# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.308 0.261 0.228 0.091 0.042 0.027 0.015 0.002 0.022 0.002 0.001 2 N 0.346 0.139 0.244 0.097 0.046 0.059 0.031 0.007 0.022 0.007 0.002 3 S 0.603 0.087 0.145 0.078 0.037 0.021 0.012 0.003 0.010 0.003 0.001 4 L 0.697 0.102 0.089 0.069 0.008 0.015 0.006 0.001 0.012 0.001 0.001 5 A 0.617 0.093 0.117 0.099 0.019 0.010 0.027 0.002 0.014 0.001 0.001 6 G 0.399 0.039 0.112 0.051 0.100 0.027 0.066 0.134 0.009 0.061 0.002 7 I 0.682 0.155 0.104 0.030 0.006 0.010 0.006 0.001 0.006 0.001 0.001 8 D 0.543 0.072 0.155 0.096 0.036 0.049 0.023 0.007 0.012 0.006 0.001 9 M 0.469 0.121 0.104 0.219 0.040 0.014 0.013 0.002 0.017 0.001 0.001 10 G 0.586 0.072 0.125 0.061 0.078 0.015 0.027 0.018 0.006 0.010 0.001 11 R 0.403 0.396 0.089 0.036 0.036 0.013 0.010 0.001 0.018 0.001 0.001 12 I 0.201 0.576 0.140 0.013 0.036 0.014 0.002 0.001 0.019 0.001 0.001 13 L 0.145 0.496 0.199 0.033 0.018 0.083 0.011 0.001 0.014 0.001 0.001 14 L 0.110 0.658 0.106 0.027 0.046 0.033 0.005 0.001 0.014 0.001 0.001 15 D 0.052 0.120 0.414 0.032 0.030 0.274 0.034 0.002 0.034 0.004 0.003 16 L 0.223 0.146 0.366 0.119 0.043 0.057 0.006 0.001 0.033 0.004 0.002 17 S 0.557 0.035 0.247 0.071 0.016 0.033 0.010 0.001 0.020 0.009 0.001 18 N 0.922 0.002 0.019 0.050 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.956 0.006 0.014 0.018 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.942 0.003 0.004 0.049 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.995 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.989 0.004 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.958 0.005 0.008 0.021 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.968 0.001 0.008 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 25 D 0.959 0.004 0.009 0.015 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.932 0.002 0.004 0.056 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.914 0.001 0.004 0.080 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 28 E 0.970 0.009 0.008 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.930 0.011 0.008 0.044 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.802 0.027 0.060 0.087 0.004 0.006 0.004 0.001 0.009 0.001 0.001 31 R 0.640 0.029 0.062 0.221 0.006 0.006 0.026 0.002 0.006 0.001 0.001 32 N 0.088 0.022 0.058 0.268 0.022 0.038 0.409 0.081 0.004 0.009 0.001 33 L 0.079 0.240 0.525 0.024 0.045 0.026 0.008 0.002 0.047 0.005 0.001 34 P 0.276 0.007 0.621 0.021 0.002 0.057 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 35 R 0.815 0.024 0.070 0.049 0.006 0.026 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 36 A 0.989 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 D 0.993 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.995 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 39 L 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 40 R 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 43 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 44 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.987 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.987 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 L 0.988 0.002 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 I 0.963 0.003 0.005 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.440 0.006 0.007 0.517 0.006 0.004 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 50 Q 0.404 0.039 0.071 0.313 0.013 0.011 0.118 0.011 0.018 0.002 0.001 51 S 0.457 0.048 0.159 0.169 0.014 0.023 0.100 0.011 0.011 0.007 0.001 52 Q 0.496 0.080 0.209 0.134 0.017 0.022 0.025 0.005 0.007 0.004 0.001 53 T 0.541 0.107 0.200 0.090 0.012 0.030 0.007 0.002 0.010 0.001 0.001 54 A 0.685 0.078 0.114 0.072 0.013 0.020 0.006 0.001 0.010 0.001 0.001 55 R 0.855 0.042 0.053 0.031 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.001 0.001 56 T 0.780 0.052 0.050 0.092 0.007 0.007 0.007 0.001 0.004 0.001 0.001 57 S 0.443 0.064 0.086 0.284 0.038 0.018 0.044 0.009 0.011 0.002 0.001 58 V 0.296 0.214 0.332 0.034 0.023 0.022 0.011 0.002 0.063 0.003 0.001 59 P 0.461 0.046 0.357 0.079 0.005 0.015 0.019 0.001 0.006 0.002 0.007 60 G 0.194 0.032 0.070 0.046 0.250 0.013 0.021 0.263 0.007 0.104 0.001 61 I 0.456 0.225 0.213 0.053 0.013 0.020 0.004 0.001 0.013 0.001 0.002 62 W 0.240 0.270 0.212 0.130 0.052 0.041 0.017 0.003 0.031 0.002 0.003 63 Q 0.182 0.290 0.212 0.118 0.097 0.016 0.036 0.006 0.029 0.009 0.002 64 G 0.107 0.051 0.168 0.091 0.106 0.044 0.125 0.184 0.014 0.102 0.008 65 C 0.176 0.210 0.312 0.118 0.075 0.035 0.023 0.007 0.032 0.008 0.002 66 E 0.315 0.113 0.346 0.102 0.027 0.041 0.031 0.004 0.012 0.005 0.004 67 E 0.621 0.124 0.146 0.065 0.016 0.013 0.003 0.001 0.009 0.002 0.001 68 D 0.424 0.063 0.163 0.281 0.011 0.021 0.024 0.002 0.009 0.001 0.001 69 G 0.512 0.026 0.060 0.046 0.122 0.022 0.029 0.129 0.003 0.051 0.001 70 V 0.879 0.061 0.035 0.012 0.001 0.006 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 71 E 0.938 0.019 0.029 0.006 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.882 0.013 0.014 0.068 0.010 0.008 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 73 Q 0.975 0.002 0.006 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 R 0.985 0.005 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.976 0.003 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.899 0.002 0.010 0.085 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 77 R 0.960 0.005 0.014 0.011 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.932 0.009 0.013 0.036 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.809 0.024 0.034 0.120 0.002 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 80 W 0.600 0.059 0.119 0.151 0.014 0.020 0.015 0.003 0.016 0.001 0.001