# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.062 0.057 0.066 0.038 0.067 0.062 0.008 0.640 2 N 0.049 0.052 0.056 0.056 0.087 0.170 0.008 0.523 3 S 0.068 0.070 0.047 0.027 0.047 0.104 0.008 0.629 4 L 0.076 0.172 0.072 0.031 0.061 0.145 0.012 0.432 5 A 0.067 0.163 0.035 0.031 0.040 0.286 0.010 0.368 6 G 0.101 0.248 0.045 0.016 0.039 0.115 0.019 0.418 7 I 0.146 0.362 0.078 0.053 0.078 0.044 0.015 0.224 8 D 0.032 0.480 0.049 0.053 0.049 0.077 0.009 0.251 9 M 0.058 0.498 0.040 0.033 0.077 0.056 0.023 0.215 10 G 0.145 0.422 0.053 0.060 0.121 0.026 0.033 0.138 11 R 0.069 0.245 0.099 0.208 0.132 0.059 0.018 0.171 12 I 0.057 0.274 0.155 0.119 0.125 0.038 0.016 0.215 13 L 0.034 0.195 0.188 0.165 0.275 0.010 0.009 0.124 14 L 0.033 0.130 0.371 0.116 0.153 0.057 0.004 0.136 15 D 0.065 0.082 0.118 0.116 0.134 0.058 0.015 0.413 16 L 0.067 0.096 0.163 0.038 0.110 0.162 0.014 0.349 17 S 0.005 0.009 0.003 0.001 0.002 0.806 0.003 0.172 18 N 0.038 0.014 0.002 0.001 0.001 0.215 0.012 0.717 19 E 0.029 0.066 0.008 0.001 0.001 0.326 0.004 0.565 20 V 0.023 0.373 0.006 0.001 0.001 0.441 0.003 0.153 21 I 0.034 0.842 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.111 22 K 0.014 0.975 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 23 Q 0.101 0.840 0.001 0.001 0.001 0.003 0.020 0.034 24 L 0.072 0.895 0.002 0.001 0.001 0.002 0.012 0.016 25 D 0.028 0.839 0.006 0.001 0.001 0.020 0.023 0.083 26 D 0.053 0.562 0.018 0.001 0.001 0.015 0.021 0.329 27 L 0.045 0.660 0.031 0.001 0.001 0.066 0.013 0.182 28 E 0.053 0.677 0.007 0.003 0.002 0.091 0.009 0.159 29 V 0.065 0.846 0.015 0.001 0.002 0.009 0.008 0.054 30 Q 0.074 0.834 0.033 0.002 0.002 0.003 0.009 0.043 31 R 0.049 0.798 0.022 0.005 0.004 0.011 0.017 0.093 32 N 0.214 0.391 0.012 0.003 0.006 0.017 0.075 0.280 33 L 0.346 0.185 0.066 0.009 0.008 0.046 0.038 0.302 34 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.990 35 R 0.015 0.021 0.012 0.004 0.009 0.091 0.002 0.846 36 A 0.071 0.206 0.044 0.002 0.004 0.119 0.002 0.553 37 D 0.036 0.340 0.003 0.001 0.001 0.154 0.002 0.464 38 L 0.039 0.850 0.002 0.001 0.001 0.029 0.001 0.077 39 L 0.027 0.933 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.032 40 R 0.012 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.014 41 E 0.005 0.968 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.021 42 A 0.003 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 43 V 0.003 0.987 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 44 D 0.019 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 45 Q 0.007 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 46 Y 0.069 0.863 0.002 0.001 0.001 0.002 0.036 0.029 47 L 0.017 0.926 0.033 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 48 I 0.039 0.819 0.066 0.006 0.005 0.008 0.013 0.044 49 N 0.147 0.656 0.011 0.006 0.005 0.010 0.031 0.134 50 Q 0.189 0.474 0.032 0.004 0.005 0.030 0.055 0.211 51 S 0.160 0.187 0.054 0.007 0.006 0.124 0.055 0.407 52 Q 0.081 0.071 0.054 0.012 0.012 0.098 0.021 0.652 53 T 0.052 0.055 0.024 0.012 0.011 0.291 0.008 0.547 54 A 0.127 0.154 0.035 0.011 0.018 0.139 0.011 0.505 55 R 0.137 0.279 0.033 0.009 0.020 0.079 0.012 0.430 56 T 0.157 0.285 0.027 0.019 0.021 0.163 0.020 0.307 57 S 0.384 0.135 0.013 0.004 0.010 0.043 0.071 0.339 58 V 0.427 0.129 0.069 0.023 0.030 0.043 0.035 0.244 59 P 0.001 0.003 0.003 0.001 0.002 0.014 0.001 0.975 60 G 0.034 0.016 0.017 0.027 0.050 0.136 0.009 0.711 61 I 0.518 0.046 0.120 0.038 0.041 0.048 0.008 0.181 62 W 0.044 0.170 0.125 0.159 0.109 0.060 0.006 0.327 63 Q 0.049 0.098 0.041 0.066 0.167 0.065 0.010 0.504 64 G 0.131 0.064 0.033 0.026 0.048 0.051 0.019 0.629 65 C 0.105 0.041 0.045 0.047 0.072 0.078 0.028 0.584 66 E 0.055 0.024 0.041 0.029 0.036 0.119 0.012 0.685 67 E 0.052 0.035 0.038 0.022 0.033 0.121 0.011 0.688 68 D 0.132 0.052 0.038 0.033 0.049 0.157 0.016 0.522 69 G 0.138 0.070 0.048 0.011 0.024 0.193 0.013 0.502 70 V 0.066 0.145 0.070 0.053 0.070 0.167 0.006 0.424 71 E 0.010 0.117 0.016 0.016 0.025 0.331 0.002 0.483 72 Y 0.022 0.283 0.015 0.014 0.032 0.183 0.003 0.448 73 Q 0.012 0.836 0.021 0.004 0.017 0.029 0.002 0.078 74 R 0.013 0.902 0.006 0.003 0.006 0.010 0.002 0.058 75 K 0.010 0.943 0.002 0.001 0.002 0.003 0.002 0.036 76 L 0.014 0.963 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 77 R 0.026 0.937 0.002 0.001 0.002 0.002 0.009 0.021 78 E 0.025 0.909 0.008 0.001 0.002 0.006 0.011 0.039 79 E 0.075 0.758 0.009 0.003 0.002 0.020 0.045 0.088 80 W 0.185 0.651 0.023 0.005 0.005 0.007 0.033 0.092