# TARGET T0474 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0474.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 16.4906 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 M 0.198 0.101 0.099 0.118 0.129 0.112 0.084 0.064 0.041 0.027 0.014 0.008 0.004 0.001 2 N 0.282 0.135 0.129 0.119 0.105 0.078 0.061 0.039 0.024 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 3 S 0.243 0.112 0.109 0.119 0.124 0.099 0.070 0.049 0.033 0.023 0.011 0.006 0.002 0.001 4 L 0.157 0.096 0.097 0.119 0.135 0.115 0.098 0.081 0.045 0.029 0.016 0.007 0.004 0.002 5 A 0.197 0.106 0.109 0.131 0.133 0.106 0.080 0.057 0.037 0.024 0.012 0.006 0.002 0.001 6 G 0.134 0.120 0.115 0.151 0.148 0.118 0.083 0.058 0.037 0.020 0.009 0.004 0.001 0.001 7 I 0.067 0.062 0.066 0.107 0.151 0.142 0.136 0.108 0.062 0.040 0.035 0.013 0.007 0.003 8 D 0.092 0.118 0.124 0.152 0.150 0.128 0.084 0.065 0.044 0.025 0.011 0.005 0.002 0.001 9 M 0.019 0.020 0.028 0.051 0.091 0.119 0.156 0.164 0.130 0.092 0.071 0.032 0.019 0.009 10 G 0.015 0.021 0.029 0.055 0.096 0.129 0.147 0.144 0.138 0.101 0.062 0.035 0.017 0.010 11 R 0.027 0.031 0.049 0.068 0.099 0.104 0.135 0.135 0.120 0.102 0.059 0.038 0.020 0.015 12 I 0.008 0.008 0.010 0.019 0.036 0.066 0.096 0.107 0.175 0.172 0.138 0.096 0.050 0.020 13 L 0.006 0.011 0.019 0.038 0.068 0.109 0.162 0.193 0.143 0.108 0.071 0.035 0.022 0.016 14 L 0.018 0.019 0.019 0.034 0.054 0.080 0.146 0.137 0.143 0.132 0.125 0.052 0.027 0.014 15 D 0.043 0.082 0.101 0.156 0.158 0.158 0.104 0.088 0.060 0.025 0.015 0.006 0.003 0.003 16 L 0.022 0.028 0.034 0.091 0.159 0.151 0.188 0.156 0.082 0.040 0.028 0.011 0.006 0.003 17 S 0.042 0.095 0.115 0.198 0.226 0.161 0.084 0.040 0.029 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 18 N 0.515 0.195 0.164 0.052 0.032 0.023 0.011 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 E 0.723 0.141 0.082 0.026 0.013 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 V 0.258 0.146 0.149 0.146 0.134 0.085 0.061 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 21 I 0.123 0.139 0.123 0.192 0.218 0.115 0.058 0.019 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 22 K 0.745 0.159 0.064 0.016 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 23 Q 0.297 0.221 0.186 0.122 0.083 0.058 0.020 0.004 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 24 L 0.029 0.043 0.056 0.168 0.251 0.211 0.133 0.070 0.030 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 25 D 0.475 0.218 0.175 0.064 0.034 0.020 0.008 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 26 D 0.506 0.225 0.138 0.056 0.034 0.028 0.008 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 27 L 0.065 0.067 0.071 0.178 0.252 0.187 0.108 0.045 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 28 E 0.406 0.202 0.165 0.097 0.063 0.039 0.019 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 29 V 0.616 0.160 0.087 0.054 0.040 0.025 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 30 Q 0.319 0.170 0.138 0.131 0.117 0.068 0.036 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 31 R 0.516 0.177 0.101 0.081 0.057 0.038 0.022 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 32 N 0.635 0.157 0.079 0.044 0.035 0.025 0.016 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 33 L 0.327 0.171 0.145 0.130 0.108 0.066 0.030 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 34 P 0.559 0.157 0.116 0.067 0.048 0.024 0.018 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 35 R 0.090 0.077 0.117 0.163 0.183 0.180 0.096 0.042 0.039 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 36 A 0.084 0.097 0.126 0.204 0.223 0.132 0.071 0.031 0.021 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 37 D 0.425 0.360 0.123 0.045 0.019 0.019 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 38 L 0.050 0.070 0.100 0.167 0.190 0.180 0.116 0.082 0.029 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 39 L 0.005 0.010 0.016 0.058 0.119 0.200 0.261 0.207 0.090 0.017 0.011 0.003 0.002 0.001 40 R 0.082 0.178 0.195 0.256 0.149 0.093 0.027 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 41 E 0.356 0.331 0.180 0.075 0.031 0.021 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 A 0.021 0.035 0.067 0.136 0.192 0.228 0.166 0.103 0.035 0.009 0.004 0.002 0.001 0.001 43 V 0.008 0.018 0.027 0.088 0.164 0.235 0.256 0.144 0.046 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 44 D 0.198 0.276 0.206 0.165 0.082 0.050 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 45 Q 0.237 0.211 0.159 0.181 0.111 0.069 0.020 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 46 Y 0.025 0.038 0.075 0.156 0.214 0.221 0.142 0.085 0.027 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 47 L 0.054 0.056 0.059 0.119 0.199 0.176 0.184 0.101 0.035 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 48 I 0.280 0.228 0.171 0.146 0.097 0.047 0.017 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 N 0.446 0.199 0.134 0.095 0.056 0.045 0.016 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 50 Q 0.186 0.126 0.170 0.194 0.157 0.102 0.045 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 51 S 0.486 0.185 0.139 0.070 0.053 0.036 0.021 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 52 Q 0.541 0.184 0.104 0.070 0.048 0.028 0.016 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 T 0.477 0.203 0.134 0.082 0.049 0.030 0.015 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 54 A 0.173 0.133 0.142 0.169 0.160 0.113 0.056 0.027 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 55 R 0.164 0.151 0.165 0.183 0.157 0.083 0.048 0.022 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 56 T 0.358 0.213 0.142 0.108 0.066 0.055 0.028 0.012 0.010 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 57 S 0.176 0.176 0.145 0.155 0.128 0.114 0.053 0.024 0.017 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 58 V 0.025 0.023 0.034 0.073 0.133 0.176 0.170 0.154 0.092 0.053 0.031 0.020 0.012 0.003 59 P 0.076 0.068 0.089 0.127 0.161 0.143 0.118 0.091 0.063 0.032 0.019 0.008 0.003 0.002 60 G 0.083 0.051 0.070 0.100 0.127 0.115 0.120 0.117 0.076 0.057 0.046 0.023 0.010 0.005 61 I 0.026 0.023 0.029 0.057 0.105 0.133 0.148 0.149 0.117 0.081 0.063 0.041 0.020 0.008 62 W 0.048 0.050 0.068 0.097 0.128 0.142 0.136 0.114 0.094 0.060 0.034 0.016 0.007 0.004 63 Q 0.153 0.116 0.103 0.133 0.136 0.112 0.097 0.072 0.035 0.021 0.016 0.004 0.002 0.001 64 G 0.171 0.155 0.156 0.164 0.135 0.091 0.052 0.034 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 65 C 0.112 0.109 0.115 0.185 0.156 0.136 0.075 0.062 0.026 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001 66 E 0.414 0.173 0.124 0.105 0.070 0.043 0.038 0.013 0.011 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 67 E 0.300 0.162 0.131 0.111 0.094 0.083 0.055 0.028 0.019 0.009 0.005 0.002 0.001 0.001 68 D 0.198 0.128 0.139 0.133 0.148 0.092 0.074 0.039 0.023 0.017 0.006 0.002 0.001 0.001 69 G 0.086 0.074 0.077 0.129 0.170 0.144 0.121 0.087 0.057 0.033 0.012 0.006 0.003 0.002 70 V 0.076 0.050 0.056 0.090 0.126 0.144 0.121 0.116 0.092 0.059 0.032 0.025 0.009 0.003 71 E 0.438 0.172 0.134 0.083 0.061 0.042 0.031 0.016 0.013 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 72 Y 0.093 0.074 0.087 0.149 0.185 0.140 0.102 0.072 0.048 0.025 0.013 0.007 0.003 0.001 73 Q 0.070 0.072 0.080 0.137 0.213 0.148 0.133 0.067 0.051 0.018 0.007 0.002 0.001 0.001 74 R 0.418 0.187 0.144 0.093 0.062 0.049 0.023 0.010 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 K 0.599 0.199 0.075 0.050 0.032 0.025 0.013 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 L 0.085 0.077 0.085 0.154 0.220 0.181 0.107 0.050 0.026 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 77 R 0.240 0.144 0.170 0.153 0.145 0.071 0.042 0.017 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 78 E 0.803 0.119 0.037 0.016 0.009 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 E 0.256 0.143 0.120 0.140 0.139 0.109 0.055 0.018 0.011 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 80 W 0.151 0.086 0.106 0.135 0.193 0.140 0.090 0.051 0.025 0.014 0.005 0.003 0.001 0.001