# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.423 0.194 0.146 0.121 0.073 0.037 0.007 2 N 0.528 0.200 0.132 0.078 0.037 0.020 0.004 3 S 0.486 0.211 0.135 0.087 0.048 0.026 0.006 4 L 0.354 0.190 0.148 0.133 0.097 0.062 0.016 5 A 0.339 0.205 0.146 0.130 0.093 0.066 0.021 6 G 0.277 0.188 0.155 0.149 0.108 0.086 0.036 7 I 0.155 0.123 0.127 0.167 0.178 0.174 0.076 8 D 0.150 0.151 0.144 0.165 0.147 0.146 0.097 9 M 0.088 0.080 0.092 0.131 0.181 0.236 0.192 10 G 0.061 0.074 0.078 0.135 0.183 0.262 0.207 11 R 0.068 0.077 0.118 0.161 0.202 0.211 0.163 12 I 0.037 0.046 0.056 0.108 0.187 0.346 0.221 13 L 0.061 0.082 0.111 0.155 0.224 0.267 0.100 14 L 0.037 0.048 0.068 0.140 0.219 0.391 0.097 15 D 0.094 0.222 0.290 0.213 0.116 0.059 0.007 16 L 0.055 0.089 0.194 0.365 0.200 0.093 0.006 17 S 0.294 0.367 0.215 0.085 0.033 0.006 0.001 18 N 0.705 0.229 0.045 0.017 0.003 0.001 0.001 19 E 0.685 0.233 0.061 0.018 0.003 0.001 0.001 20 V 0.352 0.350 0.215 0.063 0.018 0.004 0.001 21 I 0.062 0.170 0.300 0.339 0.121 0.009 0.001 22 K 0.501 0.384 0.081 0.030 0.003 0.001 0.001 23 Q 0.291 0.325 0.269 0.076 0.036 0.003 0.001 24 L 0.029 0.041 0.132 0.402 0.330 0.065 0.001 25 D 0.462 0.313 0.185 0.035 0.005 0.001 0.001 26 D 0.399 0.416 0.150 0.027 0.007 0.001 0.001 27 L 0.097 0.130 0.214 0.327 0.196 0.036 0.001 28 E 0.457 0.336 0.142 0.055 0.009 0.001 0.001 29 V 0.653 0.274 0.055 0.015 0.003 0.001 0.001 30 Q 0.424 0.245 0.193 0.098 0.036 0.004 0.001 31 R 0.481 0.302 0.131 0.071 0.013 0.002 0.001 32 N 0.656 0.244 0.073 0.021 0.005 0.001 0.001 33 L 0.273 0.238 0.222 0.184 0.072 0.012 0.001 34 P 0.246 0.304 0.258 0.126 0.051 0.015 0.001 35 R 0.121 0.180 0.205 0.239 0.173 0.074 0.006 36 A 0.074 0.135 0.246 0.305 0.169 0.065 0.006 37 D 0.187 0.323 0.315 0.110 0.043 0.019 0.002 38 L 0.017 0.056 0.159 0.299 0.314 0.136 0.019 39 L 0.006 0.013 0.023 0.066 0.214 0.555 0.124 40 R 0.021 0.111 0.259 0.335 0.196 0.071 0.008 41 E 0.038 0.228 0.342 0.251 0.103 0.032 0.006 42 A 0.006 0.022 0.064 0.181 0.339 0.341 0.047 43 V 0.005 0.019 0.040 0.133 0.325 0.391 0.087 44 D 0.065 0.283 0.346 0.227 0.059 0.018 0.002 45 Q 0.067 0.236 0.306 0.231 0.123 0.033 0.004 46 Y 0.020 0.064 0.142 0.242 0.314 0.203 0.015 47 L 0.019 0.037 0.088 0.234 0.408 0.200 0.013 48 I 0.182 0.364 0.282 0.128 0.035 0.008 0.001 49 N 0.297 0.374 0.216 0.079 0.027 0.007 0.001 50 Q 0.124 0.168 0.225 0.296 0.148 0.039 0.002 51 S 0.459 0.318 0.138 0.065 0.016 0.004 0.001 52 Q 0.490 0.285 0.138 0.065 0.019 0.003 0.001 53 T 0.566 0.291 0.109 0.027 0.006 0.001 0.001 54 A 0.095 0.155 0.216 0.276 0.209 0.047 0.002 55 R 0.173 0.249 0.265 0.225 0.068 0.018 0.001 56 T 0.399 0.321 0.178 0.070 0.025 0.006 0.001 57 S 0.177 0.332 0.261 0.156 0.056 0.016 0.002 58 V 0.011 0.022 0.051 0.154 0.407 0.323 0.031 59 P 0.044 0.170 0.283 0.294 0.144 0.057 0.008 60 G 0.045 0.146 0.216 0.252 0.210 0.110 0.021 61 I 0.012 0.026 0.064 0.128 0.288 0.425 0.057 62 W 0.017 0.044 0.104 0.267 0.359 0.189 0.020 63 Q 0.151 0.311 0.284 0.160 0.070 0.023 0.003 64 G 0.200 0.341 0.216 0.150 0.069 0.022 0.002 65 C 0.084 0.136 0.203 0.321 0.186 0.064 0.005 66 E 0.481 0.303 0.149 0.052 0.011 0.004 0.001 67 E 0.365 0.300 0.188 0.099 0.038 0.008 0.001 68 D 0.099 0.192 0.288 0.241 0.137 0.040 0.002 69 G 0.057 0.094 0.118 0.195 0.236 0.278 0.023 70 V 0.069 0.133 0.255 0.301 0.184 0.053 0.004 71 E 0.210 0.469 0.204 0.087 0.020 0.008 0.001 72 Y 0.022 0.052 0.180 0.399 0.255 0.087 0.004 73 Q 0.060 0.110 0.164 0.216 0.294 0.142 0.014 74 R 0.220 0.410 0.198 0.133 0.032 0.006 0.001 75 K 0.365 0.383 0.158 0.071 0.020 0.003 0.001 76 L 0.081 0.128 0.222 0.258 0.227 0.082 0.002 77 R 0.139 0.180 0.264 0.287 0.105 0.023 0.002 78 E 0.647 0.255 0.074 0.019 0.004 0.001 0.001 79 E 0.486 0.281 0.131 0.069 0.027 0.006 0.001 80 W 0.374 0.192 0.186 0.139 0.082 0.025 0.002