# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.130 0.143 0.038 0.015 0.200 0.018 0.035 0.183 0.098 0.086 0.054 2 N 0.087 0.186 0.072 0.023 0.200 0.026 0.039 0.191 0.076 0.055 0.044 3 S 0.099 0.102 0.040 0.011 0.147 0.012 0.032 0.341 0.110 0.068 0.037 4 L 0.067 0.050 0.024 0.014 0.075 0.021 0.044 0.431 0.160 0.082 0.032 5 A 0.034 0.154 0.061 0.036 0.073 0.033 0.057 0.365 0.110 0.053 0.023 6 G 0.083 0.037 0.025 0.020 0.092 0.014 0.016 0.336 0.145 0.167 0.065 7 I 0.050 0.112 0.024 0.013 0.153 0.016 0.045 0.432 0.122 0.022 0.011 8 D 0.166 0.035 0.016 0.014 0.094 0.014 0.123 0.364 0.070 0.070 0.035 9 M 0.204 0.103 0.028 0.023 0.233 0.020 0.037 0.155 0.073 0.070 0.053 10 G 0.139 0.100 0.032 0.051 0.228 0.081 0.074 0.147 0.059 0.049 0.040 11 R 0.268 0.070 0.014 0.011 0.437 0.017 0.024 0.062 0.027 0.029 0.041 12 I 0.226 0.089 0.003 0.002 0.632 0.003 0.014 0.016 0.004 0.003 0.008 13 L 0.342 0.050 0.005 0.001 0.570 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.024 14 L 0.160 0.228 0.042 0.002 0.433 0.004 0.005 0.007 0.004 0.004 0.113 15 D 0.161 0.302 0.088 0.002 0.281 0.004 0.006 0.016 0.005 0.011 0.123 16 L 0.045 0.469 0.095 0.010 0.058 0.013 0.025 0.080 0.063 0.116 0.025 17 S 0.022 0.404 0.155 0.024 0.076 0.012 0.020 0.225 0.038 0.016 0.008 18 N 0.001 0.004 0.003 0.002 0.002 0.005 0.006 0.838 0.130 0.008 0.002 19 E 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.881 0.091 0.014 0.001 20 V 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.920 0.055 0.018 0.001 21 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.061 0.002 0.001 22 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.954 0.028 0.003 0.001 23 Q 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.912 0.029 0.033 0.001 24 L 0.003 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.859 0.104 0.017 0.002 25 D 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.008 0.890 0.087 0.006 0.001 26 D 0.002 0.007 0.002 0.001 0.003 0.001 0.011 0.899 0.053 0.022 0.001 27 L 0.002 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.865 0.107 0.011 0.001 28 E 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.872 0.101 0.007 0.001 29 V 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.006 0.026 0.734 0.136 0.082 0.002 30 Q 0.011 0.014 0.010 0.005 0.013 0.012 0.113 0.640 0.109 0.068 0.006 31 R 0.016 0.359 0.128 0.024 0.056 0.028 0.098 0.155 0.064 0.054 0.018 32 N 0.048 0.022 0.021 0.014 0.024 0.009 0.017 0.062 0.046 0.571 0.167 33 L 0.036 0.372 0.210 0.017 0.135 0.015 0.025 0.076 0.033 0.051 0.031 34 P 0.049 0.535 0.160 0.006 0.118 0.006 0.007 0.071 0.018 0.015 0.015 35 R 0.007 0.016 0.005 0.001 0.008 0.001 0.002 0.593 0.323 0.039 0.004 36 A 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.055 0.002 0.001 37 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.020 0.001 0.001 38 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.968 0.026 0.004 0.001 39 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.954 0.038 0.006 0.001 40 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.977 0.022 0.001 0.001 41 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.994 0.004 0.001 0.001 42 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.988 0.010 0.001 0.001 43 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.045 0.002 0.001 44 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.001 0.001 45 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.981 0.010 0.001 0.001 46 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.954 0.031 0.003 0.001 47 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.822 0.148 0.019 0.001 48 I 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.005 0.049 0.743 0.144 0.049 0.002 49 N 0.012 0.072 0.037 0.006 0.029 0.017 0.203 0.392 0.115 0.106 0.012 50 Q 0.050 0.209 0.118 0.018 0.110 0.020 0.049 0.116 0.081 0.175 0.054 51 S 0.156 0.114 0.050 0.017 0.145 0.013 0.026 0.119 0.098 0.183 0.080 52 Q 0.063 0.109 0.036 0.013 0.101 0.018 0.034 0.251 0.212 0.123 0.042 53 T 0.047 0.118 0.046 0.014 0.093 0.025 0.055 0.360 0.134 0.080 0.028 54 A 0.078 0.096 0.028 0.008 0.107 0.013 0.031 0.360 0.136 0.112 0.032 55 R 0.058 0.076 0.029 0.012 0.100 0.021 0.027 0.387 0.187 0.072 0.030 56 T 0.034 0.061 0.026 0.016 0.068 0.028 0.072 0.437 0.169 0.068 0.021 57 S 0.075 0.055 0.040 0.015 0.091 0.017 0.053 0.211 0.095 0.300 0.049 58 V 0.121 0.193 0.065 0.019 0.212 0.019 0.038 0.151 0.065 0.074 0.042 59 P 0.060 0.145 0.070 0.054 0.104 0.059 0.088 0.213 0.103 0.070 0.032 60 G 0.081 0.115 0.133 0.073 0.132 0.023 0.023 0.138 0.089 0.133 0.061 61 I 0.112 0.114 0.039 0.010 0.201 0.015 0.058 0.240 0.110 0.068 0.033 62 W 0.149 0.084 0.054 0.023 0.164 0.034 0.060 0.187 0.080 0.089 0.075 63 Q 0.040 0.205 0.120 0.088 0.093 0.084 0.099 0.101 0.053 0.080 0.038 64 G 0.054 0.064 0.087 0.136 0.060 0.044 0.027 0.066 0.053 0.305 0.104 65 C 0.068 0.233 0.118 0.039 0.149 0.023 0.031 0.118 0.083 0.103 0.036 66 E 0.101 0.120 0.076 0.020 0.139 0.019 0.034 0.218 0.106 0.101 0.065 67 E 0.054 0.075 0.047 0.025 0.069 0.036 0.046 0.365 0.148 0.096 0.039 68 D 0.027 0.133 0.096 0.060 0.048 0.057 0.057 0.319 0.084 0.093 0.026 69 G 0.038 0.067 0.078 0.036 0.042 0.013 0.009 0.425 0.091 0.159 0.043 70 V 0.014 0.044 0.018 0.004 0.037 0.004 0.007 0.751 0.098 0.016 0.007 71 E 0.009 0.016 0.007 0.002 0.012 0.003 0.015 0.884 0.044 0.005 0.003 72 Y 0.011 0.013 0.004 0.002 0.007 0.001 0.010 0.873 0.058 0.018 0.004 73 Q 0.004 0.004 0.001 0.001 0.005 0.002 0.003 0.864 0.103 0.013 0.002 74 R 0.002 0.003 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.865 0.111 0.005 0.001 75 K 0.004 0.005 0.002 0.001 0.004 0.001 0.049 0.876 0.042 0.014 0.001 76 L 0.021 0.035 0.015 0.004 0.022 0.005 0.036 0.693 0.076 0.086 0.008 77 R 0.032 0.067 0.016 0.007 0.056 0.008 0.015 0.617 0.134 0.029 0.018 78 E 0.004 0.011 0.005 0.003 0.008 0.007 0.027 0.764 0.152 0.015 0.003 79 E 0.012 0.022 0.013 0.003 0.017 0.006 0.072 0.650 0.108 0.088 0.008 80 W 0.058 0.080 0.020 0.006 0.074 0.009 0.029 0.465 0.129 0.101 0.031