# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.114 0.134 0.040 0.020 0.180 0.026 0.037 0.245 0.090 0.065 0.049 2 N 0.114 0.129 0.064 0.023 0.181 0.035 0.046 0.220 0.072 0.075 0.040 3 S 0.094 0.110 0.040 0.016 0.137 0.022 0.052 0.335 0.090 0.067 0.037 4 L 0.141 0.081 0.033 0.025 0.160 0.027 0.041 0.262 0.092 0.075 0.065 5 A 0.049 0.177 0.089 0.035 0.099 0.048 0.054 0.288 0.081 0.052 0.027 6 G 0.181 0.068 0.016 0.012 0.191 0.012 0.025 0.258 0.083 0.095 0.059 7 I 0.158 0.092 0.021 0.007 0.271 0.017 0.016 0.255 0.103 0.028 0.033 8 D 0.193 0.053 0.016 0.011 0.205 0.042 0.111 0.250 0.054 0.033 0.032 9 M 0.236 0.115 0.043 0.019 0.252 0.022 0.037 0.114 0.059 0.049 0.053 10 G 0.133 0.110 0.037 0.033 0.236 0.055 0.121 0.127 0.052 0.062 0.037 11 R 0.300 0.093 0.008 0.003 0.484 0.004 0.014 0.029 0.013 0.013 0.038 12 I 0.152 0.123 0.010 0.003 0.600 0.010 0.023 0.031 0.015 0.008 0.026 13 L 0.309 0.036 0.003 0.001 0.603 0.003 0.008 0.011 0.006 0.004 0.018 14 L 0.174 0.241 0.022 0.006 0.441 0.012 0.011 0.014 0.007 0.015 0.059 15 D 0.251 0.149 0.053 0.010 0.303 0.010 0.027 0.019 0.006 0.047 0.125 16 L 0.068 0.338 0.169 0.028 0.128 0.014 0.017 0.067 0.048 0.073 0.050 17 S 0.031 0.355 0.141 0.024 0.110 0.024 0.014 0.187 0.071 0.030 0.012 18 N 0.004 0.006 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.674 0.258 0.031 0.003 19 E 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.004 0.905 0.067 0.010 0.002 20 V 0.003 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.906 0.062 0.017 0.003 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.905 0.085 0.003 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.938 0.052 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.923 0.040 0.020 0.001 24 L 0.004 0.004 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 0.889 0.077 0.010 0.002 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.922 0.067 0.004 0.001 26 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.927 0.060 0.008 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.907 0.080 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.898 0.083 0.004 0.001 29 V 0.002 0.008 0.002 0.001 0.004 0.001 0.025 0.761 0.159 0.035 0.003 30 Q 0.012 0.009 0.008 0.002 0.012 0.008 0.039 0.565 0.183 0.127 0.036 31 R 0.007 0.556 0.093 0.006 0.043 0.017 0.085 0.122 0.045 0.022 0.005 32 N 0.011 0.005 0.005 0.004 0.007 0.004 0.009 0.022 0.021 0.786 0.126 33 L 0.007 0.601 0.290 0.004 0.071 0.001 0.002 0.010 0.005 0.006 0.003 34 P 0.021 0.614 0.234 0.002 0.054 0.002 0.004 0.046 0.006 0.004 0.013 35 R 0.002 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.003 0.702 0.265 0.010 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.923 0.073 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.028 0.002 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.019 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.979 0.020 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.011 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.009 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.034 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.971 0.023 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.950 0.033 0.004 0.001 47 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.825 0.151 0.011 0.002 48 I 0.002 0.006 0.002 0.001 0.003 0.005 0.057 0.806 0.107 0.009 0.002 49 N 0.014 0.028 0.021 0.005 0.021 0.011 0.146 0.501 0.096 0.137 0.019 50 Q 0.058 0.133 0.070 0.011 0.103 0.012 0.040 0.244 0.091 0.183 0.055 51 S 0.072 0.110 0.038 0.010 0.105 0.015 0.032 0.290 0.123 0.138 0.067 52 Q 0.052 0.097 0.041 0.013 0.082 0.019 0.045 0.366 0.153 0.095 0.036 53 T 0.056 0.098 0.039 0.013 0.117 0.017 0.042 0.408 0.109 0.075 0.027 54 A 0.065 0.070 0.021 0.008 0.087 0.010 0.034 0.435 0.158 0.077 0.035 55 R 0.041 0.042 0.020 0.012 0.074 0.027 0.037 0.418 0.212 0.090 0.025 56 T 0.029 0.121 0.046 0.013 0.069 0.027 0.096 0.404 0.124 0.058 0.013 57 S 0.064 0.038 0.037 0.015 0.061 0.016 0.043 0.154 0.070 0.416 0.086 58 V 0.093 0.287 0.155 0.019 0.247 0.018 0.021 0.058 0.032 0.046 0.025 59 P 0.047 0.136 0.070 0.088 0.059 0.104 0.099 0.115 0.101 0.138 0.044 60 G 0.065 0.099 0.115 0.096 0.111 0.029 0.037 0.112 0.082 0.208 0.047 61 I 0.107 0.156 0.055 0.014 0.196 0.011 0.032 0.216 0.088 0.076 0.051 62 W 0.136 0.091 0.061 0.036 0.168 0.036 0.049 0.179 0.083 0.090 0.073 63 Q 0.021 0.150 0.106 0.179 0.050 0.110 0.114 0.147 0.067 0.041 0.015 64 G 0.044 0.050 0.088 0.174 0.047 0.036 0.026 0.065 0.048 0.316 0.106 65 C 0.066 0.249 0.157 0.031 0.177 0.017 0.022 0.100 0.070 0.079 0.034 66 E 0.103 0.171 0.082 0.017 0.162 0.022 0.042 0.177 0.073 0.089 0.063 67 E 0.097 0.144 0.069 0.034 0.127 0.037 0.058 0.203 0.085 0.070 0.076 68 D 0.033 0.213 0.169 0.070 0.073 0.068 0.068 0.152 0.051 0.073 0.030 69 G 0.072 0.117 0.063 0.030 0.071 0.012 0.015 0.256 0.083 0.211 0.070 70 V 0.066 0.069 0.014 0.005 0.108 0.006 0.007 0.554 0.120 0.029 0.022 71 E 0.015 0.032 0.012 0.004 0.033 0.014 0.022 0.781 0.069 0.011 0.007 72 Y 0.024 0.034 0.012 0.003 0.029 0.003 0.010 0.765 0.072 0.037 0.011 73 Q 0.005 0.003 0.001 0.001 0.007 0.001 0.002 0.858 0.113 0.008 0.002 74 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.883 0.103 0.003 0.001 75 K 0.002 0.003 0.001 0.001 0.003 0.001 0.017 0.910 0.050 0.011 0.001 76 L 0.011 0.013 0.004 0.002 0.013 0.002 0.022 0.783 0.097 0.045 0.007 77 R 0.008 0.011 0.005 0.002 0.014 0.003 0.006 0.768 0.161 0.019 0.005 78 E 0.003 0.008 0.003 0.001 0.006 0.004 0.038 0.791 0.133 0.012 0.002 79 E 0.018 0.023 0.011 0.003 0.024 0.006 0.078 0.651 0.105 0.070 0.011 80 W 0.075 0.042 0.012 0.007 0.079 0.008 0.025 0.437 0.145 0.121 0.050