# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 19.7804 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.176 0.088 0.093 0.113 0.125 0.118 0.091 0.068 0.052 0.038 0.022 0.011 0.004 0.002 2 N 0.215 0.131 0.119 0.128 0.114 0.094 0.072 0.049 0.035 0.019 0.013 0.006 0.002 0.001 3 S 0.205 0.108 0.105 0.120 0.118 0.108 0.084 0.056 0.041 0.026 0.017 0.008 0.003 0.002 4 L 0.144 0.100 0.098 0.123 0.135 0.120 0.098 0.076 0.050 0.026 0.016 0.007 0.003 0.001 5 A 0.121 0.078 0.091 0.126 0.128 0.139 0.113 0.077 0.051 0.035 0.022 0.011 0.005 0.002 6 G 0.124 0.101 0.116 0.141 0.157 0.121 0.095 0.058 0.043 0.022 0.012 0.006 0.002 0.002 7 I 0.087 0.057 0.077 0.110 0.126 0.145 0.125 0.093 0.068 0.054 0.031 0.015 0.008 0.003 8 D 0.111 0.100 0.115 0.150 0.150 0.128 0.101 0.062 0.038 0.021 0.013 0.006 0.003 0.002 9 M 0.040 0.026 0.035 0.066 0.098 0.132 0.143 0.148 0.117 0.082 0.060 0.036 0.014 0.006 10 G 0.037 0.034 0.049 0.095 0.107 0.136 0.168 0.141 0.105 0.058 0.035 0.021 0.009 0.004 11 R 0.052 0.049 0.062 0.075 0.103 0.111 0.126 0.153 0.111 0.068 0.045 0.026 0.012 0.006 12 I 0.030 0.018 0.027 0.043 0.067 0.106 0.112 0.164 0.138 0.120 0.084 0.049 0.030 0.012 13 L 0.019 0.018 0.027 0.069 0.127 0.130 0.151 0.109 0.136 0.103 0.051 0.034 0.014 0.012 14 L 0.030 0.022 0.034 0.054 0.080 0.156 0.153 0.140 0.111 0.094 0.071 0.031 0.017 0.008 15 D 0.143 0.109 0.139 0.150 0.183 0.105 0.070 0.048 0.028 0.011 0.008 0.003 0.001 0.001 16 L 0.047 0.049 0.072 0.189 0.189 0.166 0.110 0.072 0.052 0.031 0.016 0.005 0.002 0.001 17 S 0.098 0.099 0.099 0.189 0.193 0.160 0.065 0.028 0.056 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 18 N 0.533 0.274 0.085 0.074 0.021 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.723 0.226 0.046 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.267 0.213 0.192 0.108 0.137 0.062 0.011 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.108 0.106 0.137 0.251 0.264 0.070 0.037 0.017 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.799 0.164 0.029 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.286 0.282 0.196 0.125 0.073 0.025 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.035 0.037 0.074 0.182 0.260 0.183 0.128 0.066 0.027 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 25 D 0.581 0.275 0.095 0.030 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.618 0.236 0.104 0.026 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.056 0.047 0.079 0.185 0.302 0.179 0.088 0.042 0.015 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.370 0.240 0.205 0.096 0.055 0.019 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.724 0.152 0.061 0.033 0.017 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.371 0.180 0.135 0.145 0.104 0.039 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.303 0.153 0.163 0.164 0.120 0.057 0.022 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.527 0.182 0.115 0.072 0.057 0.028 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.327 0.163 0.138 0.163 0.112 0.051 0.024 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 P 0.264 0.195 0.154 0.141 0.105 0.081 0.036 0.015 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.042 0.042 0.063 0.142 0.243 0.186 0.117 0.084 0.063 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 36 A 0.040 0.057 0.100 0.174 0.171 0.208 0.145 0.066 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 37 D 0.424 0.352 0.143 0.040 0.025 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.010 0.028 0.072 0.193 0.203 0.192 0.172 0.111 0.013 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.002 0.003 0.009 0.038 0.115 0.214 0.299 0.177 0.121 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 40 R 0.061 0.173 0.249 0.254 0.154 0.059 0.030 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.399 0.393 0.156 0.033 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.005 0.010 0.035 0.109 0.218 0.255 0.191 0.150 0.021 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.004 0.010 0.023 0.121 0.221 0.202 0.220 0.111 0.068 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.267 0.349 0.213 0.086 0.048 0.022 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.180 0.283 0.239 0.157 0.077 0.037 0.015 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.017 0.018 0.051 0.135 0.214 0.224 0.194 0.103 0.031 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 47 L 0.029 0.041 0.057 0.120 0.227 0.194 0.151 0.095 0.059 0.017 0.005 0.002 0.001 0.001 48 I 0.311 0.203 0.141 0.164 0.080 0.053 0.026 0.012 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 49 N 0.509 0.196 0.127 0.074 0.049 0.024 0.010 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.284 0.155 0.159 0.157 0.130 0.065 0.027 0.010 0.008 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 51 S 0.492 0.181 0.138 0.081 0.057 0.028 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.511 0.161 0.126 0.094 0.062 0.025 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.523 0.182 0.124 0.078 0.052 0.021 0.011 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.192 0.116 0.120 0.167 0.178 0.102 0.056 0.039 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 55 R 0.237 0.167 0.142 0.155 0.130 0.080 0.045 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 56 T 0.425 0.181 0.127 0.101 0.069 0.044 0.024 0.013 0.007 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 57 S 0.184 0.141 0.152 0.145 0.143 0.096 0.066 0.033 0.020 0.009 0.006 0.003 0.001 0.001 58 V 0.025 0.017 0.030 0.059 0.114 0.167 0.159 0.169 0.105 0.081 0.045 0.018 0.010 0.003 59 P 0.066 0.071 0.092 0.148 0.158 0.147 0.123 0.079 0.048 0.029 0.021 0.012 0.004 0.002 60 G 0.126 0.067 0.073 0.101 0.115 0.120 0.096 0.086 0.079 0.061 0.042 0.022 0.007 0.003 61 I 0.036 0.037 0.049 0.103 0.143 0.155 0.145 0.133 0.098 0.054 0.026 0.013 0.006 0.002 62 W 0.050 0.060 0.085 0.142 0.159 0.150 0.117 0.092 0.072 0.040 0.022 0.008 0.003 0.001 63 Q 0.255 0.179 0.187 0.142 0.090 0.066 0.037 0.019 0.012 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 64 G 0.374 0.186 0.134 0.109 0.092 0.049 0.021 0.012 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 65 C 0.161 0.157 0.127 0.210 0.148 0.083 0.049 0.032 0.018 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 66 E 0.460 0.288 0.132 0.054 0.028 0.018 0.010 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 E 0.268 0.181 0.193 0.117 0.116 0.059 0.031 0.017 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 68 D 0.209 0.127 0.141 0.152 0.141 0.102 0.061 0.033 0.016 0.008 0.006 0.002 0.001 0.001 69 G 0.073 0.055 0.060 0.110 0.203 0.180 0.112 0.076 0.074 0.032 0.014 0.007 0.003 0.002 70 V 0.094 0.072 0.064 0.141 0.144 0.146 0.119 0.093 0.054 0.037 0.024 0.009 0.004 0.001 71 E 0.461 0.238 0.150 0.072 0.035 0.019 0.013 0.005 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.115 0.085 0.147 0.157 0.157 0.155 0.090 0.035 0.033 0.013 0.011 0.003 0.001 0.001 73 Q 0.131 0.102 0.122 0.161 0.193 0.139 0.071 0.035 0.032 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 74 R 0.614 0.238 0.077 0.042 0.018 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.512 0.264 0.143 0.047 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.097 0.057 0.115 0.143 0.235 0.188 0.089 0.045 0.022 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 77 R 0.232 0.162 0.178 0.195 0.144 0.046 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.830 0.129 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.318 0.247 0.166 0.123 0.092 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 W 0.112 0.066 0.114 0.154 0.187 0.162 0.107 0.063 0.021 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001