# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.113 0.049 0.009 0.043 0.031 0.055 0.118 0.002 0.001 0.005 0.572 2 N 0.040 0.051 0.003 0.034 0.030 0.042 0.175 0.002 0.001 0.003 0.619 3 S 0.063 0.053 0.004 0.025 0.017 0.028 0.118 0.002 0.001 0.003 0.688 4 L 0.054 0.175 0.006 0.029 0.018 0.039 0.196 0.002 0.001 0.005 0.476 5 A 0.052 0.178 0.005 0.018 0.015 0.032 0.314 0.002 0.001 0.006 0.377 6 G 0.102 0.339 0.007 0.017 0.014 0.028 0.136 0.006 0.001 0.005 0.346 7 I 0.050 0.721 0.021 0.011 0.014 0.019 0.031 0.007 0.001 0.002 0.122 8 D 0.028 0.743 0.007 0.012 0.017 0.027 0.033 0.007 0.001 0.001 0.126 9 M 0.052 0.561 0.007 0.036 0.038 0.044 0.041 0.012 0.001 0.002 0.207 10 G 0.058 0.481 0.013 0.064 0.105 0.120 0.029 0.014 0.001 0.003 0.114 11 R 0.056 0.405 0.030 0.082 0.082 0.093 0.056 0.011 0.001 0.002 0.182 12 I 0.036 0.218 0.028 0.216 0.166 0.157 0.031 0.010 0.001 0.001 0.136 13 L 0.025 0.158 0.022 0.169 0.160 0.252 0.024 0.008 0.001 0.002 0.182 14 L 0.021 0.096 0.006 0.296 0.210 0.182 0.029 0.008 0.001 0.002 0.150 15 D 0.038 0.037 0.017 0.134 0.129 0.166 0.072 0.011 0.001 0.005 0.391 16 L 0.028 0.065 0.025 0.121 0.063 0.121 0.214 0.005 0.001 0.006 0.353 17 S 0.003 0.006 0.001 0.009 0.004 0.012 0.686 0.001 0.001 0.003 0.275 18 N 0.060 0.012 0.002 0.004 0.002 0.004 0.164 0.001 0.001 0.011 0.741 19 E 0.020 0.066 0.003 0.002 0.001 0.002 0.392 0.001 0.001 0.011 0.504 20 V 0.120 0.232 0.002 0.001 0.001 0.001 0.470 0.001 0.001 0.003 0.168 21 I 0.034 0.882 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.003 0.001 0.001 0.064 22 K 0.005 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.025 23 Q 0.022 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.001 0.049 24 L 0.063 0.887 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.035 25 D 0.022 0.882 0.005 0.001 0.001 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.076 26 D 0.023 0.783 0.011 0.001 0.001 0.001 0.020 0.008 0.001 0.001 0.154 27 L 0.066 0.830 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.001 0.001 0.083 28 E 0.022 0.884 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.001 0.001 0.071 29 V 0.018 0.918 0.012 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.034 30 Q 0.053 0.875 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.025 0.001 0.001 0.038 31 R 0.087 0.816 0.011 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.001 0.001 0.043 32 N 0.262 0.313 0.046 0.007 0.003 0.005 0.012 0.123 0.001 0.002 0.227 33 L 0.381 0.129 0.208 0.007 0.008 0.005 0.024 0.030 0.001 0.003 0.206 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 35 R 0.021 0.008 0.012 0.014 0.012 0.055 0.175 0.001 0.001 0.003 0.699 36 A 0.112 0.025 0.001 0.008 0.002 0.008 0.105 0.001 0.001 0.009 0.731 37 D 0.100 0.073 0.001 0.013 0.001 0.003 0.153 0.001 0.001 0.001 0.654 38 L 0.180 0.398 0.007 0.010 0.001 0.002 0.057 0.002 0.001 0.001 0.343 39 L 0.022 0.751 0.001 0.005 0.001 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.202 40 R 0.017 0.771 0.001 0.003 0.001 0.001 0.010 0.003 0.001 0.001 0.194 41 E 0.021 0.798 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.001 0.001 0.165 42 A 0.011 0.956 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.024 43 V 0.003 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.018 44 D 0.003 0.968 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.023 45 Q 0.006 0.969 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.021 46 Y 0.008 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.011 47 L 0.005 0.979 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.006 48 I 0.011 0.956 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.014 49 N 0.081 0.834 0.007 0.002 0.001 0.001 0.002 0.042 0.001 0.001 0.030 50 Q 0.259 0.585 0.019 0.002 0.002 0.002 0.005 0.067 0.001 0.001 0.058 51 S 0.146 0.183 0.072 0.006 0.004 0.007 0.044 0.043 0.001 0.002 0.493 52 Q 0.074 0.073 0.081 0.011 0.004 0.008 0.098 0.010 0.001 0.003 0.638 53 T 0.032 0.042 0.007 0.008 0.003 0.005 0.262 0.002 0.001 0.004 0.634 54 A 0.108 0.067 0.008 0.010 0.007 0.010 0.135 0.002 0.001 0.005 0.648 55 R 0.132 0.195 0.013 0.020 0.012 0.024 0.130 0.005 0.001 0.009 0.462 56 T 0.162 0.211 0.013 0.018 0.012 0.023 0.129 0.006 0.001 0.008 0.417 57 S 0.250 0.192 0.019 0.028 0.009 0.019 0.066 0.014 0.001 0.006 0.397 58 V 0.313 0.212 0.028 0.030 0.028 0.026 0.051 0.009 0.001 0.004 0.300 59 P 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.978 60 G 0.059 0.027 0.007 0.067 0.096 0.176 0.094 0.003 0.001 0.004 0.468 61 I 0.272 0.116 0.019 0.089 0.038 0.051 0.093 0.004 0.001 0.008 0.310 62 W 0.059 0.151 0.007 0.135 0.084 0.160 0.071 0.004 0.001 0.003 0.327 63 Q 0.098 0.097 0.020 0.111 0.081 0.168 0.062 0.006 0.001 0.009 0.348 64 G 0.137 0.049 0.005 0.123 0.038 0.072 0.078 0.007 0.001 0.011 0.481 65 C 0.258 0.029 0.020 0.043 0.040 0.048 0.089 0.005 0.001 0.007 0.461 66 E 0.028 0.011 0.006 0.045 0.019 0.029 0.137 0.001 0.001 0.002 0.723 67 E 0.026 0.015 0.006 0.041 0.043 0.061 0.177 0.001 0.001 0.007 0.623 68 D 0.082 0.035 0.006 0.027 0.048 0.056 0.222 0.001 0.001 0.019 0.505 69 G 0.114 0.060 0.007 0.024 0.022 0.034 0.254 0.001 0.001 0.009 0.476 70 V 0.052 0.164 0.017 0.057 0.043 0.076 0.319 0.001 0.001 0.005 0.264 71 E 0.011 0.140 0.001 0.022 0.038 0.056 0.225 0.001 0.001 0.002 0.503 72 Y 0.016 0.250 0.002 0.012 0.020 0.039 0.119 0.001 0.001 0.002 0.539 73 Q 0.035 0.660 0.003 0.009 0.014 0.035 0.070 0.003 0.001 0.002 0.169 74 R 0.021 0.861 0.004 0.002 0.005 0.009 0.021 0.003 0.001 0.001 0.074 75 K 0.021 0.875 0.002 0.002 0.002 0.004 0.012 0.005 0.001 0.001 0.076 76 L 0.048 0.879 0.003 0.001 0.002 0.003 0.008 0.009 0.001 0.001 0.047 77 R 0.050 0.864 0.007 0.001 0.002 0.004 0.006 0.017 0.001 0.001 0.048 78 E 0.041 0.818 0.021 0.001 0.003 0.005 0.007 0.017 0.001 0.001 0.087 79 E 0.110 0.614 0.017 0.003 0.004 0.007 0.023 0.026 0.001 0.001 0.195 80 W 0.230 0.504 0.028 0.003 0.006 0.009 0.019 0.030 0.001 0.002 0.168