# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.008 0.033 0.028 0.098 0.004 0.088 0.088 0.003 0.001 0.002 0.003 0.006 0.007 0.065 0.051 0.214 0.069 0.095 0.128 0.002 2 N 0.009 0.010 0.073 0.056 0.049 0.008 0.079 0.152 0.005 0.001 0.004 0.003 0.006 0.008 0.075 0.024 0.140 0.061 0.087 0.148 0.002 3 S 0.008 0.010 0.018 0.024 0.095 0.016 0.071 0.215 0.010 0.002 0.003 0.003 0.006 0.008 0.027 0.039 0.238 0.059 0.066 0.079 0.002 4 L 0.007 0.008 0.031 0.030 0.035 0.010 0.082 0.263 0.010 0.002 0.003 0.003 0.004 0.007 0.073 0.016 0.287 0.040 0.044 0.043 0.001 5 A 0.006 0.009 0.011 0.012 0.053 0.008 0.106 0.491 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.011 0.017 0.148 0.026 0.019 0.069 0.001 6 G 0.006 0.011 0.015 0.015 0.041 0.009 0.090 0.575 0.007 0.002 0.002 0.001 0.002 0.003 0.018 0.011 0.084 0.054 0.020 0.033 0.001 7 I 0.008 0.010 0.013 0.015 0.028 0.015 0.058 0.607 0.015 0.004 0.001 0.001 0.004 0.003 0.012 0.008 0.145 0.018 0.016 0.017 0.001 8 D 0.017 0.021 0.034 0.044 0.042 0.021 0.095 0.416 0.056 0.016 0.003 0.002 0.005 0.003 0.018 0.006 0.134 0.026 0.020 0.019 0.001 9 M 0.020 0.033 0.011 0.016 0.125 0.007 0.153 0.262 0.015 0.005 0.002 0.002 0.005 0.006 0.016 0.028 0.200 0.040 0.015 0.038 0.002 10 G 0.037 0.112 0.056 0.045 0.058 0.011 0.095 0.283 0.013 0.003 0.005 0.004 0.010 0.014 0.041 0.014 0.093 0.047 0.017 0.038 0.004 11 R 0.086 0.080 0.029 0.028 0.064 0.031 0.042 0.288 0.014 0.003 0.015 0.013 0.040 0.045 0.028 0.030 0.093 0.019 0.016 0.015 0.020 12 I 0.086 0.226 0.029 0.028 0.089 0.003 0.018 0.208 0.005 0.002 0.016 0.019 0.038 0.096 0.045 0.026 0.019 0.008 0.007 0.013 0.022 13 L 0.109 0.096 0.022 0.026 0.052 0.003 0.017 0.080 0.004 0.001 0.049 0.053 0.062 0.212 0.085 0.062 0.018 0.007 0.008 0.006 0.029 14 L 0.121 0.149 0.067 0.063 0.056 0.003 0.019 0.042 0.004 0.001 0.022 0.029 0.080 0.178 0.060 0.022 0.023 0.011 0.007 0.015 0.028 15 D 0.043 0.043 0.019 0.033 0.137 0.004 0.053 0.042 0.008 0.002 0.024 0.028 0.038 0.083 0.029 0.155 0.029 0.057 0.075 0.083 0.013 16 L 0.007 0.007 0.044 0.035 0.037 0.001 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.020 0.196 0.037 0.196 0.064 0.091 0.231 0.001 17 S 0.001 0.001 0.005 0.006 0.020 0.001 0.016 0.059 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.018 0.148 0.029 0.176 0.508 0.001 18 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.916 0.005 0.002 0.005 0.001 19 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.031 0.944 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.003 0.001 20 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.012 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.002 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.017 0.965 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.033 0.930 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.912 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.006 0.003 0.011 0.001 25 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.915 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.003 0.001 0.002 0.001 26 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.029 0.916 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.024 0.911 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.003 0.002 0.004 0.001 28 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.035 0.906 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.006 0.002 0.006 0.001 29 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.085 0.839 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.006 0.003 0.004 0.001 30 Q 0.001 0.001 0.003 0.006 0.004 0.024 0.184 0.161 0.169 0.109 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.246 0.041 0.030 0.010 0.001 31 R 0.001 0.001 0.004 0.004 0.008 0.006 0.440 0.040 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.205 0.061 0.065 0.147 0.001 32 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.240 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.087 0.543 0.052 0.048 0.001 33 L 0.001 0.001 0.008 0.003 0.002 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.006 0.051 0.078 0.332 0.493 0.001 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.063 0.024 0.220 0.639 0.001 35 R 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.014 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.012 0.710 0.012 0.042 0.035 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.035 0.706 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.235 0.002 0.003 0.009 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.052 0.899 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.002 0.001 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.957 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.881 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.101 0.002 0.001 0.002 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.975 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.944 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.938 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.021 0.947 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 0.940 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.010 0.002 0.002 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.918 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.005 0.003 0.004 0.001 48 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.100 0.728 0.035 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.080 0.013 0.004 0.006 0.001 49 N 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.027 0.356 0.311 0.068 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.118 0.043 0.020 0.020 0.001 50 Q 0.001 0.001 0.006 0.005 0.014 0.006 0.189 0.120 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.186 0.199 0.103 0.142 0.001 51 S 0.001 0.001 0.005 0.003 0.014 0.007 0.113 0.091 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.014 0.201 0.196 0.177 0.162 0.001 52 Q 0.001 0.001 0.011 0.007 0.015 0.013 0.051 0.117 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.009 0.418 0.079 0.130 0.125 0.001 53 T 0.001 0.001 0.010 0.006 0.017 0.013 0.097 0.376 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.010 0.216 0.034 0.065 0.137 0.001 54 A 0.001 0.001 0.005 0.005 0.033 0.012 0.165 0.406 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.177 0.066 0.045 0.050 0.001 55 R 0.001 0.001 0.011 0.015 0.019 0.017 0.206 0.195 0.019 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.010 0.292 0.064 0.067 0.037 0.001 56 T 0.001 0.002 0.015 0.016 0.038 0.011 0.316 0.125 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.017 0.210 0.048 0.039 0.136 0.001 57 S 0.002 0.003 0.012 0.011 0.043 0.014 0.348 0.046 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.017 0.123 0.191 0.082 0.072 0.001 58 V 0.002 0.002 0.032 0.028 0.035 0.004 0.024 0.031 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.023 0.167 0.056 0.240 0.301 0.001 59 P 0.003 0.005 0.026 0.011 0.092 0.006 0.064 0.102 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.034 0.035 0.380 0.029 0.053 0.145 0.002 60 G 0.007 0.009 0.032 0.029 0.040 0.033 0.236 0.257 0.004 0.001 0.005 0.004 0.008 0.012 0.046 0.041 0.065 0.071 0.051 0.045 0.004 61 I 0.012 0.014 0.033 0.031 0.124 0.006 0.082 0.154 0.006 0.002 0.007 0.008 0.010 0.021 0.085 0.059 0.130 0.064 0.083 0.066 0.004 62 W 0.016 0.015 0.077 0.097 0.061 0.010 0.083 0.074 0.013 0.005 0.007 0.007 0.010 0.016 0.128 0.040 0.120 0.035 0.117 0.065 0.004 63 Q 0.010 0.011 0.035 0.047 0.109 0.011 0.105 0.029 0.011 0.004 0.002 0.002 0.005 0.006 0.042 0.038 0.310 0.050 0.044 0.128 0.002 64 G 0.003 0.005 0.016 0.024 0.069 0.007 0.323 0.015 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.028 0.030 0.098 0.121 0.119 0.127 0.001 65 C 0.002 0.002 0.032 0.020 0.062 0.002 0.072 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.046 0.119 0.150 0.168 0.269 0.001 66 E 0.002 0.002 0.049 0.030 0.040 0.005 0.056 0.020 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.038 0.023 0.139 0.079 0.241 0.268 0.001 67 E 0.003 0.002 0.024 0.021 0.091 0.007 0.065 0.033 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.004 0.040 0.054 0.269 0.113 0.141 0.121 0.001 68 D 0.004 0.005 0.058 0.038 0.031 0.006 0.128 0.105 0.002 0.001 0.002 0.002 0.005 0.005 0.072 0.031 0.151 0.058 0.119 0.177 0.001 69 G 0.003 0.005 0.011 0.014 0.150 0.003 0.058 0.144 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.008 0.032 0.086 0.127 0.165 0.081 0.101 0.001 70 V 0.005 0.007 0.038 0.032 0.024 0.006 0.037 0.427 0.003 0.001 0.002 0.002 0.004 0.008 0.092 0.017 0.165 0.027 0.044 0.059 0.001 71 E 0.003 0.005 0.007 0.009 0.025 0.010 0.022 0.765 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.008 0.085 0.011 0.009 0.020 0.001 72 Y 0.002 0.003 0.003 0.005 0.020 0.005 0.032 0.851 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.034 0.008 0.006 0.013 0.001 73 Q 0.001 0.002 0.001 0.002 0.009 0.001 0.015 0.910 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.035 0.005 0.003 0.007 0.001 74 R 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.022 0.905 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.002 0.001 0.002 0.001 75 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.041 0.896 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.002 0.001 76 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.002 0.047 0.830 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.016 0.006 0.018 0.001 77 R 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.004 0.048 0.747 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.114 0.018 0.013 0.025 0.001 78 E 0.001 0.001 0.004 0.004 0.007 0.029 0.054 0.693 0.023 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.011 0.006 0.014 0.001 79 E 0.001 0.001 0.003 0.004 0.019 0.011 0.171 0.650 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.077 0.017 0.010 0.019 0.001 80 W 0.001 0.003 0.007 0.008 0.052 0.003 0.120 0.472 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.099 0.082 0.052 0.074 0.001