# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.055 0.063 0.196 0.216 0.008 0.050 0.017 0.019 0.005 0.003 0.049 0.064 0.214 0.007 0.018 0.017 2 N 0.015 0.047 0.089 0.155 0.007 0.213 0.011 0.013 0.010 0.009 0.047 0.072 0.276 0.003 0.008 0.023 3 S 0.022 0.032 0.040 0.136 0.012 0.080 0.008 0.009 0.007 0.003 0.233 0.044 0.349 0.005 0.004 0.017 4 L 0.010 0.049 0.043 0.081 0.093 0.035 0.093 0.008 0.004 0.003 0.068 0.179 0.152 0.169 0.007 0.006 5 A 0.004 0.024 0.046 0.063 0.001 0.027 0.012 0.051 0.002 0.001 0.035 0.085 0.411 0.003 0.221 0.014 6 G 0.005 0.008 0.030 0.055 0.005 0.026 0.017 0.002 0.046 0.023 0.037 0.028 0.558 0.006 0.003 0.151 7 I 0.132 0.023 0.039 0.061 0.006 0.019 0.016 0.008 0.002 0.001 0.055 0.056 0.544 0.017 0.011 0.009 8 D 0.004 0.061 0.072 0.073 0.007 0.054 0.041 0.010 0.011 0.003 0.024 0.074 0.481 0.037 0.016 0.030 9 M 0.023 0.050 0.104 0.262 0.001 0.022 0.016 0.020 0.011 0.001 0.045 0.024 0.317 0.008 0.050 0.047 10 G 0.036 0.069 0.195 0.261 0.001 0.025 0.010 0.003 0.015 0.007 0.008 0.036 0.255 0.003 0.010 0.066 11 R 0.046 0.030 0.267 0.471 0.002 0.036 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.108 0.003 0.001 0.020 12 I 0.014 0.051 0.227 0.629 0.003 0.027 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.032 0.001 0.001 0.005 13 L 0.003 0.029 0.122 0.658 0.060 0.059 0.022 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.022 0.011 0.001 0.004 14 L 0.003 0.030 0.042 0.844 0.005 0.017 0.002 0.020 0.001 0.001 0.009 0.003 0.014 0.001 0.006 0.003 15 D 0.003 0.036 0.033 0.384 0.017 0.419 0.002 0.004 0.025 0.011 0.007 0.011 0.020 0.001 0.001 0.028 16 L 0.066 0.150 0.055 0.304 0.022 0.109 0.005 0.014 0.002 0.003 0.184 0.034 0.042 0.002 0.001 0.006 17 S 0.001 0.011 0.002 0.003 0.002 0.859 0.001 0.003 0.001 0.001 0.029 0.074 0.014 0.001 0.001 0.001 18 N 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.951 0.013 0.029 0.001 0.001 0.001 19 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.938 0.047 0.001 0.001 0.001 20 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.030 0.955 0.001 0.002 0.002 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.991 0.001 0.001 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.988 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.983 0.001 0.001 0.007 24 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.989 0.003 0.001 0.002 25 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.978 0.003 0.004 0.005 26 D 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.947 0.009 0.003 0.023 27 L 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.012 0.936 0.006 0.013 0.007 28 E 0.001 0.003 0.008 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.942 0.003 0.009 0.011 29 V 0.001 0.002 0.006 0.015 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.906 0.016 0.004 0.027 30 Q 0.003 0.003 0.019 0.005 0.011 0.010 0.095 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.340 0.472 0.009 0.021 31 R 0.003 0.016 0.020 0.018 0.001 0.005 0.008 0.065 0.001 0.001 0.018 0.009 0.214 0.013 0.551 0.057 32 N 0.004 0.018 0.031 0.012 0.001 0.004 0.002 0.001 0.031 0.002 0.001 0.003 0.016 0.002 0.003 0.870 33 L 0.616 0.015 0.299 0.022 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.016 0.001 0.003 0.016 34 P 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 35 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.990 0.007 0.001 0.001 0.001 37 D 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.956 0.001 0.003 0.006 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.990 0.001 0.001 0.002 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.993 0.003 0.001 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.996 0.002 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.002 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.988 0.002 0.001 0.005 47 L 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.009 0.002 0.005 48 I 0.001 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.717 0.190 0.010 0.023 49 N 0.004 0.007 0.026 0.006 0.001 0.004 0.023 0.006 0.002 0.001 0.005 0.006 0.577 0.050 0.189 0.095 50 Q 0.020 0.020 0.083 0.014 0.001 0.010 0.020 0.003 0.011 0.005 0.015 0.013 0.320 0.015 0.041 0.409 51 S 0.267 0.041 0.114 0.024 0.002 0.083 0.018 0.003 0.005 0.002 0.027 0.033 0.268 0.007 0.022 0.084 52 Q 0.067 0.080 0.220 0.076 0.003 0.059 0.014 0.005 0.003 0.001 0.170 0.050 0.195 0.008 0.009 0.040 53 T 0.018 0.097 0.155 0.121 0.008 0.141 0.017 0.005 0.003 0.001 0.053 0.201 0.147 0.009 0.011 0.014 54 A 0.008 0.057 0.079 0.101 0.007 0.090 0.027 0.008 0.004 0.001 0.156 0.069 0.339 0.009 0.013 0.031 55 R 0.010 0.048 0.069 0.081 0.010 0.077 0.037 0.013 0.008 0.003 0.070 0.190 0.309 0.038 0.015 0.022 56 T 0.015 0.066 0.105 0.105 0.003 0.031 0.015 0.024 0.008 0.002 0.050 0.077 0.381 0.007 0.071 0.040 57 S 0.015 0.053 0.222 0.230 0.004 0.014 0.007 0.003 0.028 0.002 0.010 0.019 0.093 0.003 0.004 0.291 58 V 0.063 0.004 0.177 0.062 0.164 0.082 0.194 0.003 0.001 0.003 0.013 0.007 0.051 0.166 0.003 0.007 59 P 0.006 0.150 0.171 0.156 0.005 0.038 0.005 0.259 0.001 0.001 0.028 0.014 0.059 0.003 0.096 0.007 60 G 0.007 0.021 0.012 0.384 0.010 0.097 0.006 0.005 0.144 0.077 0.058 0.037 0.081 0.002 0.003 0.057 61 I 0.246 0.043 0.133 0.152 0.022 0.037 0.008 0.013 0.005 0.003 0.094 0.068 0.155 0.004 0.007 0.010 62 W 0.004 0.039 0.066 0.115 0.331 0.082 0.100 0.010 0.005 0.006 0.021 0.046 0.042 0.122 0.003 0.007 63 Q 0.011 0.049 0.076 0.135 0.011 0.048 0.021 0.283 0.005 0.002 0.050 0.022 0.073 0.006 0.194 0.012 64 G 0.008 0.036 0.048 0.066 0.013 0.070 0.025 0.017 0.211 0.146 0.047 0.051 0.086 0.012 0.012 0.151 65 C 0.451 0.059 0.056 0.053 0.006 0.031 0.010 0.023 0.011 0.007 0.070 0.042 0.134 0.004 0.021 0.022 66 E 0.031 0.098 0.245 0.049 0.019 0.222 0.017 0.012 0.020 0.011 0.045 0.083 0.086 0.008 0.005 0.049 67 E 0.032 0.030 0.091 0.042 0.064 0.119 0.126 0.017 0.003 0.005 0.230 0.060 0.075 0.087 0.011 0.007 68 D 0.007 0.136 0.061 0.051 0.001 0.087 0.006 0.115 0.006 0.004 0.055 0.251 0.126 0.001 0.083 0.010 69 G 0.020 0.008 0.021 0.073 0.001 0.025 0.004 0.001 0.044 0.029 0.234 0.087 0.390 0.001 0.001 0.060 70 V 0.044 0.007 0.032 0.020 0.003 0.030 0.004 0.001 0.001 0.001 0.063 0.256 0.532 0.004 0.002 0.002 71 E 0.001 0.013 0.018 0.048 0.001 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 0.029 0.099 0.766 0.002 0.004 0.003 72 Y 0.001 0.001 0.002 0.020 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.033 0.908 0.001 0.002 0.003 73 Q 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.020 0.017 0.947 0.001 0.001 0.002 74 R 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.017 0.959 0.002 0.002 0.002 75 K 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.949 0.004 0.002 0.015 76 L 0.001 0.002 0.007 0.006 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.941 0.003 0.006 0.013 77 R 0.001 0.002 0.009 0.002 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.950 0.002 0.003 0.011 78 E 0.003 0.005 0.015 0.015 0.001 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.032 0.007 0.870 0.017 0.004 0.019 79 E 0.004 0.016 0.037 0.016 0.003 0.015 0.044 0.002 0.001 0.001 0.010 0.069 0.619 0.105 0.028 0.030 80 W 0.003 0.012 0.043 0.022 0.001 0.012 0.036 0.006 0.001 0.001 0.016 0.015 0.665 0.011 0.104 0.051