# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.007 0.024 0.494 0.009 0.043 0.119 0.003 0.001 0.030 0.115 0.071 0.025 0.060 2 N 0.005 0.014 0.502 0.009 0.053 0.170 0.002 0.001 0.021 0.099 0.054 0.030 0.039 3 S 0.004 0.013 0.168 0.006 0.112 0.484 0.002 0.001 0.017 0.060 0.075 0.015 0.041 4 L 0.004 0.012 0.101 0.008 0.089 0.604 0.002 0.002 0.012 0.047 0.081 0.012 0.027 5 A 0.009 0.014 0.110 0.006 0.081 0.561 0.002 0.001 0.012 0.067 0.085 0.028 0.024 6 G 0.009 0.009 0.114 0.003 0.043 0.664 0.001 0.001 0.007 0.050 0.054 0.010 0.036 7 I 0.005 0.008 0.061 0.009 0.047 0.766 0.001 0.001 0.003 0.025 0.047 0.009 0.019 8 D 0.014 0.006 0.059 0.014 0.095 0.618 0.001 0.001 0.005 0.034 0.100 0.021 0.031 9 M 0.020 0.004 0.070 0.026 0.070 0.504 0.001 0.001 0.009 0.026 0.191 0.011 0.067 10 G 0.041 0.006 0.125 0.055 0.053 0.373 0.004 0.002 0.020 0.053 0.180 0.043 0.045 11 R 0.075 0.008 0.099 0.040 0.048 0.309 0.031 0.008 0.044 0.070 0.090 0.069 0.111 12 I 0.174 0.008 0.057 0.022 0.013 0.139 0.112 0.065 0.146 0.025 0.048 0.077 0.114 13 L 0.244 0.013 0.068 0.017 0.010 0.074 0.147 0.101 0.086 0.029 0.017 0.097 0.097 14 L 0.157 0.013 0.098 0.009 0.009 0.039 0.054 0.104 0.265 0.032 0.016 0.122 0.081 15 D 0.020 0.011 0.529 0.007 0.008 0.027 0.009 0.015 0.151 0.067 0.030 0.033 0.093 16 L 0.003 0.019 0.599 0.006 0.021 0.054 0.001 0.002 0.031 0.176 0.053 0.015 0.020 17 S 0.001 0.002 0.709 0.001 0.016 0.088 0.001 0.001 0.007 0.117 0.047 0.002 0.010 18 N 0.001 0.001 0.013 0.001 0.107 0.749 0.001 0.001 0.001 0.027 0.104 0.001 0.001 19 E 0.001 0.001 0.011 0.001 0.082 0.858 0.001 0.001 0.001 0.011 0.036 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.007 0.001 0.059 0.923 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 21 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.027 0.950 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.042 0.897 0.001 0.001 0.001 0.002 0.056 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.944 0.001 0.001 0.001 0.004 0.034 0.001 0.001 24 L 0.001 0.001 0.010 0.001 0.004 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.001 0.001 25 D 0.001 0.001 0.009 0.001 0.003 0.939 0.001 0.001 0.001 0.007 0.042 0.001 0.001 26 D 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 0.961 0.001 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 27 L 0.001 0.001 0.005 0.001 0.018 0.968 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 28 E 0.001 0.001 0.002 0.001 0.048 0.918 0.001 0.001 0.001 0.002 0.029 0.001 0.001 29 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.056 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.001 0.001 30 Q 0.001 0.003 0.031 0.001 0.147 0.715 0.001 0.001 0.002 0.019 0.072 0.003 0.006 31 R 0.001 0.003 0.046 0.001 0.033 0.214 0.001 0.001 0.003 0.044 0.647 0.002 0.007 32 N 0.001 0.007 0.237 0.001 0.014 0.072 0.001 0.001 0.005 0.126 0.532 0.003 0.004 33 L 0.001 0.012 0.615 0.001 0.003 0.022 0.001 0.001 0.002 0.327 0.013 0.004 0.001 34 P 0.001 0.002 0.918 0.001 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.051 0.004 0.001 0.004 35 R 0.001 0.001 0.029 0.001 0.127 0.799 0.001 0.001 0.001 0.008 0.035 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.008 0.001 0.038 0.941 0.001 0.001 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.003 0.001 0.090 0.900 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.977 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 39 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.993 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.001 0.001 48 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.018 0.953 0.001 0.001 0.001 0.002 0.023 0.001 0.001 49 N 0.001 0.002 0.016 0.001 0.027 0.765 0.001 0.001 0.002 0.018 0.163 0.001 0.004 50 Q 0.001 0.004 0.141 0.001 0.015 0.353 0.001 0.001 0.002 0.079 0.395 0.004 0.005 51 S 0.001 0.007 0.484 0.001 0.016 0.143 0.001 0.001 0.003 0.150 0.185 0.003 0.007 52 Q 0.001 0.010 0.394 0.001 0.064 0.256 0.001 0.001 0.005 0.152 0.103 0.006 0.007 53 T 0.001 0.012 0.396 0.002 0.129 0.207 0.001 0.001 0.013 0.108 0.104 0.007 0.021 54 A 0.001 0.010 0.142 0.003 0.305 0.354 0.001 0.001 0.005 0.041 0.116 0.005 0.016 55 R 0.001 0.011 0.189 0.007 0.222 0.335 0.001 0.001 0.009 0.045 0.149 0.010 0.020 56 T 0.002 0.011 0.141 0.005 0.243 0.263 0.001 0.001 0.009 0.088 0.199 0.019 0.020 57 S 0.006 0.025 0.269 0.007 0.067 0.174 0.002 0.002 0.016 0.115 0.241 0.023 0.052 58 V 0.016 0.027 0.430 0.010 0.034 0.090 0.002 0.002 0.014 0.185 0.079 0.070 0.042 59 P 0.022 0.019 0.312 0.024 0.040 0.107 0.003 0.002 0.017 0.145 0.194 0.037 0.078 60 G 0.047 0.023 0.228 0.023 0.098 0.122 0.006 0.005 0.027 0.085 0.157 0.078 0.100 61 I 0.113 0.024 0.202 0.022 0.056 0.154 0.016 0.008 0.026 0.051 0.078 0.068 0.184 62 W 0.174 0.035 0.139 0.016 0.062 0.092 0.019 0.010 0.029 0.051 0.057 0.155 0.160 63 Q 0.074 0.025 0.159 0.029 0.035 0.086 0.008 0.003 0.022 0.098 0.183 0.114 0.164 64 G 0.014 0.014 0.228 0.016 0.015 0.041 0.001 0.001 0.008 0.187 0.363 0.043 0.069 65 C 0.006 0.018 0.373 0.010 0.020 0.033 0.001 0.001 0.006 0.254 0.203 0.030 0.047 66 E 0.004 0.016 0.384 0.006 0.026 0.073 0.001 0.001 0.007 0.240 0.158 0.045 0.039 67 E 0.007 0.018 0.258 0.018 0.053 0.166 0.001 0.001 0.010 0.149 0.246 0.016 0.058 68 D 0.010 0.021 0.286 0.015 0.031 0.167 0.003 0.001 0.011 0.192 0.143 0.086 0.035 69 G 0.015 0.030 0.270 0.004 0.018 0.340 0.004 0.001 0.021 0.062 0.031 0.019 0.185 70 V 0.008 0.008 0.081 0.004 0.011 0.797 0.002 0.001 0.009 0.018 0.009 0.036 0.016 71 E 0.003 0.003 0.027 0.003 0.023 0.887 0.001 0.001 0.003 0.009 0.018 0.003 0.020 72 Y 0.003 0.001 0.012 0.001 0.024 0.931 0.001 0.001 0.001 0.004 0.015 0.002 0.006 73 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.007 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.002 74 R 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.971 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 75 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 0.961 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.001 0.002 76 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.008 0.959 0.001 0.001 0.001 0.002 0.024 0.001 0.002 77 R 0.001 0.001 0.006 0.001 0.029 0.920 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.001 0.002 78 E 0.001 0.001 0.008 0.001 0.022 0.891 0.001 0.001 0.001 0.006 0.067 0.001 0.002 79 E 0.002 0.004 0.067 0.002 0.040 0.731 0.001 0.001 0.002 0.030 0.102 0.005 0.015 80 W 0.002 0.009 0.340 0.003 0.028 0.389 0.001 0.001 0.006 0.083 0.105 0.012 0.021