# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.142 0.069 0.047 0.087 0.085 0.086 0.136 0.108 0.104 0.080 0.055 2 N 0.143 0.112 0.072 0.148 0.125 0.097 0.110 0.072 0.058 0.037 0.026 3 S 0.113 0.103 0.071 0.138 0.126 0.100 0.123 0.087 0.067 0.043 0.030 4 L 0.064 0.059 0.042 0.103 0.114 0.105 0.145 0.125 0.104 0.079 0.061 5 A 0.112 0.099 0.068 0.149 0.128 0.102 0.125 0.088 0.064 0.041 0.024 6 G 0.114 0.099 0.077 0.181 0.144 0.109 0.114 0.066 0.047 0.029 0.018 7 I 0.036 0.028 0.038 0.065 0.077 0.093 0.156 0.134 0.148 0.123 0.103 8 D 0.046 0.092 0.076 0.166 0.155 0.123 0.146 0.079 0.060 0.035 0.022 9 M 0.019 0.020 0.035 0.057 0.074 0.071 0.134 0.140 0.178 0.143 0.128 10 G 0.030 0.037 0.053 0.093 0.106 0.115 0.186 0.122 0.119 0.085 0.053 11 R 0.016 0.033 0.065 0.149 0.153 0.137 0.157 0.106 0.085 0.062 0.038 12 I 0.002 0.004 0.011 0.013 0.023 0.044 0.117 0.166 0.236 0.240 0.143 13 L 0.006 0.018 0.025 0.094 0.121 0.093 0.162 0.165 0.140 0.106 0.070 14 L 0.005 0.003 0.011 0.012 0.019 0.031 0.091 0.146 0.215 0.266 0.201 15 D 0.029 0.050 0.091 0.212 0.211 0.159 0.135 0.053 0.035 0.016 0.009 16 L 0.002 0.007 0.009 0.007 0.014 0.021 0.086 0.157 0.205 0.237 0.255 17 S 0.030 0.265 0.085 0.182 0.141 0.110 0.098 0.034 0.030 0.015 0.008 18 N 0.903 0.054 0.019 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.794 0.080 0.042 0.053 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.016 0.075 0.052 0.139 0.136 0.143 0.218 0.117 0.059 0.035 0.008 21 I 0.002 0.003 0.013 0.025 0.059 0.222 0.346 0.157 0.093 0.065 0.015 22 K 0.003 0.017 0.880 0.077 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.003 0.022 0.321 0.214 0.158 0.144 0.098 0.031 0.007 0.003 0.001 24 L 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.019 0.094 0.139 0.268 0.290 0.179 25 D 0.083 0.078 0.512 0.177 0.091 0.031 0.019 0.006 0.002 0.001 0.001 26 D 0.015 0.028 0.746 0.127 0.055 0.017 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 27 L 0.017 0.011 0.057 0.028 0.052 0.105 0.298 0.173 0.129 0.088 0.041 28 E 0.077 0.069 0.127 0.134 0.119 0.137 0.198 0.083 0.036 0.017 0.004 29 V 0.019 0.055 0.620 0.173 0.070 0.033 0.018 0.007 0.003 0.001 0.001 30 Q 0.028 0.053 0.216 0.118 0.122 0.139 0.183 0.078 0.034 0.022 0.008 31 R 0.130 0.131 0.162 0.143 0.113 0.103 0.113 0.060 0.029 0.014 0.004 32 N 0.204 0.309 0.264 0.126 0.045 0.024 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 33 L 0.156 0.061 0.113 0.130 0.142 0.118 0.144 0.070 0.035 0.021 0.011 34 P 0.533 0.262 0.090 0.063 0.024 0.012 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 35 R 0.028 0.080 0.095 0.179 0.176 0.145 0.149 0.080 0.041 0.020 0.007 36 A 0.043 0.029 0.059 0.070 0.098 0.163 0.263 0.150 0.070 0.040 0.016 37 D 0.066 0.087 0.424 0.268 0.095 0.036 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 38 L 0.005 0.006 0.033 0.033 0.071 0.104 0.259 0.221 0.126 0.083 0.060 39 L 0.001 0.002 0.008 0.009 0.018 0.018 0.065 0.120 0.244 0.289 0.228 40 R 0.003 0.006 0.091 0.081 0.148 0.229 0.264 0.087 0.054 0.028 0.009 41 E 0.008 0.025 0.705 0.169 0.060 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.009 0.010 0.027 0.066 0.243 0.244 0.179 0.141 0.079 43 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.012 0.054 0.092 0.260 0.359 0.215 44 D 0.006 0.024 0.383 0.220 0.162 0.105 0.064 0.018 0.011 0.005 0.002 45 Q 0.011 0.021 0.451 0.170 0.134 0.102 0.077 0.022 0.007 0.003 0.002 46 Y 0.001 0.002 0.011 0.010 0.018 0.047 0.158 0.172 0.225 0.203 0.153 47 L 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.031 0.102 0.135 0.245 0.280 0.184 48 I 0.010 0.020 0.271 0.162 0.155 0.144 0.133 0.047 0.031 0.019 0.007 49 N 0.012 0.041 0.352 0.163 0.123 0.125 0.110 0.037 0.019 0.012 0.004 50 Q 0.013 0.022 0.026 0.037 0.051 0.141 0.261 0.166 0.141 0.099 0.042 51 S 0.173 0.234 0.085 0.132 0.084 0.075 0.098 0.056 0.033 0.020 0.009 52 Q 0.262 0.113 0.157 0.166 0.112 0.075 0.064 0.027 0.013 0.007 0.004 53 T 0.466 0.195 0.135 0.109 0.049 0.021 0.014 0.006 0.002 0.001 0.001 54 A 0.047 0.061 0.043 0.088 0.100 0.144 0.201 0.135 0.093 0.062 0.028 55 R 0.060 0.068 0.056 0.105 0.120 0.143 0.172 0.121 0.071 0.059 0.025 56 T 0.067 0.120 0.253 0.242 0.132 0.083 0.051 0.027 0.013 0.008 0.003 57 S 0.108 0.161 0.136 0.241 0.154 0.082 0.060 0.034 0.013 0.007 0.004 58 V 0.008 0.007 0.006 0.012 0.021 0.037 0.091 0.135 0.222 0.225 0.235 59 P 0.135 0.112 0.081 0.221 0.205 0.094 0.075 0.042 0.019 0.009 0.006 60 G 0.082 0.042 0.084 0.106 0.110 0.119 0.163 0.104 0.085 0.061 0.042 61 I 0.006 0.007 0.010 0.018 0.027 0.055 0.119 0.111 0.229 0.204 0.215 62 W 0.007 0.012 0.011 0.033 0.052 0.080 0.188 0.159 0.196 0.163 0.099 63 Q 0.072 0.098 0.178 0.253 0.176 0.092 0.064 0.031 0.019 0.010 0.006 64 G 0.231 0.173 0.099 0.191 0.114 0.066 0.062 0.032 0.016 0.010 0.006 65 C 0.026 0.040 0.013 0.057 0.068 0.109 0.181 0.159 0.145 0.131 0.072 66 E 0.302 0.271 0.065 0.154 0.089 0.046 0.035 0.019 0.010 0.006 0.003 67 E 0.325 0.115 0.106 0.146 0.094 0.078 0.065 0.033 0.018 0.013 0.006 68 D 0.089 0.098 0.049 0.111 0.114 0.158 0.166 0.088 0.068 0.040 0.018 69 G 0.050 0.127 0.033 0.075 0.068 0.078 0.152 0.127 0.138 0.096 0.055 70 V 0.019 0.017 0.023 0.057 0.097 0.160 0.238 0.144 0.124 0.072 0.049 71 E 0.515 0.158 0.184 0.103 0.028 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.006 0.013 0.022 0.051 0.090 0.161 0.263 0.174 0.117 0.070 0.033 73 Q 0.003 0.007 0.013 0.028 0.045 0.070 0.186 0.201 0.205 0.154 0.087 74 R 0.063 0.048 0.349 0.201 0.132 0.095 0.075 0.021 0.010 0.004 0.001 75 K 0.015 0.042 0.625 0.190 0.084 0.027 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 76 L 0.005 0.011 0.043 0.035 0.055 0.079 0.227 0.218 0.151 0.129 0.048 77 R 0.009 0.011 0.046 0.062 0.090 0.158 0.289 0.155 0.102 0.060 0.019 78 E 0.028 0.053 0.821 0.075 0.016 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.016 0.024 0.213 0.135 0.163 0.154 0.179 0.074 0.025 0.012 0.005 80 W 0.064 0.043 0.070 0.048 0.055 0.075 0.192 0.171 0.137 0.100 0.045