# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.516 0.171 0.112 0.095 0.060 0.036 0.010 2 N 0.496 0.209 0.125 0.088 0.045 0.027 0.008 3 S 0.395 0.209 0.140 0.115 0.073 0.051 0.016 4 L 0.286 0.180 0.145 0.148 0.118 0.090 0.034 5 A 0.229 0.169 0.135 0.149 0.141 0.123 0.054 6 G 0.172 0.161 0.147 0.160 0.146 0.139 0.076 7 I 0.110 0.091 0.104 0.151 0.203 0.219 0.122 8 D 0.099 0.118 0.123 0.150 0.169 0.198 0.142 9 M 0.034 0.027 0.038 0.084 0.138 0.304 0.375 10 G 0.024 0.038 0.051 0.091 0.165 0.318 0.313 11 R 0.032 0.047 0.080 0.128 0.189 0.267 0.257 12 I 0.010 0.017 0.023 0.048 0.138 0.367 0.397 13 L 0.022 0.039 0.058 0.114 0.174 0.337 0.257 14 L 0.021 0.041 0.080 0.153 0.245 0.342 0.119 15 D 0.063 0.211 0.296 0.243 0.130 0.050 0.007 16 L 0.035 0.057 0.139 0.286 0.298 0.171 0.015 17 S 0.222 0.294 0.199 0.150 0.107 0.026 0.001 18 N 0.574 0.343 0.060 0.018 0.005 0.001 0.001 19 E 0.516 0.381 0.071 0.025 0.006 0.001 0.001 20 V 0.150 0.308 0.283 0.188 0.061 0.010 0.001 21 I 0.033 0.079 0.287 0.382 0.196 0.023 0.001 22 K 0.474 0.437 0.072 0.014 0.003 0.001 0.001 23 Q 0.101 0.267 0.324 0.239 0.060 0.008 0.001 24 L 0.038 0.068 0.170 0.309 0.331 0.083 0.001 25 D 0.339 0.459 0.153 0.040 0.009 0.001 0.001 26 D 0.330 0.415 0.183 0.062 0.008 0.001 0.001 27 L 0.058 0.072 0.208 0.360 0.261 0.042 0.001 28 E 0.501 0.338 0.117 0.035 0.009 0.001 0.001 29 V 0.673 0.278 0.037 0.009 0.002 0.001 0.001 30 Q 0.562 0.270 0.111 0.045 0.011 0.001 0.001 31 R 0.554 0.244 0.130 0.057 0.013 0.002 0.001 32 N 0.673 0.249 0.059 0.014 0.005 0.001 0.001 33 L 0.312 0.247 0.242 0.149 0.043 0.007 0.001 34 P 0.423 0.343 0.128 0.062 0.036 0.008 0.001 35 R 0.131 0.220 0.250 0.237 0.107 0.049 0.006 36 A 0.074 0.098 0.180 0.242 0.267 0.128 0.011 37 D 0.255 0.377 0.206 0.101 0.045 0.014 0.001 38 L 0.034 0.061 0.146 0.265 0.284 0.169 0.042 39 L 0.016 0.028 0.042 0.088 0.241 0.439 0.145 40 R 0.032 0.115 0.240 0.301 0.210 0.090 0.012 41 E 0.138 0.318 0.252 0.176 0.084 0.028 0.004 42 A 0.017 0.040 0.094 0.211 0.324 0.273 0.041 43 V 0.021 0.045 0.087 0.198 0.325 0.274 0.049 44 D 0.165 0.344 0.280 0.134 0.058 0.017 0.001 45 Q 0.119 0.281 0.301 0.219 0.064 0.015 0.001 46 Y 0.038 0.068 0.134 0.253 0.320 0.176 0.010 47 L 0.050 0.074 0.159 0.305 0.296 0.110 0.006 48 I 0.291 0.416 0.197 0.068 0.025 0.004 0.001 49 N 0.324 0.351 0.190 0.102 0.028 0.004 0.001 50 Q 0.419 0.282 0.157 0.100 0.036 0.006 0.001 51 S 0.523 0.277 0.125 0.055 0.017 0.003 0.001 52 Q 0.508 0.272 0.149 0.056 0.013 0.002 0.001 53 T 0.500 0.356 0.103 0.032 0.008 0.001 0.001 54 A 0.139 0.185 0.249 0.267 0.129 0.029 0.001 55 R 0.140 0.202 0.282 0.251 0.099 0.025 0.001 56 T 0.450 0.341 0.137 0.051 0.017 0.004 0.001 57 S 0.201 0.329 0.245 0.155 0.054 0.014 0.002 58 V 0.041 0.055 0.095 0.218 0.369 0.199 0.022 59 P 0.052 0.177 0.278 0.297 0.130 0.062 0.004 60 G 0.143 0.218 0.195 0.183 0.157 0.092 0.012 61 I 0.042 0.075 0.122 0.248 0.281 0.200 0.032 62 W 0.048 0.085 0.141 0.188 0.295 0.214 0.029 63 Q 0.115 0.254 0.298 0.212 0.089 0.029 0.003 64 G 0.299 0.309 0.187 0.125 0.062 0.017 0.001 65 C 0.160 0.163 0.221 0.244 0.156 0.051 0.005 66 E 0.455 0.321 0.124 0.061 0.029 0.010 0.001 67 E 0.338 0.316 0.204 0.105 0.029 0.009 0.001 68 D 0.159 0.227 0.255 0.232 0.093 0.030 0.003 69 G 0.076 0.094 0.134 0.203 0.249 0.218 0.026 70 V 0.073 0.094 0.167 0.269 0.246 0.135 0.015 71 E 0.306 0.402 0.180 0.072 0.030 0.009 0.001 72 Y 0.063 0.117 0.175 0.268 0.245 0.119 0.014 73 Q 0.120 0.169 0.199 0.239 0.189 0.077 0.006 74 R 0.395 0.346 0.162 0.065 0.026 0.007 0.001 75 K 0.428 0.350 0.146 0.059 0.013 0.003 0.001 76 L 0.132 0.119 0.205 0.274 0.206 0.062 0.003 77 R 0.255 0.207 0.242 0.193 0.085 0.018 0.001 78 E 0.810 0.174 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 79 E 0.653 0.236 0.069 0.032 0.007 0.002 0.001 80 W 0.464 0.174 0.166 0.124 0.057 0.014 0.001