061 0.028 0.003 0.026 0.002 0.001 3 S 0.493 0.153 0.160 0.078 0.057 0.028 0.014 0.003 0.010 0.003 0.001 4 L 0.572 0.168 0.124 0.074 0.021 0.025 0.003 0.001 0.011 0.001 0.001 5 A 0.435 0.213 0.135 0.107 0.060 0.024 0.013 0.001 0.012 0.001 0.001 6 G 0.473 0.071 0.068 0.048 0.211 0.026 0.047 0.030 0.006 0.020 0.001 7 I 0.392 0.391 0.127 0.021 0.035 0.016 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 8 D 0.547 0.095 0.094 0.078 0.019 0.123 0.022 0.001 0.020 0.001 0.001 9 M 0.390 0.177 0.063 0.260 0.048 0.025 0.018 0.001 0.016 0.001 0.001 10 G 0.312 0.100 0.091 0.071 0.295 0.012 0.051 0.033 0.006 0.030 0.001 11 R 0.306 0.372 0.160 0.032 0.058 0.043 0.006 0.001 0.023 0.001 0.001 12 I 0.219 0.498 0.127 0.051 0.032 0.053 0.006 0.001 0.014 0.001 0.001 13 L 0.175 0.469 0.168 0.088 0.042 0.040 0.005 0.001 0.013 0.001 0.001 14 L 0.067 0.613 0.152 0.030 0.034 0.039 0.009 0.001 0.056 0.001 0.001 15 D 0.074 0.195 0.345 0.040 0.028 0.155 0.020 0.001 0.139 0.001 0.001 16 L 0.280 0.064 0.322 0.255 0.017 0.049 0.003 0.001 0.007 0.001 0.001 17 S 0.286 0.102 0.437 0.053 0.048 0.026 0.006 0.001 0.029 0.011 0.001 18 N 0.991 0.001 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.988 0.001 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.991 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.983 0.001 0.001 0.014 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.846 0.003 0.002 0.144 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.954 0.006 0.012 0.017 0.001 0.002 0.002 0.001 0.006 0.001 0.001 25 D 0.978 0.001 0.007 0.011 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.952 0.001 0.002 0.041 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.988 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.992 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.983 0.002 0.002 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.851 0.009 0.015 0.113 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 31 R 0.513 0.010 0.020 0.381 0.004 0.006 0.060 0.003 0.002 0.001 0.001 32 N 0.034 0.010 0.012 0.329 0.009 0.016 0.547 0.037 0.005 0.001 0.001 33 L 0.014 0.172 0.738 0.022 0.005 0.005 0.002 0.001 0.043 0.001 0.001 34 P 0.048 0.004 0.912 0.003 0.002 0.023 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 35 R 0.973 0.001 0.018 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 36 A 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.995 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.989 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.993 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.991 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.984 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.982 0.002 0.003 0.009 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.945 0.002 0.006 0.042 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.573 0.007 0.011 0.377 0.003 0.005 0.018 0.004 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.381 0.042 0.118 0.364 0.009 0.013 0.054 0.006 0.011 0.001 0.001 51 S 0.471 0.042 0.172 0.120 0.019 0.034 0.112 0.012 0.013 0.005 0.001 52 Q 0.489 0.093 0.193 0.121 0.021 0.038 0.020 0.004 0.017 0.002 0.001 53 T 0.497 0.075 0.225 0.106 0.021 0.047 0.008 0.002 0.016 0.001 0.001 54 A 0.616 0.077 0.140 0.083 0.022 0.038 0.010 0.002 0.009 0.002 0.001 55 R 0.651 0.088 0.101 0.094 0.023 0.018 0.007 0.001 0.014 0.002 0.001 56 T 0.541 0.115 0.123 0.141 0.033 0.019 0.014 0.002 0.009 0.002 0.001 57 S 0.205 0.103 0.166 0.289 0.046 0.055 0.087 0.016 0.023 0.008 0.001 58 V 0.068 0.345 0.424 0.017 0.049 0.012 0.005 0.001 0.074 0.003 0.001 59 P 0.178 0.013 0.702 0.053 0.004 0.015 0.008 0.001 0.004 0.001 0.021 60 G 0.075 0.062 0.123 0.028 0.175 0.018 0.046 0.368 0.013 0.090 0.001 61 I 0.103 0.466 0.315 0.029 0.051 0.020 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 62 W 0.112 0.424 0.297 0.043 0.055 0.042 0.004 0.001 0.018 0.003 0.001 63 Q 0.157 0.305 0.246 0.155 0.067 0.028 0.017 0.001 0.020 0.002 0.001 64 G 0.045 0.013 0.064 0.042 0.080 0.014 0.102 0.417 0.012 0.213 0.001 65 C 0.123 0.185 0.379 0.103 0.107 0.025 0.028 0.013 0.017 0.020 0.001 66 E 0.181 0.119 0.431 0.087 0.043 0.064 0.036 0.009 0.016 0.010 0.004 67 E 0.351 0.238 0.268 0.078 0.021 0.019 0.008 0.002 0.012 0.002 0.001 68 D 0.340 0.085 0.187 0.215 0.038 0.056 0.047 0.004 0.025 0.001 0.002 69 G 0.337 0.086 0.096 0.055 0.229 0.031 0.045 0.079 0.007 0.034 0.001 70 V 0.737 0.101 0.111 0.014 0.010 0.017 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 71 E 0.885 0.023 0.043 0.014 0.007 0.023 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 72 Y 0.894 0.024 0.016 0.040 0.010 0.012 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 73 Q 0.940 0.014 0.014 0.012 0.004 0.008 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 74 R 0.984 0.001 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.957 0.003 0.004 0.029 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.844 0.009 0.019 0.117 0.001 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 77 R 0.886 0.014 0.033 0.046 0.004 0.005 0.008 0.001 0.004 0.001 0.001 78 E 0.885 0.011 0.033 0.051 0.004 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.757 0.026 0.044 0.133 0.007 0.014 0.011 0.003 0.006 0.001 0.001 80 W 0.578 0.058 0.116 0.178 0.011 0.021 0.019 0.002 0.014 0.001 0.001