# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.244 0.018 0.023 0.027 0.082 0.067 0.478 2 N 0.071 0.397 0.019 0.024 0.031 0.058 0.130 0.271 3 S 0.098 0.418 0.012 0.020 0.023 0.056 0.072 0.302 4 L 0.152 0.321 0.017 0.021 0.036 0.054 0.112 0.286 5 A 0.043 0.350 0.026 0.032 0.054 0.058 0.083 0.354 6 G 0.109 0.179 0.045 0.051 0.070 0.068 0.229 0.249 7 I 0.164 0.078 0.039 0.101 0.078 0.076 0.151 0.314 8 D 0.175 0.051 0.072 0.037 0.148 0.065 0.066 0.386 9 M 0.034 0.018 0.086 0.053 0.146 0.118 0.061 0.482 10 G 0.005 0.013 0.120 0.164 0.270 0.104 0.064 0.260 11 R 0.003 0.005 0.206 0.143 0.295 0.071 0.044 0.233 12 I 0.004 0.009 0.401 0.221 0.189 0.034 0.055 0.086 13 L 0.004 0.006 0.439 0.121 0.144 0.050 0.052 0.183 14 L 0.003 0.005 0.557 0.126 0.099 0.043 0.037 0.130 15 D 0.008 0.013 0.306 0.060 0.094 0.094 0.070 0.354 16 L 0.047 0.250 0.118 0.019 0.023 0.086 0.076 0.381 17 S 0.070 0.856 0.002 0.001 0.001 0.007 0.036 0.028 18 N 0.020 0.901 0.001 0.001 0.001 0.007 0.030 0.039 19 E 0.015 0.846 0.003 0.001 0.001 0.006 0.083 0.045 20 V 0.025 0.873 0.004 0.001 0.001 0.006 0.050 0.039 21 I 0.133 0.690 0.004 0.002 0.001 0.011 0.115 0.043 22 K 0.023 0.716 0.002 0.002 0.002 0.016 0.072 0.166 23 Q 0.021 0.727 0.004 0.001 0.002 0.019 0.070 0.157 24 L 0.026 0.884 0.001 0.001 0.001 0.007 0.053 0.026 25 D 0.020 0.800 0.003 0.001 0.001 0.015 0.054 0.107 26 D 0.026 0.754 0.005 0.001 0.001 0.016 0.075 0.121 27 L 0.046 0.669 0.020 0.005 0.003 0.020 0.159 0.077 28 E 0.067 0.116 0.206 0.010 0.006 0.053 0.352 0.189 29 V 0.333 0.057 0.019 0.005 0.003 0.043 0.061 0.480 30 Q 0.322 0.017 0.028 0.001 0.002 0.053 0.070 0.507 31 R 0.008 0.015 0.045 0.002 0.002 0.103 0.018 0.807 32 N 0.021 0.073 0.005 0.001 0.001 0.079 0.011 0.809 33 L 0.055 0.239 0.010 0.005 0.002 0.086 0.035 0.568 34 P 0.036 0.750 0.010 0.001 0.002 0.018 0.054 0.128 35 R 0.026 0.889 0.003 0.001 0.001 0.004 0.054 0.023 36 A 0.014 0.870 0.005 0.001 0.001 0.004 0.087 0.018 37 D 0.010 0.904 0.006 0.001 0.001 0.004 0.051 0.023 38 L 0.007 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.010 39 L 0.002 0.954 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.003 40 R 0.002 0.953 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.004 41 E 0.003 0.940 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.008 42 A 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.005 43 V 0.009 0.951 0.002 0.001 0.001 0.001 0.032 0.005 44 D 0.012 0.902 0.003 0.001 0.001 0.005 0.051 0.027 45 Q 0.015 0.297 0.019 0.002 0.002 0.025 0.567 0.073 46 Y 0.023 0.455 0.062 0.004 0.004 0.032 0.345 0.075 47 L 0.074 0.088 0.097 0.005 0.003 0.061 0.530 0.142 48 I 0.086 0.161 0.040 0.006 0.004 0.100 0.124 0.479 49 N 0.032 0.036 0.034 0.002 0.003 0.141 0.083 0.671 50 Q 0.028 0.207 0.030 0.006 0.005 0.130 0.060 0.535 51 S 0.133 0.334 0.008 0.002 0.004 0.069 0.049 0.402 52 Q 0.069 0.084 0.017 0.009 0.008 0.113 0.227 0.474 53 T 0.024 0.063 0.053 0.013 0.022 0.140 0.294 0.391 54 A 0.114 0.046 0.082 0.013 0.016 0.116 0.153 0.461 55 R 0.181 0.028 0.025 0.010 0.009 0.119 0.123 0.506 56 T 0.014 0.018 0.027 0.010 0.014 0.160 0.029 0.728 57 S 0.024 0.026 0.033 0.009 0.030 0.152 0.030 0.697 58 V 0.038 0.060 0.045 0.054 0.043 0.150 0.076 0.535 59 P 0.027 0.064 0.053 0.065 0.099 0.109 0.050 0.533 60 G 0.051 0.073 0.114 0.098 0.195 0.076 0.115 0.278 61 I 0.077 0.031 0.084 0.119 0.144 0.082 0.070 0.393 62 W 0.102 0.016 0.078 0.083 0.170 0.075 0.066 0.410 63 Q 0.059 0.014 0.052 0.064 0.121 0.085 0.033 0.572 64 G 0.040 0.009 0.025 0.028 0.055 0.127 0.038 0.677 65 C 0.055 0.023 0.025 0.038 0.039 0.130 0.044 0.646 66 E 0.265 0.121 0.008 0.014 0.021 0.080 0.050 0.440 67 E 0.054 0.054 0.008 0.010 0.012 0.135 0.034 0.693 68 D 0.009 0.231 0.020 0.022 0.037 0.102 0.083 0.496 69 G 0.012 0.742 0.015 0.017 0.035 0.024 0.064 0.090 70 V 0.010 0.843 0.009 0.033 0.013 0.008 0.058 0.025 71 E 0.009 0.821 0.013 0.025 0.021 0.009 0.059 0.043 72 Y 0.020 0.898 0.006 0.005 0.010 0.003 0.042 0.016 73 Q 0.019 0.907 0.004 0.008 0.005 0.004 0.038 0.014 74 R 0.053 0.777 0.005 0.009 0.010 0.010 0.072 0.064 75 K 0.030 0.662 0.008 0.009 0.017 0.021 0.095 0.156 76 L 0.036 0.606 0.038 0.021 0.022 0.036 0.114 0.126 77 R 0.271 0.330 0.015 0.022 0.016 0.036 0.150 0.161 78 E 0.099 0.120 0.011 0.013 0.014 0.070 0.061 0.611 79 E 0.051 0.133 0.050 0.021 0.045 0.096 0.082 0.523 80 W 0.139 0.074 0.055 0.026 0.041 0.103 0.146 0.417